為了政府收入的目的,美國聯邦政府最早于1791年征收內地稅,其征稅對象為精餾酒精。在此之前,各州行使課稅權,并組建機構自行征收。此后,聯邦課稅逐漸擴展到馬車、酒精飲料、拍賣財產、精糖、鼻煙等。1792年,為了監督聯邦稅收的征收,使其獨立于各州的稅收機構,聯邦政府任命了稅務局長(Commissioner of Revenue),并于1798年正式授權。不過,到1802年,聯邦的課稅權力遭受質疑,所有的聯邦稅收都被廢除,稅務局長自然難以幸免。(注:http://everything2.com/index.pl?node=Internal%20Revenue%20Service,最后訪問時間為2006年8月1日。)1813年,為了籌集當時美英戰爭的經費,聯邦稅務系統得以恢復運行。到1817年,所有聯邦稅收再次被取消,稅務機構也沒有必要繼續存在。
1862年,在美國內戰期間,為了支付戰爭費用,所得和財產稅正式立法開征。為此,聯邦稅務機構再次創建。和1792年不同的是,為了突出其僅負責內地稅的特點,聯邦稅務局長的職位被表述為“Commissioner of Internal Revenue”,稅務局長辦公室則被非正式地稱為“Bureau of Internal Revenue”。至于進出口環節的關稅,不在稅務局長的負責范圍。所得稅運行了10年即被廢除。1894年,美國國會試圖恢復所得稅,但是,最高法院1895年明確宣布其違憲。其裁判理由是,直接稅必須按各州人口比例分配,而所得稅違反了這一憲法原則。(注:Pollock v. Farmers Loan & Trust Company,157 U.S. 429/158 U.S. 601(rehearing)(1895).)一直到1913年,美國憲法第十六修正案獲得通過,所得稅比例分配原則不復存在,國會獲得開征所得稅的權力。(注:原文是:The congress shall have power to lay and collect taxes on incomes,from whatever source derived,without apportionment among the several states,and without regard to any census or enumeration。)同年10月13日,聯邦所得稅就開始征收,聯邦稅務局也重新恢復運行。
隨著所得稅的不斷完善以及所得稅地位不斷上升,聯邦稅務局的作用不斷增強。1953年,聯邦稅務局正式更名為現在的名字,即由the Bureau of Internal Revenue改為the Internal Revenue Service,作為財政部征收聯邦稅的專職部門。除了酒精稅、煙草稅、火器稅以及進出口相關的稅收之外,其他聯邦稅收都由聯邦稅務局征收。20世紀80年代之后,納稅人的權利意識不斷增強,1988年《納稅人權利保護法(一)》和1996年《納稅人權利保護法(二)》的頒布,就是這種趨勢的反應,對聯邦稅務局產生了一定影響。1998年,鑒于納稅人對聯邦稅務效率低下極度不滿,美國國會制訂了《聯邦稅務局重構與改革法》。據此,聯邦稅務局才真正得以重構。