1887年，孟茲比爾提出過一個理論，他認為企鵝有可能不同于其他鳥類，是單獨從爬行類演變進化而來的。它的鰭翅不是鳥類的翅膀變異形成的，而是由爬行類的前肢直接進化形成的。他的研究結果指出，企鵝根本沒有經歷過飛翔階段。可是，另一種觀點似乎也有充足的證據。它們有著和鳥類一樣的羽毛、堅硬而尖突的喙和有爪及鱗片的雙腳。一部分科學家認為盡管現在的企鵝不會飛，可是它們的祖先是會飛的，而且企鵝的身體結構上有其會飛翔的祖先留下來的很多特征，諸如扇形的尾骨、槳狀的鰭翅、明顯凸出的胸骨，以及與鳥類相似的睡覺方式。在他們看來，企鵝是由會飛的海鳥進化來的。只是由于生存條件的變化使它們不需要飛翔了，因此翅膀逐漸退化，也就不會飛了。

關于企鵝能不能飛，目前還是一個有爭議的話題。不同的科學工作者們持不同的看法。