據(jù)《中國(guó)中醫(yī)古籍總目》記載，《蘇沈良方》版本共三十二種，最早為明代嘉靖刊本，其后為清代乾隆、嘉慶、道光、咸豐、同治、光緒及日本寬政各本，以及《四庫(kù)全書》本、《六醴齋醫(yī)書》本、人民衛(wèi)生出版社影印本等。

南宋目錄學(xué)家晁公武《郡齋讀書志》記載《蘇沈良方》十五卷，另有《沈存中良方》十卷；《通志·藝文略》收錄《蘇沈良方》十五卷，而無(wú)《沈氏良方》；《中興館閣書目》分列《沈氏良方》十卷和《蘇沈良方》十五卷；《宋史·藝文志》著錄為：“沈括《良方》十卷。《蘇沈良方》十五卷，沈括、蘇軾所著。”現(xiàn)存《蘇沈良方》或?yàn)槭恚驗(yàn)榘司恚蛴邪司砑印妒斑z》兩卷者。其中十卷本是由民間流傳保留下來(lái)的，而八卷本系清代乾隆年間修《四庫(kù)全書》時(shí)從明代《永樂(lè)大典》中輯錄而來(lái)。兩者雖在卷數(shù)上與歷代書目記載有所出入，但流傳下來(lái)的醫(yī)藥方括仍然是當(dāng)代醫(yī)學(xué)需要研究的重要內(nèi)容。因此，《蘇沈良方》的版本可分別為兩大體系：十卷本系統(tǒng)和八卷本系統(tǒng)。

十卷本《蘇沈良方》流傳較廣，內(nèi)容也較為完整。

十卷本以明代嘉靖刻本為最早，題為《蘇沈內(nèi)翰良方》，二百三十五篇，現(xiàn)存中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院圖書館。該書卷前有《蘇沈內(nèi)翰良方序》，不著撰人，次為林靈素序，其后為“蘇沈內(nèi)翰良方總目”，腧穴圖六幅，正文十卷，卷末有“黃中南校正康王廟前陸氏刊”雙行木記一方，每版八行，行十六字。這個(gè)版本流傳并不廣，因?yàn)榍迩r(shí)編修《四庫(kù)全書》，館臣們并未見到這個(gè)本子，以為它已經(jīng)散佚不存了。清代程永培根據(jù)明代嘉靖刻本重新訂正，收入《六醴齋醫(yī)書》中，賦跋一篇：“余藏舊刻印本書十卷，不列存中氏原序，而載有林靈素一敘，亦止論沈，未及蘇。其卷首一敘，兼及蘇、沈，文頗拙蹇，不著作者姓名，蓋俗筆也……今為授梓，并補(bǔ)刻沈氏原序一篇。”說(shuō)明在明嘉靖刻本中只有林靈素和無(wú)名氏的序，而無(wú)沈括的《良方序》，現(xiàn)在各版本中所見標(biāo)題為“原序”的沈括《良方序》是由程永培補(bǔ)刻上去的。但程永培在刊刻《蘇沈良方》之時(shí)遺漏了明嘉靖刻本中原有的灸法腧穴圖，頗為遺憾。

清乾隆五十八年癸丑（1793），安徽鮑廷博以程氏的《六醴齋醫(yī)書》本為底本，根據(jù)《武英殿聚珍版叢書》本校補(bǔ)文字，重新訂正了《蘇沈內(nèi)翰良方》，收入其《知不足齋叢書》第十七集中，并為之作跋，既保證了文字的完整性，又糾正了訛誤之處，是現(xiàn)今通行較好的版本之一。清乾隆五十九年甲寅（1794）修敬堂刊刻了《六醴齋醫(yī)書》單行本，該版本流傳頗廣，目前在故宮博物院圖書館、北京大學(xué)醫(yī)學(xué)圖書館、四川省圖書館、上海圖書館、上海中醫(yī)藥大學(xué)圖書館等均有收藏。清道光二十六年丙午（1846），大興施禹泉根據(jù)鮑氏《知不足齋叢書》本復(fù)刻了六醴齋刊本；清同治光緒年間，於然室根據(jù)修敬堂藏版翻刻《六醴齋醫(yī)書》；清光緒十七年辛卯（1891），廣州儒雅堂重刻《六醴齋醫(yī)書》；清光緒二十三年（1897）有武強(qiáng)賀氏仿知不足齋校印本。

程氏《六醴齋醫(yī)書》很好地保留了《蘇沈良方》原貌，是《蘇沈良方》傳承有序的重要環(huán)節(jié)。隨著《六醴齋醫(yī)書》的不斷翻刻，《蘇沈良方》十卷本得到廣泛流傳。1956年，人民衛(wèi)生出版社影印出版《六醴齋醫(yī)書》本《蘇沈良方》，作為醫(yī)學(xué)經(jīng)典著作進(jìn)一步普及，影響較大。

《蘇沈良方》八卷本系為輯錄所成，因此與十卷本在內(nèi)容和篇目順序方面有很大差別。清乾隆中期編修《四庫(kù)全書》時(shí)，館臣們沒有找到傳本《蘇沈良方》，認(rèn)為該書已經(jīng)亡佚，總纂官紀(jì)昀即命王史亭從明代《永樂(lè)大典》中輯出一百六十八篇，重新編次，厘為八卷，收入《四庫(kù)全書》的子部醫(yī)家類中。《四庫(kù)全書》本《蘇沈良方》抄寫精美，校勘精良，是八卷本系統(tǒng)中流傳較廣的一個(gè)版本。清乾隆四十二年丁酉（1777），《四庫(kù)全書》本《蘇沈良方》以活字排印，編入《武英殿聚珍版叢書》。清嘉慶年間，南匯（今上海）人吳省蘭輯刊《藝海珠塵》叢書八集，收書一百三十六種，根據(jù)殿珍本重刻《蘇沈良方》八卷，收入“庚集”。清光緒十九年（1893）和光緒二十年（1894）都曾重新翻刻過(guò)《武英殿聚珍版叢書》。八卷本雖然校勘精良，但因?yàn)槭菑摹队罉?lè)大典》中輯錄出來(lái)的，難免有所疏漏，與十卷本相比，內(nèi)容略顯不完整，不能反映《蘇沈良方》的真實(shí)面貌。

除上述十卷本和八卷本兩大系統(tǒng)外，《蘇沈良方》還有單行本、抄本、殘本、海外刻本等流傳。《蘇沈良方》是在宋代醫(yī)學(xué)多方多藥、成方促用的情況下，以小型方書的形式編纂的，刊行之后，為方書、局方的盛行及方藥的使用起到了一定的促進(jìn)作用。另外，書中有關(guān)本草內(nèi)容的記載，有很多論述可以作為研究藥物學(xué)考據(jù)的資料，如藥物的一名多物、一物多名，或名異而易錯(cuò)亂者，該書均做了精心考訂。