在異基因造血干細胞移植（allo-HSCT）中，供者造血干細胞的植入是HSCT成功的標志，通過檢測供、受者之間不同的基因標記可以找到植入證據。供者造血干細胞植入的生物學證據可以是供者基因標記的出現或受者基因標記（包括腫瘤基因標記）的消失。

用于造血干細胞移植的骨髓、細胞因子動員的外周血細胞及其臍帶血細胞含有各種類型的細胞，這些細胞有不同的功能和不同的壽命。移植物中造血干細胞（HSC）對于恢復骨髓的功能有著關鍵的作用。應用基因標記，能夠對植入供者細胞的存活、分布及分化進行跟蹤。

在HSCT中有信息的基因標記指能從受者細胞中區分出供者細胞或能從供者細胞中區分出受者細胞的基因標記。很多時候在單一基因位點能同時雙向區分供、受者等位基因。如一個雜合子供者攜帶有等位基因a和b，一個雜合子受者攜帶有等位基因a和c，等位基因b對于供者來源的細胞是有信息基因標記，而等位基因c是受者來源細胞的有信息基因標記。有時同一位點的等位基因不能提供雙向的有信息標記，如一個純合子供者攜帶等位基因a，一個雜合子受者攜帶有a和c，等位基因c對于受者細胞是有信息基因標記的，對于供者細胞來說在此位點沒有信息基因標記。在移植前對供、受者的基因標記進行鑒定以便移植后應用有信息基因標記進行檢測。

找到有信息基因標記的可能性與檢測位點數目、每個位點的等位基因數目、等位基因分布及供、受者的關系有關。在家庭成員中單一位點的等位基因不超過4個，在人群中任一給定位點等位基因數目要大得多。因此，不相關供、受者比同胞更容易找到有信息基因標記。

在古老的希臘神話中，喀邁拉（Chimera）是一個可怕的獅頭羊身蛇尾三頭怪物。嵌合體（chimerism）這個詞現用來描述造血干細胞移植后受者出現異基因供者的造血或淋巴細胞。完全嵌合（full chimerism）指移植受者的所有造血和淋巴細胞都來源于異基因供者。部分嵌合（partial chimerism）或混合嵌合（mixed chimerism）指受者來源的造血或淋巴細胞與供者來源的同時存在。研究證實移植后嵌合演變是一個動態過程，在某一時間點為完全供者嵌合且可發展為混合嵌合。反之亦然，混合嵌合的患者受者細胞所占比例會增加或下降。分裂嵌合（split chimerism）指供者細胞在某種造血或淋巴細胞存在而在其他種細胞中不存在。當移植患者被稱為完全嵌合時應當考慮嵌合檢測方法的檢出限及其包括的造血及淋巴細胞類型。在移植后的前幾周，應用靈敏的檢測方法幾乎所有的患者都能在骨髓或外周血中檢測到受者來源的細胞。