秦實行郡縣制后，分天下為36郡，以原吳越舊境置會稽郡，設郡治于吳（今蘇州）。西漢時期，會稽郡治在吳（今蘇州），領山陰等20余縣。直到東漢永建四年（129年），吳、會分治，錢塘江以北置吳郡，郡治仍在吳；錢塘江以南置會稽郡，郡治設于山陰。會稽郡的體制一直延續到隋統一之前，前后共800多年。這段歷史，對紹興來說有兩次文化大融合的過程。一次是秦始皇、漢武帝強行驅趕越國移民到紹興的周邊地區，并把北方漢人遷入紹興，客觀上實現了民族大融合，改造了紹興的生產生活方式。特別是東漢永和五年（140年），會稽太守馬臻筑鑒湖，使長期遭受洪水侵襲和咸潮浸漬的紹興北部沼澤平原變成萬頃良田，旱澇保收，加上鐵制農具和牛耕的推廣，農業生產發展很快。手工業方面，山陰、會稽兩縣成為全國銅鏡的制造中心。東漢末期，在上虞小仙壇陶瓷窯場首先燒造出青釉瓷器，此后曹娥江兩岸瓷窯林立，到三國兩晉南北朝時遍及山陰、諸暨等縣，大唐帝國又作為大宗外貿產品經揚州、明州遠銷海外。

第二次文化融合是東晉“永嘉之亂”之后，“中州士女，避亂江左者十六七”，許多士族大姓攜宗族、部曲、賓客及同鄉同里南遷，隨從一戶南遷的往往有千余家。會稽遠離戰亂，社會安定，兼山川秀麗，成為北方士族大姓安家落戶的理想之地，出現了“今之會稽，昔之關中”的繁榮局面。這是紹興歷史上第二次民族融合時期。這次融合不僅帶來了經濟的繁榮，且遷入會稽的多為名臣和文化名士，如王羲之、謝安等，又有高僧隱士如竺潛、支遁等，促進了傳統文化和佛學的繁榮，使會稽成為東晉南北朝時期的經濟文化中心。

秦始皇南巡大越

秦王政二十五年（前222年），秦將王翦平定楚江南地，降越君，置會稽郡。會稽郡轄地包括今江蘇省鎮江以南，南至今浙江省金衢盆地。秦在越國故土這片土地上，縣的設置大體分兩次進行，一次是秦置會稽郡時稱大越；另一次是在秦始皇南巡，上會稽、祭大禹時改大越為山陰。

秦始皇三十七年（前210年），秦始皇帶領其少子胡亥、左丞相李斯、中車府令趙高等南巡會稽。從咸陽至云夢澤（在今湖北），望祭虞舜后順長江東下，到達今安徽當涂東北的丹陽，東南行抵達錢唐（今杭州）。秦始皇渡過浙江（即錢塘江），經諸暨，于正月甲戌到大越，留舍都亭。登會稽山，祭大禹，望于南海，刻石以頌秦德。秦始皇為加強和鞏固秦朝對大越的統治，除更名大越為山陰外，還采取移民措施。然后，復經諸暨、錢唐北返，至會稽郡治吳。

秦始皇南巡會稽時，將他在越地采取的一些重大舉措刻在石頭上，立在越地，以此來表明始皇帝對越地教化和統治的決心。秦始皇令李斯作文并書頌秦德的這塊刻石，后人稱之為“會稽刻石”。《會稽刻石》文，一直在越國故都流傳下來。

秦始皇統一全國以后，把越國看作可以傾覆秦王朝的潛在力量。于是，廢除大越之名，更名為山陰；強迫移民，把于越人民遷移到遠離他們聚居中心的今浙西和皖南地區，以削弱他們的力量。同時，還把漢族罪人充實大越故地，以防備東海外越支持越國遺民的反抗，加強秦王朝的專制統治。另外，還嚴禁越俗，進行風俗治理。

總之，秦始皇從軍事、政治、經濟到社會習俗對越國進行全面封殺，大批于越人民不得不逃離故土，四處流散。

吳會分治

東漢開始，杭州灣以南的原越國中心區，隨著人口增加，經濟發展，地方豪族勢力抬頭，把越國故都設立為會稽郡治成為山陰縣人民的一種政治要求。而會稽郡地域范圍過大，政令不便傳達，要求合理地設置郡級行政區劃，使吳會分治成為勢之必然。至順帝時，會稽郡人終于提出分郡治理的要求。東漢永建四年（129年），朝廷決定以錢塘江為界，南為會稽郡，北為吳郡，實行吳會分治。錢塘江以北13縣屬吳郡，會稽郡治由吳遷至山陰。會稽郡治移居山陰以后，使山陰成為浙東、閩北的行政中心。

江南大都會

魏晉南北朝時期，由于北方戰亂頻繁，大批北方人士避居南方。會稽遠離戰亂，風景秀麗，土地肥沃，鑒湖流域水旱無慮，成為南遷人士理想的落戶之地。

大批的入遷人口，為當時會稽經濟的開發帶來了充裕的勞動力和先進的生產技術。這一時期會稽人民不僅改進了耕作技術，學會了施糞肥，還依靠集體的力量修建了許多水閘、塘堰，進一步保證了農業灌溉。這時農作物的產量得到了較大的提高，會稽成了南方最主要的產糧區之一。

當時的會稽，紡織業普遍成為農家的主要副業。諸暨產絲綢質量很好，專門供應東晉朝廷。嵊州是藤紙的主要產地，藤紙也是朝廷必需的貢品。南朝齊時上虞人謝平以善于煉鋼聞名，他創造了“雜煉生鍒法”，把生鐵、熟鐵混雜起來冶煉，練就的鋼質量很好，被后人尊為“中國絕手”，用鏡湖水為原料釀造的會稽米酒盛極一時，“女酒”的釀造就始于此時。

當時會稽的商業也十分繁榮，山陰道上，商旅往來不絕于途。會稽為全國絹、米、紙等物品的交易中心。

會稽的城市建設也取得了很大的發展。東晉初年，諸葛恢出任會稽太守，晉元帝司馬睿置酒餞行時說：“今之會稽，昔之關中，足食足兵，在于良守。”不僅對諸葛恢寄予厚望，同時也清楚地表達了會稽的重要地位。南朝劉宋年間，朝廷設置“東揚州”，州治就在會稽，會稽成為浙江五都（會稽郡、東陽郡、永嘉郡、臨海郡、新安郡）之首府。

南朝陳代時，因生產發展、人口增加，以及城市規模不斷擴大，政務日益繁雜，官府決定在會稽境內實行山（山陰）、會（會稽）同城分治。于是，會稽就以城市中心一條縱貫南北的河流為界線，一分為二，東部設置會稽縣，西部設置山陰縣。從此，一城二縣的歷史沿襲了上千年。

魏晉南北朝時期的會稽，是繼越王勾踐建都復興以后，紹興經濟、社會、文化發展的又一個高峰。韓康伯在《王述碑》中說，會稽是晉王朝“皇基所托”的“泱泱大邦”“都會殷負，提封百萬”，足見當時會稽之繁盛。