帝于嗣昌始終眷注，慰勞賜敕，犒師發帑，一再相望。嗣昌以獻忠等盡入蜀，身率師尾之，檄諸將邀擊，令俱不行。下令降者授官，唯獻忠不赦，擒斬者賚萬金爵侯。翊日，軍府自堂皇至庖湢遍題：“斬嗣昌獻者，賚白金三錢。”嗣昌駭愕。嗣昌小有才，躬親簿書，軍行必自裁進止，千里待報，常失機會。鄖陽撫治王鰲永嘗諫之，不納，旋奏罷鰲永而代以袁繼咸。鰲永上書于朝曰：“嗣昌用師一年，蕩平未奏，非謀慮之不長，緣操心之太苦。天下事，總挈大綱則易，獨周萬目甚難，況賊情瞬息更變，舉數千里征伐機宜盡出一人，文牒往返，動逾旬月，坐失事機，無怪乎經年不戰也。其間瑪瑙山一捷，督輔本號令良玉退守興安，若必遵之，無此捷矣。陛下任嗣昌，不必令與諸將同功罪，但責其提衡諸將之功罪；嗣昌馭諸將，不必人人授以機宜，但核其機宜之當否；則嗣昌心有余閑，自能決奇制勝，何至久延歲月，勞師糜餉哉？”鰲永所陳，頗中嗣昌之病。帝令中樞飭嗣昌，嗣昌性所偏，不能從也（鰲永明亡后降清，入《貳臣傳》）。獻忠等既橫行蜀中，由蜀南而復西。十四年正月，嗣昌統舟師下云陽，檄諸軍陸行追擊，諸軍唯猛如虎躡其后，與戰黃陵城，大敗，獻忠入楚。嗣昌檄良玉兵，不應，獻忠乃輕騎一日夜馳三百里，抵襄陽，誘啟城門，執襄王。獻忠坐王堂下，予之酒曰：“吾欲斬楊嗣昌頭，嗣昌在遠，今借王頭，俾嗣昌以陷藩伏法，王努力盡此酒。”遂害王。襄陽故熊文燦所駐，嗣昌來代，以其地為重鎮，設守甚備，竟被破之。嗣昌在夷陵，驚悸，上疏請死，下至沙市，又洛陽已陷，福王亦遇害，益憂懼，遂不食，以三月朔日死。廷臣交章論列，嗣昌已由鄖撫袁繼咸、河南巡按高名衡以自裁聞，而其子則以病卒報，莫能明矣。廷臣論嗣昌罪，帝終念之，賜祭，令有司護柩還籍，且論前功，進太子太傅。后獻忠陷武陵，發其七世祖墓，焚嗣昌夫婦柩，其子孫獲半尸改葬焉。
嗣昌在中樞，在內閣，所倚者熊文燦，所忌而陷之者盧象升、孫傳庭。其才茍在平世，未嘗不可供簿書文墨之用。要其苛察自用，無知人之明，尤根本誤在柄國而不知恤民，與帝同一受病，謂其甘心禍國，有何等贓污瀆職，則非也。帝固以此信之，嗣昌亦以此自信。其子山松，后作《孤兒吁天錄》，到處為乃父辯誣，言其有勞無過。當清修《明史》之日，冀以此涂飾史館諸人耳目，為作佳傳。館臣未受其誤，然當時固有受誤者矣，潘耒《遂初堂集》有《閱孤兒吁天錄》詩云：“是父有是子，忠孝聲不墜。信史垂千秋，公論未宜廢。”等句。竟顛倒黑白至此！
建州之為明患，清太宗之繼承太祖，由天命改稱天聰，乃在崇禎改元之先一年。其對明屢言愿和，亦未必非蓄銳持重本意。自袁崇煥遣使通吊以后，任事者亦非無欲和之意，在明欲休民整軍，實宜許和而修內政。乃力已不競，必爭虛驕之氣，欲建州屈身歸罪，而后宣赦受降，其勢不能。于是君臣間務為掩耳盜鈴之計，意實愿和，而有人揭明和字，必引為大恥，譴責任事之臣，朝野議論，亦以言和者為賣國大罪，劫持君相，君相又無知己知彼之定力，始用反間而殺袁崇煥，使天下誤信為以言和受戮。既而陳新甲在兵部主和，而帝意亦向之，唯意在委其事于本兵，或者外有虛驕之浮言，即可譴本兵以自蓋其丑，君臣間先有此等巧卸謬見。一聞新甲揚言主和已得帝允，則發怒殺之，天下亦多以為主和當殺。危急時一聽不負責任者之意氣用事。又敢于敲剝國中，驅民走險，以自剿絕其命，此所以童昏之武宗、熹宗不亡國，時未至也；思宗而欲免于亡，非于任人恤民兩事加意不可，乃俱反之，獨自謂“非亡國之君”，此其所以死而不悟其非也。若自知所為足以亡國，或尚有一線之望耳，乃至殉國之日，猶曰“朕非亡國之君”，可謂至死不悟矣。至后人亦諒其非亡國之君，則美其能殉社稷，固應善善從長也。
自熊文燦主撫，楊嗣昌受代督師，皆與張獻忠為相涉。李自成之起在獻忠后，闖王之號本襲高迎祥舊稱，迎祥與獻忠為同起。至自成露頭角，在車箱峽一役，用計得出險，事在崇禎七年六月。八年正月，陷鳳陽，燔皇陵，自成從獻忠求皇陵監小閹善鼓吹者不得，怒偕迎祥輩入陜，而與獻忠分途。獻忠獨東下。自成在陜與洪承疇軍久周旋，自成兄子過與高杰，皆為所部勇悍善戰者，屢敗官軍，既而杰降承疇。九月，承疇與自成大戰渭南、臨潼，自成敗，遂復偕迎祥出朱陽關，與獻忠合，陷陜州，攻洛陽，出入豫、皖之間。而是時盧象升新授總理江北、河南、湖廣、四川軍務。九年春，自成、迎祥等方南犯，已臨江，犯江浦、六合不得逞，西攻滁州，象升自鳳陽會諸路師來援，大破之于朱龍橋。時官軍屢衄，諸將畏懼不前，象升激以忠義，軍中嘗絕糧三日，象升亦水漿不入口，以是得將士心，戰輒有功。迎祥等再入豫、楚、秦、蜀之交，得紛集山谷，迄不能平。迎祥與自成由鄖、襄山谷再分道入陜，迎祥趨興安、漢中，自成走延綏，犯鞏昌，一再敗官軍，自成勢復振。會廷議推孫傳庭為陜撫，乃遣將擊斬據商洛之整齊王，躬督軍破迎祥，迎祥被擒，時在九年七月。自成繼迎祥為闖王，李闖之稱實始于是。
當傳庭督戰關中之日，正清太宗大舉入塞之時，清兵由喜峰口入，蹂躪畿輔，京師戒嚴。盧象升入援北去，改任宣大總督，承疇、傳庭任軍事，屢獲勝，而荊、襄改任熊文燦為總理，與楊嗣昌相倚，主招撫。獻忠以受撫借餉養銳，自成則為洪、孫所迫入商洛山中，一時勢焰稍衰。十一月九日，清兵再入邊，嗣昌在本兵，既陷盧象升致戰死，又忌孫傳庭逮之下獄，而調洪承疇督薊遼，平亂之軍事一委之熊文燦。于是自成、獻忠復起。至文燦罪狀昭著，嗣昌自出督師，入蜀多與獻忠接觸，而自成獨走河南，收集眾多，得閹黨尚書李精白子信，以曾發粟活饑民，為民所德，歸自成為之號召。又有盧氏舉人牛金星、卜者宋獻策皆歸之。改李信名巖，聽其言，散所掠財物振[賑]饑民，有“迎闖王，不納糧”之詞，兒童相歌以煽動，從自成者日眾。福王常洵封于洛陽，擁厚貲不恤士，自成至，營卒與通，陷其城。自成頗得饑民愛戴，一再圍開封不克。會楊嗣昌已累敗而死，復起孫傳庭于獄中，時在十五年正月。傳庭方日夜治軍于關中，自成三攻開封，監軍御史蘇京趣傳庭出關，傳庭上言兵新募不堪用，帝不聽，不得已出。九月抵潼關，開封已陷。自成西行逆秦師，傳庭軍先勝后敗，天大雨，糧不至，士卒采青柿以食，凍且饑，故敗，謂之“柿園之役”。傳庭敗歸陜西，計守潼關，扼京師上游，且軍新集，不利速戰，益募勇士，開屯田，繕器積粟，督工嚴急，秦民苦之。秦士大夫乃相與嘩于朝，言“秦督玩寇”。十六年五月，朝命兼督河南、四川軍務，又加督山西、湖廣、貴州及江南北軍，賜劍，趣戰益急。傳庭不得已，嘆曰：“往不返矣，然丈夫豈能再對獄吏？”訣妻子，再出師。時自成方據襄陽，號襄京，署置官屬，自稱新順王。集議所向，牛金星勸走京師，楊永裕請下金陵，斷北方糧道，顧君恩獨曰：“金陵居下流，失之緩；直走京師，不勝，退安所歸？失之急。關中桑梓地，百二山河，得天下三分之二，先取之立基業，旁略三邊，資其兵力攻取山西，后向京師，庶進戰退守，萬全無失。”自成從之。乃集眾謀渡河，傳庭分兵防御。既迫于朝議出師，遂與自成戰，大破之于郟，幾禽[擒]自成。會天大雨，道濘，糧車不進，自成以輕騎出汝州截糧道，傳庭乃分軍，自率軍迎糧，其守營軍于傳庭既行，亦爭發，自成軍遂躡其后，官軍大敗。傳庭至潼關，不復振。十月，自成陷潼關，傳庭死之，自成遂達成入關之謀。傳庭兩出師，皆為雨所敗，亦天時人事相會以助自成，遂竟亡明。或言傳庭不死，帝疑之，不予贈蔭。不半載，京師亦不守矣。
自成入潼關，列城不攻自破，遂攻西安，守將開門納之，執秦王存樞以為權將軍，余宗藩及文武大吏死或降相繼。乘勝取寧夏，下慶陽，執韓王亶塉。攻蘭州，甘肅巡撫林曰瑞死之，進陷西寧，于是肅州、山丹、永昌、鎮番、莊浪皆降，全陜皆沒。十七年正月庚寅朔，定國號大順，改元永昌。先得西安及屬城時，已改其故鄉延安府曰天保，米脂曰天保縣，清澗曰天波府，至是改己名曰自晟，追尊其曾祖以下加謚號，以李繼遷為太祖。設天佑殿大學士，授牛金星，置六政府尚書，設弘文館、文諭院，諫議、直指使、從政統會尚契司、驗馬寺、知政使、書寫房等官。復五等爵，大封功臣，侯劉宗敏以下九人，伯劉體純以下七十二人，子三十人，男五十五人。定軍制：有一馬儳行列者斬之，馬騰入田苗者斬之。籍步兵四十萬，馬兵六十萬。兵政侍郎楊王休為都肄。出橫門至渭橋，金鼓動地。令弘文館學士李化鱗等草檄馳諭遠近，指斥乘輿。先是自成既下全陜后，乃遣兵渡河陷平陽，殺宗室三百余人，進陷各縣，至是多望風送款。二月，自成自渡河，破汾州，徇河曲、靜樂，攻太原，執晉王求桂，巡撫蔡懋德死之。北徇忻、代，寧武總兵周遇吉戰死，并邊東陷大同，殺代王傳囗 ，代藩宗室殆盡。攻宣府，總兵姜瓖降，巡撫朱之馮死之，遂趨陽和，由柳溝逼居庸，總兵唐通、太監杜之秩迎降。三月十三日焚昌平。先遣人輦重貨或賈販都市，或充部院掾吏，刺探機密，朝廷有謀議，數千里立馳報，而兵部發騎往探，輒勾之降，無一還者。游騎至平則門，京師猶不知。十七日，環攻九門，門外先設三大營悉降。京師久乏餉，乘陴者少，益以內侍，內侍專守城事，百司不敢問。十八日，攻益急，既降之宣府監視太監杜勛，自成遣縋入見帝，索禪位。帝怒叱之，下詔親征。日暝，帝所尊信之太監曹化淳啟彰義門，自成軍盡入，帝出宮登煤山，望烽火徹天，嘆曰：“苦我民耳！”歸乾清宮，令送太子及永王、定王于戚臣周奎、田弘遇第，劍擊長公主，趣皇后自盡。十九日天未明，鳴鐘集百官，無至者，復登煤山，書衣襟為遺詔，以帛自縊于山亭，帝遂崩，明亡。綜帝之世，廟堂所任，以奸諛險諂為多且久，文武忠干之臣，務摧折戮辱，或迫使陣亡，或為敵所禽[擒]。至不信外廷，專倚內侍，卒致開門引入。而當可以恤民時，君臣銳意刻剝，至臨殉之日，乃嘆曰“苦我民”，使早存此一念，以為辨別用人之準，則救亡猶有可望，乃有幾微大柄在手，即不肯發是心，猶不自承為亡國之君，何可得也！