建文統治時期

建文帝的即位

明代的第二個皇帝朱允炆生于1377年12月5日，即他祖父時代的洪武十年。這個年幼的皇孫被描述為早慧、孝順和正直，據說他的祖父很鐘愛他。如果不是遇到意想不到的事變，他可能會一直默默無聞地下去。1368年2月，洪武帝開始為王朝定下傳統，即立朱允炆的父親朱標為太子，因為朱標在名義上，也許事實上是他的嫡妻馬皇后所生之子。洪武帝的目標是為皇位的合法繼承樹立一個正式的原則，希望以此杜絕將來在皇位繼承問題上的紛爭。朱標在許多方面都不像他的父親：他是一個性情溫和而有教養的人，但不很勇武。明太祖雖然對他的第四子朱棣的軍事才能有很深的印象，但為了王朝的利益，他仍把朱標看作他恰當的繼任人選。

使皇帝震悼不已的是，朱標在他的盛年37歲時即于1392年5月17日死去。可是，接班的次序是很清楚的：朱標的嫡妻所生的長子已在10年前死去。因此，皇帝只好找朱標一系的次孫朱允炆——即朱標的活著的最年長的合法兒子——為儲君。這個未經過考驗的男孩被立為皇嗣時不足15歲，他絕不能與他的祖父或他的叔輩相比肩，對他的指定只不過是長子繼承制原則的體現而已。雖然朱棣后來聲稱，他本人可能被入選為嗣君，只是因為那些儒士們的橫加干預才未成功，但洪武帝事實上沒有考慮把他的其他兒子立為太子。

在他的祖父死去幾天后，朱允炊于1398年6月30日在南京即位，時年21歲。他確定下一年為建文元年，并尊封他的母親——二皇妃呂氏（1402年死）——為皇太后。關予朱允炊的個性和他在位時的國內發展情況現已無可信材料，因為在他死后，他那一朝的記錄都被竄改或銷毀殆盡。建文帝時期的檔案文獻和起居注全遭毀滅，而幸存的私家記述又概遭禁止。

在建文帝繼任者在位的時期，朝廷史官關于建文帝的行事寫了一些歪曲真象的、極盡批判之能事的報道，想以此證明永樂帝奪權是有理由的。他們譴責建文帝和他的顧問們行為放蕩和品行不端，把建文帝形容為不孝、奸惡和邪淫的人，指責他玩忽職守并犯有大不敬罪。后世同情這位被廢黜皇帝的學者們關于建文之治則寫出了一些與此截然相反的諛詞，說這位皇帝又是孝子，又是仁君，稱之為遵循儒士勸告和緩和明太祖苛烈行政的一位完美無缺的人物。他們譴責燕王大逆不道的篡弒罪行。這些殘缺不全的、互相矛盾的材料要求人們必須進行最細心的審查。建文時期許多方面的事實真相將始終弄不清楚了。

年輕的建文皇帝書生氣十足而又溫文爾雅，他繼承了他父親的溫和和好思考的脾性。他靦腆，且又毫無國政經驗；且不說和他的前皇祖考相比，甚至比起他的雄才大略的叔父們，他也沒有那種自信心和堅強的性格，甚至沒有那種能力。這位年輕皇帝的溫順性格和儒家風范，使得他真正關心他祖父的高壓行政措施對平民百姓的影響，因此他衷心向往的是實行理想的仁政。因此，他在政府的言論和行事上努力實行一些較大的變革，但這些變革卻招致了災難性的后果。

建文帝把三位儒家師傅引為心腹，他們是黃子澄、齊泰和方孝孺。這幾位老者對建文帝關于君之為君的概念起了強有力的作用。黃子澄（1402年死）是一個很受人尊敬的儒家學者，他在1385年舉進士第一名。他在明太祖時代擔任過很多官職，后被建文帝任命為翰林學士，并參與國家政事。齊泰（1402年死）也是1385年的進士，是一位對經書學有大成的學者，特別精于禮和兵法。他在洪武帝彌留之際受顧命，以護衛皇太孫和嗣君，被新皇帝任命為兵部尚書，參與國政。方孝孺（1357—1404年）早在四十來歲的初年就已經是聲名卓著的學者，以文章家和政治思想家聞名，未中過舉，在他很晚的歲月才開始進入仕宦生涯。建文帝即位以后被召為翰林侍講。

這三位儒家學者以各自不同的方式影響皇帝。黃子澄和齊泰變成了皇帝的心腹，用儒家的修齊治平理論教育他。他們負責研究一些新政策并付諸實施，目的在改組帝國的行政和加強皇帝的權威。方孝孺是《周禮》——一部關于烏托邦式政府的經典著作——專家，他發覺他所看到的是個人專制統治的缺點，因此他建議皇帝應該根據古代經典所提出的理想和形式來實行仁政。這三個人都勇敢、正直和滿懷理想。但是，他們都是書呆子，缺乏實踐意識和從事公共事務的經驗，也沒有領導才能；他們對問題的分析往往限于紙上談兵，不切實際。

政治的發展和制度的革新

建文帝即位以后，他對這幾位儒家師傅言聽計從，發起了一些政治上和制度上的改革，看來其意圖是大大背離了太祖高皇帝所做的安排。1380年因裁撤中書省而使中央一些行政機關被取消，它們在此時已部分地有所恢復；制度被修改，以加強文職行政功能和減輕政府的專制作風。

為了貫徹這些改革，皇帝把黃子澄、齊泰和方孝孺都提升為行政負責官員。1380年裁掉中書省以后，明太祖曾經決定，國家一切事務都必須由他一人作為行政首腦來裁決。因此之故，翰林學士們和六部尚書只有建議權和在政府中執行命令之權。當新皇帝召集這三位士大夫來“參國政”時，這種局面就結束了。如果這些重建活動或多或少地不是虛構的話，這些皇帝的顧問們就不是只領干薪了，而是實際地在管理政府。這樣做就大大地離開了第一位皇帝所定下的制度，因為皇帝的顧問們現在被置于在六部之上施政的地位。他們現在又制定政策，又執行政策，極像從前某些王朝中的丞相的所作所為；他們僅僅缺少丞相的頭銜。沒有這個頭銜只是形式上尊重明太祖的《祖訓錄》，因為《祖訓錄》是嚴格禁止任命丞相的。

皇帝還做了一些改革，對帝國政府內部的權力進行重新分配，也使他自己能實施他的新政策。這些發展變化的確切性質至今很難說得清楚，因為大多數改革的記載已被銷毀。但是，例如《皇明典禮》這種關于建文時代典章制度的書（1400年），以及此后另外編訂的幾種書至今仍可見到，它們可以幫助我們大致了解到這個時期政府中已實行和計劃要實行的革新的梗概，并對它們的意義作出評價。

1398年末，新皇帝聽了方孝孺的話把六部尚書從二品提到了一品，又在尚書和侍郎之間加了一個侍中之職。這種制度上的改變把六部尚書提到了與都司同級的地位；自從廢除丞相之后都司比任何文官的品級都高。因此，在他有意識地把政府牢牢控制在文官手中時，六部尚書的地位和權威提高了。

在政府官署的大小和數目方面以及在一整套官員的設置上，也都有了改變。戶部和刑部的所屬司從12個減為4個；都察院中的兩個都御史合并成了一個；同時，國子監和翰林院的各項職責和人員編制大為提高和擴大。這最后兩項改革表明，重點放在儒家教育上和翰林學士在政府中的顧問作用的加強上。在詹事府也設立了某些新職位，使翰林學士在教育和訓練太子及諸年幼王子方面能發揮更大的作用。

對六部及其下屬司的組織所作的各種改動中，對官員和皇帝侍從的頭銜所作的變動，以及對南京各官署的名稱所作的改革，都是本著古代的《周禮》行事的。這些變易不單是象征性地恢復古代的模式，也不像朱棣和他的歷史學家們所說的那樣是任意變更祖制。它們都是有目的的變革，意在搞一套新的建制，使權力歸到皇帝信任的顧問的名下，加強文官之治，以削弱將軍們和皇子們的權勢。

為了貫徹他們設計出來的這些政策，黃子澄、齊泰和方孝孺都被擢升，握有空前大權，這就大大地背離了明太祖所定下的制度的模式。他們在國事中起著特殊的作用，簡直就是皇帝的化身。他們即使不對內戰負主要的責任，也要負直接的責任，因為他們對朝廷的控制和他們正在推行的變革給了燕王以發起叛亂的口實。燕王說，對建文的顧問們發動的懲罰性戰役是忠于王朝的行動。隨著建文朝廷的消亡，所有這一切政治改變和制度上的革新都付之流水，它們只是作為復古和反動的背離祖制的失敗的嘗試留在人們的記憶中——是書呆子皇帝和他的不通世故而迂疏闊大和抱負不凡的，或心懷野心而又有煽動性的顧問們的一個愚不可及的消遣之作。

國內政策和內部危機

建文朝廷還有一些國內政策和措施值得注意；它們都偏離了洪武時代的既定安排。第一個措施是改進了明太祖所實行的嚴厲的法律制度。洪武帝曾經頒行了一整套法典，使之成為全帝國的法律準則。他有時用“誥”的形式來給法典做補充，有時又用“榜文”的形式來發布典型的案例。榜文第一次出現在《大誥》中；這種《大誥》在1385年和1387年之間曾經編纂、修訂和擴充。它們出現在1397年版的《大明律》中；《大明律》把這些誥和榜文都收在它的附錄中。建文帝認為他祖父的律令法典的某些部分過于苛嚴，特別是那些在誥和榜文中所定下的懲罰條款更是如此。據說，他在他祖父生前即已敦促洪武帝從他的法典中取消73條這樣的條款。在他即位以后，他禁止以誥文為根據來進行審理和判案，同時停止張貼榜文，這就使他用正式遵守律令的手法，巧妙地掩蓋了他事實上對他祖父的指令的否定。這些變革后來被永樂帝一掃而光；他恢復了太祖的所有嚴厲的誥文和榜文中的法律效力。

在財政方面，建文朝廷也制定了一些新措施，以減輕前朝某些過重的稅收。其中最重要的是減少了江南的過度的土地稅，尤其是減少了富庶的蘇州和松江這兩個府的土地重稅。這些減稅措施是繼續了洪武朝即已開始的減免政策，但是它們大大超過了以前的辦法。富庶而人口稠密的江南地區自王朝開國以來就被課以重稅，從而使這里提供了主要的財源。原來的稅款意在實行懲戒。1380年4月洪武帝曾下令減稅20%，但是即令如此，這里的土地稅仍然過于沉重。例如在1393年，僅蘇州一地全年就得交納281萬石糧米，這就是帝國2940萬石全部土地賦稅的9.5%。這樣太不平等了：蘇州僅占帝國登記在冊的耕地的八十八分之一。由于這樣過重的苛索，當地人民往往不能交足規定的稅額，特別在兇荒年代更是如此；他們拋荒了土地，變成了游民，從而更加加重了納稅居民的負擔，同時也減少了每年的稅收。1400年初，建文帝因有人申訴南直隸和浙江等地區賦稅不公而采取了行動。他下令按每畝地收一石糧的統一標準在這些府里收土地稅。洪武帝曾經禁止蘇州或松江人氏被任命為戶部尚書，借此防范出身于這些富庶州府的人們把持財政，偏私家鄉，從而犧牲了國庫的利益——現在建文帝也解除了這種禁令。很可疑的是，這些新措施是否得到了貫徹。到了1400年，建文朝廷已經深深地卷入了和燕王對陣的軍事行動之中。

另外一項財政改革是限制佛、道二教寺觀所能擁有的免稅土地的數量。這項政策是特別針對佛、道僧道們在江南富庶州府的情況而發的，因為在洪武帝的庇護下僧道們都攫奪了大量的肥田沃土，從而變成了有權有勢的地主。他們的財富激起了人們的不滿，因為宗教界的僧侶職事們不僅享有免除土地賦稅和徭役的權力，甚至還把不法負擔強加給當地居民，即占用他們的土地，強迫他們為自己服勞役。朝中的官員上了兩份奏疏，請求限制佛教和道教界人士的土地占有數量，建文帝在1401年8月發出的一道詔旨中批準了他們的建議。這一新命令只準每一名僧道擁有不超過五畝免除賦稅的土地；多余土地應分給需要土地的人民。這個政策又使得燕王找到了另一口實，說他的侄子如何違犯了《祖訓錄》；它進一步為他提供了對皇帝進行“懲戒行動”的理由。

這些命令未必都曾經付諸實施，因為建文朝廷此后不久就夭折了。但是，由于它們侵犯了佛教和道教僧侶們的既得利益，這些政策無疑地疏遠了宗教界，特別是得罪了佛教徒。因此，許多佛教僧人都為燕王叛軍效勞是不足為奇的：他們的領袖是這位僭主的顧問，即和尚道衍，此人自1382年以來即已為燕王服務（他后來名姚廣孝，1335—1418年）。

削奪諸藩王的權力

建文帝對諸藩王國度里的行政也進行了一些改革：設置了賓輔和伴讀，并讓翰林學士以儒家的為政傳統教育和輔導諸幼年王子。王子們還進一步不準參與文、武政事；這個命令顯然與《祖訓錄》中的規定大相徑庭。這些加強了皇帝對藩王控制的新條令是意在取消半自治性質的封國的總戰略的一部分。

削奪世襲封國的政策的產生是由于擔心幾個有野心的皇叔可能要發難，特別是擔心燕王朱棣。1370年以后，明太祖陸續分封了他年長的九個兒子（其中包括朱棣），把他們封在西北邊境和長江中部，王位世襲；這些藩屬王國都是用來作為抗擊蒙古侵略和鎮壓叛亂的支柱。王子們都享有巨額年俸和廣泛的特權；雖然他們在法律上對境內平民百姓不享有直接的行政權力，但他們每人都節制三支輔助部隊，其人數在3000到1.5萬之間。

為了確保他對分封諸王國的控制，開國皇帝在他的《祖訓錄》中曾定下了一系列條令規章來管束諸藩王的行為。《祖訓錄》首次發布于1381年，后來又在1395年做了修改。其中有一條規定：在新皇登極以后的三年時間內藩王們不許來朝廷，只能留守藩封。可是，如果有“奸臣”在朝廷當道，諸王得準備他們的兵力，聽候新皇帝召他們來“撥亂反正”，而在完成了他們的任務和驅逐了奸佞以后，他們仍應返回封地。

對于合法的繼承原則定下了一條重要的規矩；它既適用于藩封王子的繼承，也適用皇位的繼承。其中主要的一條原則是繼承人應該是長子，并為嫡妻所生。如果這一點已不可能，嫡妻所生的第二個兒子將成為合法繼承人。為了使這些家法垂諸久遠，明太祖對后嗣下了嚴厲的警告，禁止他們對他的訓示有一絲一毫的改動；而且他告誡諸王，對任何違犯者，甚至皇帝本人，他們都可以群起而攻之。這位開國皇帝的想法是很不現實的。制度上的調整總是不可避免的。新皇帝當時企圖削奪諸王的權力，這就使他與他的叔父們——特別是燕王朱棣——發生了公開的沖突。然而可以理解的是，在這些藩王看來，他想削奪分封諸王一向享有的權力和特權的行動嚴重地違反了《祖訓錄》。

人們向來認為削藩的政策是黃子澄和齊泰的主意，但是，它也可以說是出自皇帝的圣裁。黃子澄是這一政策最積極的擁護者，據說他使皇帝對采取這項政策的重要性獲得了很深的印象，因為他向皇帝講述了公元前154年漢代的七國之亂反對漢景帝（公元前157-前141年在位）的故事，而且也一般地提示了這些強大而又擁有半自治權力的藩封所特有的潛在危險性。他們曾經考慮了兩種行動路線：一是徹底廢除藩封諸王國；一是減少他們的政治和軍事大權。主要的目標是燕王。到了這個時候，洪武帝的二子和三子均已故去，只剩下燕王是現在健在的最年長而又權勢最大的藩王，同時他也是皇家禮儀上的尊長。幾經斟酌之后，建文帝決定走完全廢藩的道路。這樣便激起燕王舉兵反對皇帝，他表面上是要恢復王朝原來的制度，實際上卻是要保持他自己的權力和影響。

燕王的叛亂

令人難以對付的燕王朱棣生于1360年5月2日，他的生母也許是洪武帝的一位貢妃，據說她或者是蒙古人，或者是朝鮮人。他不像他自己后來所說的那樣為馬皇后所生；他的這種說法是想在他從他侄子手中奪取了帝位以后按照嫡長子繼承原則使他的即位合法化。他長得強壯有力，同時也精通武藝，而且據說在學習儒家經典和文學方面也是出色在行的。他的文學功底在正史中有所表述，因為這種成就符合一個儒家君主的公開的形象。1370年5月，洪武帝把他封為燕王，定他的封地在北平（今北京），讓他坐鎮北方邊境，以保證國內的安全和抵御蒙古人的入侵。

那時的燕王只有10歲，直到他成年以后才于1380年4月去北京就國。到了這時，他在宮廷已經接受了優秀學者和佛教和尚們的最好的通才教育。他在明王朝頭等將領們的輔導之下也已經開始表現出軍事領導才能；特別是徐達（1332—1385年）對他的教導更有效，因為1376年他在皇帝的意旨下娶了徐達的長女。在往后的數十年中燕王守衛他的藩封時，他經常指揮對蒙古人的戰斗，在老將們的輔弼之下很會打仗。他的功績贏得了他父親的好評，但也引起了后者的煩惱，因為他越來越變得心志不凡、目中無人和鬧獨立性。當1392年洪武帝冊封他長兄的兒子朱允炆而不是指派他為皇嗣的時候，燕王顯然是異常失望的。

1398年末，即建文帝即位之初的幾個月中，皇帝開始考慮怎樣增強自己的權力而同時削弱諸封建王國的權力，并且利用或有或無的罪名對那些較小較弱的藩王采取激烈的行動。周王朱橚（1361—1425年）是第一個倒臺的，接著另外四個王子也垮了下來：代王朱桂（1374—1446年）；湘王朱柏（1371—1399年）；齊王朱榑（1364—1428年）；以及岷王朱楩（1379—1400年）。一年之內在五個舉足輕重的藩封被廢之后，燕王便成了下一個目標。朝廷承認他是最棘手的敵人，因此在行動上很小心謹慎；可是，這樣一來反而給了燕王集結部隊和作準備的時間。

現在不能肯定，燕王何時才開始下定決心對抗朝廷。據有些材料說，他在道衍和尚（后名姚廣孝）的影響下很早就有和朝廷對著干的意思；按，道衍是明太祖派到他的王府里來任事的，并博得了他的信任。道衍據說在朱允炊被封為儲君以后曾向燕王進言，說他注定會有九五之尊；他并且鼓勵燕王謀劃進一步實現他的雄心壯志。當建文朝廷開始清洗他的兄弟們的時候，燕王馬上覺察到他的地位危殆，因而他就商于道衍（這時道衍已是他的主要顧問和謀略家），應該采取什么步驟來對付這一威脅。燕王已經用招降蒙古士兵的辦法擴充了他的部隊，同時他又和那些對新皇帝已不再抱幻想的宦官內外勾結起來。可是他還無意立即行事，因為他的三個兒子正在南京作為人質，以保證他不亂說亂動。與此同時，雙方的間諜和代理人來回打報告。燕王在1398年和1399年搞了許許多多鬼把戲，又是裝病，又是裝瘋，請求遣返他的兒子們。直到1399年6月建文帝才準許他的幾個兒子回到他們父親身邊——歷史學家們把這一決定稱為愚不可及。燕王這才決心用軍事行動抗命朝廷了。

敵對行動爆發于1399年7月末。那時有個忠于建文朝的軍官抓到了屬于燕王藩國的兩名下級官員，并把他們送往南京以煽惑罪處死。燕王抓到了把柄，利用這個機會在8月5日向鄰近幾個州縣發動軍事進攻，借口要清除朝廷里的奸佞官員。這標志著在朝廷和燕王之間開始了一場血腥的、持續三年的軍事對抗。后來這場戰爭被掩飾而說成是“靖難”之役。

為了給他的叛亂設詞辯解，燕王在后來幾個月內精心策劃了幾篇文告：它們包括在1399年8月和12月致朝廷的兩封信，以及后來給官民一體知照的宣言。這位藩王堅持說，他正在進行的是終止內亂的正義行動，而且無論衡之以儒家的孝道，還是衡之以規定諸藩王義務的《祖訓錄》中的條款，他的行為都是對的。他指責皇帝，特別是指責皇帝沒有把他父皇的病情告知他，沒有讓他奔喪；另外，還指責皇帝毀壞先皇所居之宮室，從而背棄了洪武帝的祖訓。

他還指責皇帝受齊泰、黃子澄等宵小之臣的誘惑，對諸皇子進行了迫害，并且錯誤地指控他在做軍事準備來反對皇帝。他爭辯說，他所采取的行動是正當的自衛，同時他要求皇帝去掉左右的奸詐顧問們，恢復太祖皇帝的法律和制度。除此之外他還聲稱，他有義務來執行這次懲戒使命，因為他是馬皇后所生的最年長的健在兒子，執行使命責無旁貸；他指天誓日地否認他對帝位感興趣，只是說他是本著《祖訓錄》中的規定而開始清除朝廷中的小人官員的。

根據現代歷史學家所提供的材料，他的任何指責是否有充分的事實根據，或者他是否真正能夠在當時就把這些論點公之于世，是值得懷疑的。可是，這些指責對燕王來說卻是關系成敗的問題；最終地它們要使他對抗朝廷的行動站得住腳，并且還可幫助他糾集能夠抗命的人馬。這就是為什么這位藩王在篡奪皇位以后要竄改歷史記述，把那些和他的言論相矛盾的記載統統去掉，換上支持他的合法繼承權力的一些歷史說辭。

內戰（1399年8月至1402年7月）

在叛亂開始的時期，燕王尚不占兵力上的優勢。他的軍隊只有10萬人。除了他的封地北京之外他也沒有能夠控制任何其他領土。南京的建文朝廷有一支三倍于燕王軍隊的常備軍，擁有豐富的資源，并且已經廢除了幾個封建藩國。但是，這種簡單的比較會把人引入歧途。燕王的強大表現在這樣幾個方面：他自己有領導能力；他的軍隊素質高——包括來自兀良哈諸衛的蒙古騎兵大隊人馬；他的戰略高超；他又有不可動搖的必勝的決心。反之，皇帝的軍隊因指揮上無決斷和協同作戰不力而大受損害；同時朝廷又分散精力去搞那些甚非急務的政府改組工作，這當然也影響了戰局。

從1399年末到1401年中葉是戰爭的開始階段，它主要限于北京（北平）府的附近州縣和山東濟南附近的據點。戰爭正式開始于8月末，那時建文帝派遣耿炳文（約1339—1404年）這位退休的高級軍官為大將軍去平定叛亂。9月11日，耿炳文想把叛軍限制在北京附近，便在北京西南的真定部署了13萬人的大軍，但在兩個星期之后便受了重創，被打敗了。于是已故的將軍李文忠（1139—1184年）之長子李景隆接過了指揮權，但是，他也同樣無能。10月中旬，燕王離開他的封地去尋求新兵，李景隆便乘他不在北京的機會率領討伐軍從南京地區開往北京。他在11月12日合圍北京，但是燕王馬上回師并擊敗了李景隆；因為李景隆的士卒大多數是南方人，不耐北方的苦寒，因此他被迫在三個星期以后退兵到山東西北的德州。

12月6日，燕王又送了一封信給朝廷，指責齊泰和黃子澄。作為戰略上的姿態，皇帝正式罷免了他們兩人的官職，用茹瑺（1409年死）代替了齊泰。可是，事實上他繼續依靠他們出謀劃策。在1400年1月月中，燕王又在西北發動了攻勢，攻入山西。他在山西攻取了一個關鍵的府城之后就直趨首府大同。李景隆拖延了時日。當他的援兵在3月份到達大同時，燕王已經回師北京，李景隆便帶著疲憊和深受北方寒凍之害的軍隊返回德州。

1400年5月，雙方在北直隸中部保定附近的白溝河岸上展開了一場大戰。李景隆這一次想用鉗形攻勢一舉粉碎燕王的軍隊，但是他在5月14日因大暴雨和洪水而失敗了。四天以后，兩軍約60萬人馬打了一場對陣戰。李景隆的軍隊擁有火器裝備。但是他再一次受重創而潰敗，在5月30日先退到德州，然后又退到濟南。燕王卻受到平安將軍（1409年死）部下一支帝國騎兵隊伍的威脅，幸而他的次子朱高煦從北京率援軍來到才救他脫離了險境。

6月1日，燕王恢復了攻勢，第一步進攻德州。在開赴德州的途中他擊敗了李景隆勞頓不堪的軍隊，并于6月8日圍困了該城。德州由平安和盛庸（1403年死）防守；后者是帝國最能征善戰的將領之一。燕王對守軍的攻勢沒有取得什么進展，而且在帝國軍隊手下連吃幾次敗仗，因為皇帝的部隊有時出城襲擊他的后方。9月4日，當燕王得知從南京正在開來一支救援部隊時，他解圍而去，退回了北京。皇帝的軍隊再次控制了德州。朝廷對李景隆的表現不佳感到沮喪，就在6月后期免了他的職，而以盛庸為大將軍來負責平定叛軍。在1400年秋天到1401年春天之間，燕王從逃離南京的宦官和將軍們那里得了些消息，便借此機會決定打一場消耗戰。他采用游擊戰術，在北直隸的南部和山東西部進行一些牽制戰和佯攻戰，同時他找出了能繞過許多設防據點的南進路線。這就揭開了內戰的新的一頁。

1401年1月9日和10日，燕王進攻山東境內運河之西的東昌，但遭受了重大的失敗。帝國的大將軍盛庸這一次又使用了火器，打死了燕王軍隊中的幾名將領和數萬士兵。燕王在撤退回北京的時候，幾乎被平安的騎兵所生擒。皇帝被這次捷報所鼓舞，在1月31日又恢復了齊泰和黃子澄的職務。燕王下決心要控制北直隸的南部，他在2月28日恢復了攻勢。4月5日和6日，他的軍隊重創了德州附近滹沱河以北夾河上的盛庸的軍隊。這個月的晚些時候，燕王又擊潰了平安的援兵。皇帝在失望之中于4月17日重新罷免了齊泰和黃子澄，而以茹瑺取代齊泰——茹瑺和遭貶的李景隆當時是朝廷里的主和派領袖人物。

這種重新組合的方式形成了人們熟悉的格局。當勝利似乎在望時，齊泰和黃子澄被官復原職；當戰局不利時，他們又被罷了官。這不僅是意在安撫燕王的一種只有象征意義的人事變動；它表現了皇帝周圍存在著嚴重的派系斗爭。在政府新班子的領導下，皇帝向燕王做了一些最后遭致夭折的和平試探。但是，他繼續支持他的這兩位主要的顧問，而且委托他們去長江中游組織民兵隊伍，以取得對他的帝業的支持。

在整個這個夏天，燕王不斷襲擊通往真定和德州的運河供應線，搗毀了從北直隸南部到山東南部的倉庫和運輸設施。1401年7月初，盛庸未能切斷燕王沿運河的供應線；這條線路使山東北部的帝國部隊面臨很大危險。8月末，平安從真定對北京發動一次勝利的反擊，迫使燕王又一次回師北上。但是，平安和他的僚屬們在10月末又被遏阻，燕王則在11月底回到了北京。與此同時，建文朝廷從朝鮮輸入戰馬，想以此增強它的戰斗力，因為朝鮮國王李芳遠（1400—1418年在位）公開表示支持皇帝打燕王。但是這些辦法未能影響戰爭的結局，因為軍事領導太無能了。

1402年1月，燕王離開他的封國，開始對南京發動一次新攻勢。他聽了給他當間諜的皇宮內太監們的勸告，繞過了運河沿岸、安徽和南直隸的淮河沿岸的設防堡壘，集中進攻那些防御甚差的城市和縣。他的部隊繞過了德州，渡過了黃河，并在一個月之內拿下了山東西北部的幾個咽喉據點，完全切斷了帝國政府通往北方的供應線。朝廷馬上派已故徐達將軍的長子、同時又是燕王妃的兄弟徐輝祖帶兵增援山東。但是他沒有能夠擋住燕王的軍隊。燕王一直南進，在3月3日拿下了南直隸西北部的徐州。這時，皇帝的軍隊從北京地區和德州撤回，想保住南京畿輔地區。

1402年4月初，燕王進入安徽北部的宿州，打敗了平安的騎兵，后者是被派來攔截他的。但是，5月23日燕王在安徽靈璧南面的祁門山受到嚴重挫折，被徐輝祖所率皇帝方面的優勢兵力打敗。燕王在這次戰事失利中幸免于難，在5天以后，他利用徐輝祖突然被召回和援軍到來的機會，對在靈璧駐兵的平安發動突襲，抓獲了平安本人和其他幾個重要將官。他的軍隊在6月7日攻破了淮河上盛庸的防線，并在繞過了淮河附近的鳳陽和運河上的淮安（在洪澤湖附近）這兩座堅固設防城市之后，以閃電的速度直下淮河，于6月17日攻占了揚州。7月1日，燕王的部隊被盛庸的水軍擋在南京對岸的浦子口。兩天以后，指揮長江舟師的都督僉事陳瑄（1365—1433年）叛投燕王，因此燕王的軍隊有了渡過長江的船只。他們馬上過了江，未遇抵抗就直抵南京城郊。

在此以前，建文帝曾經把他的軍隊從北方召還，并糾集南京附近的新兵來保衛京師，但是朝廷的政策迄至最后一刻也沒有定下來。6月20日被召回的齊泰和黃子澄力主不惜一切代價保衛京師；李景隆和茹瑞則傾向于通過談判解決問題。7月9日，皇帝派李景隆和洪武帝的第19子朱穗（1379—1417年）到南京城外的龍潭向燕王提出議和。他們回來報告說談判失敗，但是他們顯然利用這次使命想用別的辦法終止戰爭。5天以后，即7月13日，李景隆和當時防守金川門的朱橞私下密謀。他們不經戰斗，大開城門，歡迎燕王入城。

在燕王軍隊抵達后的一場混戰中，南京城內的皇宮大院起了火。當火勢撲滅后發現了幾具燒焦了的尸體，據說它們是皇帝、馬皇后（于1395年結婚）和他的長子朱文奎（1396年生）的尸體。皇帝最后的真正命運仍然是一個謎。不能肯定他是否真的被燒死了；后來對他的帝業抱同情心的歷史學家們都說他喬裝成和尚逃離南京。官方歷史學家當然只能說皇帝及其長子已死于難中；否則，燕王就不可能稱帝了。皇帝的第二個兒子朱文圭當時只有兩歲，他和皇帝家中其余幸存的成員一起被生擒。他被免于一死，但和其他家人一起被長期監禁，直到1457年他56歲時才重獲自由。

燕王在禮儀上拒絕了他的支持者們反復勸進之后的幾天，于1402年7月17日即皇帝位，但不是繼承建文帝的帝位，而是繼承太祖高皇帝的帝位。次日，他下令給據說是建文帝及其家屬的遺體安葬如儀，但是，他沒有給這位死去的皇帝以謚號。接著他發了幾道文告，把他的登極遍告國內和國外。1402年剩下的幾個月被稱為洪武三十五年。新皇帝用這種辦法明確地否定了建文帝的合法性。他把次年稱為永樂元年。開國皇帝的所有法律和制度一概予以恢復。另外，新皇帝命令銷毀建文時期的檔案，只留下關于財政和軍事問題的檔案，同時他又禁止關于這個時期的事件的一切論述。

新皇帝專門用最暴烈的手段對待忠于建文帝的官員們——像齊泰、黃子澄和方孝孺。他曾經希望那個不易收買的方孝孺現在會俯首承認他的勝利并給他效命，以此操縱士大夫階級來支持他的事業。方孝孺對他破口大罵，因此方和另外一些人一起被殘酷地處死，并被說成是曾經錯誤地引導皇帝的大奸臣。這是一次恐嚇中國有獨立思想的知識分子的血腥行動。在此期間，和從前建文皇帝的官員有牽連的成千上萬無辜的人或者被處死，或者被監押，或者被流放。這一次血腥清洗的猛烈程度只有明太祖所實行的暴政可與之相比。

建文帝的遺產

不管建文帝是被焚而死還是為了逃避而喬裝成和尚，他的結局很凄慘，失掉了九五之尊。為了實行報復，永樂時期的官方歷史掩蓋了建文的年號而人為地把明太祖的統治時期延長了4年，即從洪武三十二年延長到洪武三十五年（1399—1402年）：這個時期曾經被歷史學家稱之為“革除”時期。建文的年號遲至1595年10月才被萬歷皇帝恢復，那是作為編纂明王朝歷史的流產的計劃的一部分提出來的。可是，要到242年以后的1644年7月，南明君主福王朱由崧（1646年死）才定建文帝的廟號為“惠宗”，謚號為“讓皇帝”。這后一個尊號之所以被選用是為了適應民間傳說，即建文帝并未死于宮中大火，而是為了解除內戰的普遍苦難而自愿遜位給他的叔父的。

福王的統治不過一年，這個統治及其敕令均未被清政權所承認。只是到了1736年9月當乾隆帝（1736—1796年在位）封建文帝為“恭愍惠帝”時，他的皇帝地位才完全恢復。由于這種種情況，他在明王朝的正史（《明史》,1736年）中被稱為“恭愍惠帝”，但在由王鴻緒（1645—1723年）在1723年完成的更早一些的《明史稿》中還是直截了當地被稱為“建文帝”。

建文皇帝和他的顧問們在他們的真誠而勇敢地致力于提倡仁慈的文官統治和推進群眾福利方面，留下了一筆重要的遺產。他們放棄了明太祖的政策，并且與燕王發生了沖突，因為他們是在不同的背景下掌權的，同時又公開承認有不同的統治概念。燕王的權力是建立在北方邊境上，而且依靠的是軍官們的支持；建文帝及其左右與此不同，他們是以南京為基地，他們依靠的是長江下游的儒家精英階層。他們認為搞像洪武帝時期那樣的極權主義的和軍國主義的統治，會大大地危及王朝，因此他們相信只有提高儒家價值觀和文官的權威，去掉有權勢的和半自治的諸藩封王子，才能使之得到糾正。他們沒有成功，倒不是因為他們在兵力上次于燕王，而是因為他們沒有多少實際經驗，在戰場上缺乏果斷的領導、周密的計劃和首尾一貫的戰略方針。

這次內戰對于明王朝所產生的結果已經超出了爭奪帝位的鬩墻之爭。洪武帝封建半自治的藩王已經對王朝的穩定造成了嚴重的威脅；同時，用軍事勢力壓過文官制度的辦法來支撐獨裁統治，這就在無意中挖了皇帝權力的墻腳。燕王的勝利不僅是一個藩王對皇帝朝廷的勝利，它也是軍人權力對文官政府的勝利。燕王——即永樂帝——無限期地延續了開國皇帝的軍事遺產。這份遺產使文官政府黯然失色，還使帝國達到了權力和影響的頂峰。可是，建文帝的文官之治的理想并未喪失殆盡，它仍被繼續在永樂帝手下供職的前洪武帝和建文帝時期的官員們所珍惜。而且當永樂帝死后，他們再一次提倡儒家關于文官政府的原則，并在洪熙和宣德兩朝取得了具體結果。

在通俗性的歷史著作中，建文之治通過關于這位命途多舛的皇帝的大量傳奇故事而受到人們的懷念——這些傳奇之所以產生是由于人們同情他的苦難遭遇，以及被他的有神秘色彩的命運所吸引。這一傳統最初之所以形成，是因為人們天真地相信，在南京陷落時皇帝并沒有死于宮中之火，而是喬裝成和尚設法逃離了京師。后來情節變得越來越復雜了。1440年末的一個稀奇古怪的事件表明了這個傳說有多少人信以為真。有一個90歲的老和尚利用這個傳說來到了正統皇帝的朝廷，自稱他是從前的皇帝。這個騙子后來被揭露并處死了，但這個事件卻助長了人們的幻想，也激發了其他相關傳說的產生。

在16世紀以后關于這個題材的小說演義中，建文帝和他的殉難的隨從人士都逐漸變成了悲劇式的英雄人物。這些作品都把這位皇帝描寫成為一位勤于政事的和仁慈的君主，對他的叔父慷慨大度，并自動地提出把皇位讓給了后者。它們還渲染一個故事，說在京師失守之日他逃脫了叛變者的耳目，當了一位高壽的和尚，死后仍然留有后代。它們也同情地描述建文的殉節者，如齊泰、黃子澄和方孝孺，說他們是忠臣義士，聲稱他們的身后也仍有許多后嗣，盡管他們受到迫害。這些無奇不有的傳奇故事不僅反映了人們對建文帝及其所信奉的理想的同情，它們還表明了對于永樂皇帝的不公正所要傾瀉的被壓抑的憤怒以及對他的暴虐政策的不滿情緒，同時也是對他篡奪合法繼承權的否定。

說建文帝自動地讓位給燕王，這種故事越來越受到人們的歡迎。此說甚至被鄭曉（1499—1566年）認為有可信的歷史真實性，并把它收于他的《建文遜國記》（約1566年）中。它因此助長了人們給建文帝重新樹立形象的心理，并導致在1595年正式恢復了他的年號的行動。關于建文朝代的幻想故事和傳聞軼事在下一個世紀仍然不斷地出現。這些傳說變成了人們發泄壓抑情緒的通風口，是他們在極權統治下對要求仁慈和正義的呼吁。它們不僅戲劇化了這位皇帝的英雄業績，使他成了悲劇式的人物。由于它們進而想糾正不公正，它們譴責永樂皇帝及其支持者們是一伙叛賊和惡棍。人民群眾對這位先前的皇帝的同情是如此普遍，致使它被明末清初的許多叛亂領袖所利用，他們都偽稱自己是他的合法的后代。在學者精英階層中，從明代中葉和末葉起，也一直增長著這種譴責永樂皇帝的傾向（雖然只是用掩蓋的詞句來寫的），因為他們把社會問題看成是他的專制政策的后果；所以在這種傾向中也存在著類似的對他的同情心。乾隆皇帝在1736年決定恢復建文帝的合法地位，其部分原因便是人民和士大夫精英懷有這樣的情緒。