《本草綱目》以其繼往開來的卓越成就迅即為醫藥學界贊賞推崇，金陵初刊后不到7年，就在江西刊刻了第二版?！侗静菥V目》52卷共收載藥物1892種，繪制藥物圖1109幅，附方11096首。所收藥物以其天然來源及屬性為綱，分為16部；在同一部下，則以相近之類別為目，更分為60個類目，條分縷析，一目了然。他的藥物分類法在前人基礎上作出了創造性貢獻，有著相當高的科學價值。例如其所收的1094種植物藥，是根據其根、莖、葉、花、果的特點，及其性味、形態、生長環境、習性與人類生活的關系等因素，加以綜合分析、歸納比較進行區分的。