甲午戰爭之前，譚嗣同對佛學和西學均持否定態度，其哲學建構基本上是對中國本土文化的繼承和詮釋：從內容上看，以元氣論為主；從人物上看，以王充、張載和王夫之為主；從經典上看，對《周易》青睞有加。譚嗣同早期最主要的代表作是《東海褰冥氏三十以前舊學四種》，具體包括《寥天一閣文》《莽蒼蒼齋詩》《遠遺堂集外文》《石菊影廬筆識》。

譚嗣同的早期哲學秉持唯物論的立場，元氣論是其中最基本的內容。這一時期的他沿著元氣論的思路解釋世界萬物的生成和變化，宣稱氣是世界本原，包括地球在內的天地萬物都是由元氣派生的。正是在這個意義上，譚嗣同反復強調：

元氣缊，以運為化生者也，而地球又運于元氣之中，舟車又運于地球之中，人又運于舟車之中，心又運于人身之中。元氣一運無不運者，人心一不運，則視不見，聽不聞，運者皆廢矣。是知天地萬物果為一體，心正莫不正，心乖莫不乖。【30】

天以其渾沌磅礴之氣，充塞固結而成質，質立而人物生焉。【31】

引文顯示，早期的譚嗣同在用元氣解釋世界萬物的由來時，將天地說成是由元氣構成的，并且用元氣解釋萬物的運動、變化。在這方面，他將天地萬物的運動都歸結為元氣的造作，對張載用元氣來說明天地運動的做法大加贊賞。他寫道：“地圓之說，古有之矣。惟地球五星繞日而運，月繞地球而運，及寒暑、晝夜、潮汐之所以然，則自橫渠張子發之。《正蒙·參兩篇》有云：‘地在氣中，雖順天左旋，其所系辰象隨之，稍遲則反移，徙而右爾，間有緩速不齊者，七政之性殊也。’有云：‘凡圜轉之物，動必有機，既謂之機，則動非自外也。古今謂天左旋，此直至粗之論耳，不考日月出沒恒星昏曉之變。愚謂在天而運者，惟七曜而已。恒星所以為晝夜者，直以地氣乘機左旋于中，故使恒星河漢回北為南，日月因天隱見。太虛無體，則無以驗其遷動于外也。’有云：‘地有升降，日有修短，地雖凝聚不散之物，然二氣升降其間，相從而不已也。陽日上地，日降而下者，虛也；陽日降地，日進而上者，盈也。此一歲寒暑之候也。至于一晝夜之盈虛升降，則以海水潮汐驗之為信，然間有小大之差，則系日月朔望，其精相感。’……疑者譏其妄，信者又以駕于中國之上。不知西人之說，張子皆已先之，今觀其論，一一與西法合。可見西人格致之學，日新日奇，至于不可思議，實皆中國所固有。中國不能有，彼因專之，然張子苦心極力之功深，亦于是征焉。”【32】由此可見，譚嗣同對張載的“一物兩體”“動非自外”深信不疑，對張載沿著元氣論的致思方向和價值旨趣對天地萬物運動之機的解釋贊譽甚高。不僅如此，譚嗣同由此確信西方的“格致之學”皆中國固有，印證了他早期對西學的擯棄態度。

與恪守元氣論密切相關，早期的譚嗣同對王充、張載和王夫之等奉氣為本原的古代哲學家推崇備至，深受他們的影響。與此同時，譚嗣同對佛學思想痛加批判：“釋氏之末流，滅裂天地，等諸聲光之幻，以求合所謂空寂。此不惟自絕于天地，乃并不知有聲光。夫天地非幻，即聲光亦至實。聲光雖無體，而以所憑之氣為體。”【33】

對于譚嗣同的早期哲學，可以從兩個維度來理解：一方面，與推崇元氣論相關，譚嗣同所推崇的主要人物是王充、張載和王夫之。這三人都是中國古代元氣論的大家，他們的元氣論思想是譚嗣同早期氣學最主要的理論來源。另一方面，元氣論作為譚嗣同早期的哲學理念，決定著他在這一時期對其他哲學問題的關注和理解。其中，最主要的是道器觀。道器觀是中國古代哲學的古老話題，從《周易·系辭上》的“形而上者謂之道，形而下者謂之器”到宋明理學家對道器關系的聚訟紛紜、莫衷一是，道器關系構成了中國古代哲學的重要內容。譚嗣同對道器觀的津津樂道接續了中國古代哲學的核心話題，同時又賦予這一古老話題以全新內涵。大致說來，譚嗣同對道器觀的詮釋立足于中國近代社會的現實問題，擁有不同以往的現實維度、理論意蘊和價值訴求。盡管如此，他對道器關系的論證是沿著王夫之的思路、以《周易》為文本展開的，與氣學奠定的實學情結和王夫之的影響不無關系。