功能醫學來源于臨床西醫，屬于精準醫學；而祖國傳統中醫學是屬于模糊醫學、經驗醫學，但二者有許多的共同性。

功能醫學認為：病人的生理、心理和精神是一個內外動態平衡的有機整體。中醫學非常重視人體本身的統一性、完整性及其與自然界的相互關系，整體觀念是中醫方法論和認識論的核心。

功能醫學認為現代慢性病是基因易感性和環境共同作用而產生。我們的基因沒有改變，改變的是我們的生存環境！

道德經中說：“人法地，地法天，天法道，道法自然。”中醫學認為自然界是人類生命的源泉，人類依靠天地之氣和水谷精微而生存，并隨著四時寒熱溫涼、生長收藏的規律以及地理環境的變遷而生活著。人體與自然界息息相通，密切相關。自然界的運動變化可以直接或間接地影響著人體，而機體則相應地產生生理或病理上的反應。這種機體與環境相統一的“天人相應”觀，也是中醫學的重要理論基礎。由于人與自然界存在著既對立又統一的關系，所以因時、因地、因人制宜也就成為中醫治療學的重要原則。

中醫提倡的是天人合一，強調人與自然要和諧統一；而功能醫學研究的是自然環境遭到現代科學的破壞后，我們如何保護健康，減少慢性疾病的發生和發展。

根據特性化的病因，給予個性化的治療方案”的原則 功能醫學在治療病患的過程中，是以病人為中心，而不是以疾病為中心。功能醫學反復強調的是：一種功能的失衡可以導致多種疾病的產生；而一種疾病的產生可能是不同功能失衡的結果。

中醫學能夠辨證地看待病和證的關系，既可看到一種病包括幾種不同的證，又看到不同的病在發展過程中可以出現同一種證。因此在臨床治療時，就可以在辨證論治的原則指導下，采取“同病異治”或“異病同治”的方法。其次，辨證論治很注意“人、病、證”三者之間的辨證關系，強調因人而異的特殊性，而不是病的一般性，即是強調個體的差異性。由于證有動態的特點，從而決定了辨證論治是一種動態的診療體系。

功能醫學主張要注重平時的功能儲備，始終讓機體處于一個健康運行法狀態，防止功能紊亂的發生；對于機體已經功能下降，出現癥狀，要讓機體功能迅速恢復平衡；對于機體的平衡被打破，發展到嚴重的癥狀乃至疾病狀態，要尋找疾病產生的根源，阻止疾病的發展。

預防醫學在中醫里稱為攝生學說，是闡述主動順應自然規律、增強體質、預防疾病以及病后調養、防病復發，以達到延年益壽的理論和方法的學說。預防疾病的發生，主要通過五個方面：調攝精神；調節飲食，勞逸適度；鍛煉身體；適應氣候變化，避免外邪侵襲；人工免疫。

功能醫學也講究“藥補不如食補”，功能醫學很多營養素就是植物中提取的植物化合物。中藥是以動、植物藥為主，與人體自身結構相近似，因而藥性平和，毒、副作用小。不少中草藥具有提高機體免疫功能和保健強身的作用。

中醫是宏觀學說，西醫是微觀學說，可以說功能醫學是從分子角度，從生理、生化機制上更好地論證了中醫的科學性。