第三位院長是女性

2004年5月第二任的陳水扁任期開始，杜正勝轉任“教育部長”，原本在杜正勝旗下擔任副院長的石守謙，成為民進黨執政時期的第二任故宮院長。

石守謙1951年出生于臺灣，曾在臺灣大學美術史研究所擔任所長，專攻美術史。與個性外向、發言經常惹禍的杜正勝相比，石守謙給人溫厚的印象，屬于謹言慎行的學者類型。

我幾次申請采訪都被石守謙拒絕，石守謙下臺后，因為故宮改建貪污事件嫌疑而被逮捕，審判正在進行，故而對外的發言更加謹慎。石守謙曾在各地發言中，提到過故宮的數字化和國際交流，但是有關民進黨的故宮改革，卻沒有留下任何的書面數據或發言記錄，由此推斷，可能他與第一任院長杜正勝對于故宮改革的立場不同。

他曾以美術史學家的身份，寫過一篇論文《從皇帝的收藏到國寶》，是他在2002年受邀到日本參加研討會時發表的文章。內容論述了曾是清朝皇帝收藏品的故宮文物，從為躲避戰亂在中國各地流浪，到最后獲得國寶的地位，經歷了堪稱奇跡的顛沛流離，已經可以晉升為“神格化”了。他以美術史學家的流暢筆調，描寫出故宮歷史與權力的關系。

石守謙對于故宮的了解程度之深，可從這篇論文探知。不過，石守謙還是謹守美術史學家的專業立場，在論文中看不到像杜正勝那樣尖銳的政治主張。反過來說，從陳水扁的角度來看，要擔任民進黨的故宮改革者，可能是力有未逮。

石守謙兩年后下臺，接下來的兩年是原來擔任副院長的林曼麗，她在2006年就任，是第一位女性院長。林曼麗是陳水扁進行故宮改革的王牌，老早以前就被相中要她擔任院長。

林曼麗會說流利的日文，她在臺灣師范大學美術專業畢業后，1980年赴東京大學留學十年，在日本拿到碩士和博士，回到臺灣在大學擔任教職，也曾發表自創的現代藝術作品。

就故宮院長發揮的影響力而言，也許較杜正勝略勝一籌。她是女性，專攻現代藝術，出身臺南（與陳水扁相同），大家都知道她與陳水扁立場非常接近。林曼麗也以“陳水扁的私人文化顧問”自居。

陳水扁擔任臺北市長期間，挖來當時是研究人員的林曼麗來負責文化行政，因此兩人關系深厚。1996年，陳水扁起用林曼麗擔任臺北美術館館長。那時林曼麗以東京藝術大學客座教授的身份住在日本，回到臺北的大學沒多久。“我等你回來，希望你能讓臺北市立美術館重生，把臺北變成美術都市。”陳水扁說服了她，于是林曼麗先向大學申請停職。

林曼麗對于歐美日的藝術潮流相當熟悉，積極引進海外重要美術館合作辦展，因而過去辦展覽不常受矚目的臺北市立美術館一時間變得完全不同，充滿朝氣。

林曼麗在臺北市立美術館主辦“臺北國際雙年展”，邀請海外的藝術家、挑選展出的作品，還起用了日本藝術家南條史生擔任策展人。中國大陸的爆破藝術家蔡國強也曾受邀展示絢麗的表演作品，她導入的這些特殊罕見的例子都成為話題。

然而拔擢林曼麗的陳水扁在1998年臺北市長選舉中敗給馬英九，市長變成馬英九后，原來順利推動業務的林曼麗，卷入了政治風暴。