嗣昌設十面之網，意在主戰，與文燦主撫，本不相中。文燦既至，良玉桀驁，不受節制，其下又與粵軍不和，大詬，不得已遣還南軍，然良玉實不為用，嗣昌言于帝，乃以邊將馮舉、苗有才五千人隸焉。時嗣昌號建四正六隅策，文燦則決計招降，初抵安慶，即遣人招張獻忠、劉國能，二人聽命，乃益刊招降檄布通都。又請盡遷民與粟閉城中，期無所掠當自退。帝怒，譙讓文燦，嗣昌以既已任之，則曲為之解，仍上疏克期平定，以今年十二月至明年二月為限。當時任事者，尚有總督洪承疇。嗣昌言于帝：“熊文燦任事僅三月，承疇七年不效，論者繩文燦急，而承疇縱寇莫為言?！钡壑貌幸庾笥?，變色曰：“督理二臣但責及時平賊，奈何以久近借之口？”嗣昌乃不敢言。嗣昌建合剿之策，謂必可平定，而專任文燦。文燦則專主撫，所主張本不相合，帝亦不復詰，亦無言者。初，獻忠為左良玉軍所敗，中箭創甚不能戰，十一年春，偵知陳洪范隸文燦麾下為總兵，因遣間赍重幣獻洪范，愿率所部降。洪范以告文燦，受其降。獻忠遂據谷城，請十萬人餉。文燦又招十三家先后降。嗣昌方以逾期故，疏引罪乞代，帝不許，命察行間功罪，乃盛稱文燦功而罪承疇。承疇方與陜撫孫傳庭大破李自成，自成走入崤函山中。獻忠則在谷城治甲仗，言者知其必反，而帝信嗣昌倚文燦，不為憂。十二年五月，獻忠合十三家一時并起，設伏敗左良玉兵。帝聞變大驚，削文燦官，戴罪視事。嗣昌于六月甫由兵部尚書改禮部，兼東閣大學士，入參機務，仍掌兵部事。變既聞，上疏請斥，不許。帝以既撓群議用嗣昌，悟其不足倚，而猶冀其一出平亂謝天下，遂命以輔臣督師。再疏辭，不允。以九月杪抵襄陽，入文燦軍，聽文燦自訴，且檄召文燦所用知府萬年策、僉事孔貞會效用軍前，而河南巡按高名衡既劾文燦，又劾二人以撫愚文燦不可用。嗣昌發憤疏辯，謂：“廷臣以文燦不能剿賊，誣其無才；不能用兵，誣其無算。文燦特過持重耳，流寇數十百萬，不可勝誅，必撫剿并施，方可解散。文燦收拾兩年，功已十成六七，獨獻忠再叛，八營動搖。今以一眚廢置，并所用之人訾之，非公論”（此疏見《明史稿·嗣昌傳》）。以此曲庇文燦，而帝卒重罪之，文燦以十三年十月棄市。
十一年九月，建州又復入邊，以宣大、山西總督盧象升督師御之。象升亦以與嗣昌議不合，遂以監軍中官高起潛分其兵，又扼其餉，陷象升陣亡。又與起潛比，謂象升不死。有詔驗視，贊畫楊廷麟得其尸，嗣昌故靳之。遣三邏卒察其死狀，其一人俞振龍者，歸言象升實死，嗣昌怒，鞭之三百，暴尸八十日而后殮。終嗣昌未死之日，不得議恤。象升以對建州主戰，而嗣昌在本兵因與不合陷之，并欲沒其死事之烈，此為嗣昌一大罪狀。方是時，文燦主撫亦當嗣昌意，嗣昌歸功文燦而欲傾承疇。帝以東事亟，召承疇、傳庭入援，嗣昌議移承疇督薊遼，且盡留承疇所率入援之秦兵，屬承疇東守。傳庭謂嗣昌：“秦軍不可留。秦軍妻子俱在秦，久留于邊，非嘩則逃，不復為吾用。安危之機不可不察。”嗣昌不聽，傳庭疏爭之，帝不能用，不勝郁郁，耳遂聾。初傳庭入衛，象升方戰歿，命代統諸鎮援軍，請召對決大計，嗣昌以傳庭與己多不同，高起潛亦與傳庭不協，合而沮之，竟不得入朝。十二年春，承疇與傳庭并受命，承疇督薊、遼，傳庭督保定、山東、河北軍務。復疏請陛見，嗣昌大驚，謂傳庭將傾己，飭來役赍疏還之，傳庭憤甚，耳益聾，不能聽機事，遂乞休，嗣昌又劾其托疾。帝大怒，斥為民，下巡撫楊一儁[俊]核真偽。一儁[俊]奏言非偽，并下一儁[俊]獄，傳庭長系待決。舉朝知其冤，莫敢言。系獄三年，至嗣昌敗后，朝士乃交薦起督陜。嗣昌主兵柄時，大將任戰者，僅盧象升、孫傳庭、洪承疇為最著。嗣昌陷盧死，并仇其死后，陷孫幾死，復排洪于外，所倚所庇唯有熊文燦，此其任本兵時之所為也。而其時于顛倒命將是非之外，又有殘民以絕國脈之大罪。當萬歷末，以清犯遼東，三次加派，已驅民走險而致大亂。崇禎間，一再加派，曰剿餉，曰練餉，合前萬歷末所加名遼餉，共謂之三餉。剿餉、練餉，皆嗣昌主議而帝用之。擁剿餉而不剿，擁練餉而無可練。至清入關而首除三餉，遂取中國，而民已多數安之，是尤為新朝造取代之資矣。謂兵事正殷，非餉不濟。清方以兵取天下，較之明以兵守天下者豈不更費武力，然以首革三餉而興，求之宮廷節約，以養戰士，自有其道。明君臣當危亡之時，竭力椓喪，不恤資敵，此固亡國之臣所為，亦豈非亡國之君所信用乎？
當十年三月，嗣昌始履本兵任，議設十面之網，并薦熊文燦為總理，即議增兵十二萬，增餉二百八十萬，其措餉之策四：一因糧，二溢地，三事例，四驛傳。因糧者，因舊額之糧量為加派，畝輸糧六合，石折銀八錢，傷殘地不與，歲得銀百九十二萬九千有奇；溢地者，民間土田溢原額外者，核實輸賦，歲得銀四十萬六千有奇；事例者，富民輸資為監生，一歲而止；驛傳者，前此郵驛裁省之銀，以二十萬充餉（祟禎三年，以給事中劉懋請裁定驛站，給郵乘傳有額，而河北游民向借食驛糈者無所得食，潰兵煽之，為陜西民變熾盛之始）。戶部不敢違，議上，帝傳諭：“不集兵無以平寇，不增餉無以餉兵，勉從廷議，暫累吾民一年?！备囊蚣Z為均輸，布告天下，使知為民去害之意，是為剿餉。帝言累民一年，本以一年為限，而遂為久計矣。
十二年，清兵入邊，破濟南始返。未解嚴時，廷臣請練邊兵，嗣昌議各鎮練兵數至七十余萬。帝又采副將楊德政議，練民兵捍鄉土，不他調，天下府千、州七百、縣五百，汰府通判、州判官、縣主簿。府改設練備，秩次守備；州縣改設練總，秩次把總。嗣昌以勢有緩急，請先行畿輔、山東、河南、山西，于是有練餉之議。
剿餉在嗣昌原議一年即止，餉盡而亂未平，詔征其半。至行練餉時，反并剿餉皆全征。帝慮失信，大學士薛國觀、程國祥以為可行，嗣昌復言：“加賦出于土田，土田盡歸有力家，百畝增銀三四錢，稍抑兼并耳，貧者何害？”帝意遂決。由是剿餉之外，復增練餉七百三十萬。計遼餉在神宗末為五百二十萬，崇禎初又增百四十萬，后再增剿餉、練餉，計千萬（事例所入無定，其數不計入），先后增賦一千六百七十萬，民不聊生，益起為亂。迨帝知悔前失，用大學士蔣德璟言，詔罷練餉，自成兵已逼城下，有詔而不復能行矣。夫古禮家之說，年不順成，天地祖宗可以殺禮，社稷神祇可以變置。古者神權最重，而救國只有奪典禮，而不聞可以剝民生。臥薪嘗膽，乃有國者自處于極苦，與軍民同其生活，自能盡全國之人力物力以度此難關。若曰暫累吾民，君與相以及有祿之士大夫則不受其累，是薪膽之苦只有人民臥且嘗也。崇禎間最用事最專且久之楊嗣昌，獨為帝所特簡，謂非亡國之君而何？
剿餉之用途猶有可指，若練餉之用途實為可笑。各鎮就舊兵而抽練之，當時論者即謂九邊自有額餉，概予新餉則舊餉安歸？邊兵多虛額，今指為實數，餉益虛糜而練數仍不足，且抽練而其余遂不問，則舊餉之兵公然不練，而練者又仍虛文，加練餉而邊防愈弱矣。至州縣民兵益無實，徒糜厚餉。凡此皆以嗣昌主之，且事巨莫敢難也。此皆嗣昌居中用事之亡國成績也，其督師以后則又有可言矣。
嗣昌入熊文燦軍受代，以十月朔（崇禎十二年）大誓三軍，以左良玉有將才，請拜為平賊將軍，報可。良玉既佩將軍印，志寖驕，遣使以書謝，嗣昌不悅。會賀人龍敗獻忠于興安，請進秩賜獎，欲漸貴之，以抗良玉。良玉知之甚慍。恩威不足以相服，而用術數交斗于將帥之間，武夫無肝膽可共，危急時孰能用命？當是時，官軍雖新勝，而嗣昌申養銳之戒，諸將遂無斗志，雖遣將但遙相應，未令合擊。代嗣昌為本兵者傅宗龍，克十二月平亂，又數趣分道進兵，嗣昌遷延至歲暮未一戰。張琮、賀人龍之捷，本非嗣昌功，其所檄湖廣巡撫方孔照遣楊世恩、羅安邦兩將攻羅汝才、惠登相者，則全軍覆于黃草坪?？渍毡緦胰?，至是所部一敗。嗣昌以孔照先條上熊文燦主撫之誤，心銜之，又忮其言中，遂獨劾孔照逮下獄?？渍兆訖z討以智，伏闕訟父冤，膝行沙囗 中兩年，帝心動，始議前功，減死遣戍，則遇敗巧中他疆臣以自免之一事也。嗣昌駐襄陽，既節制各路軍，乃以楚地廣衍，亂難制，驅使獻忠等入蜀，冀因地險蹙之可全勝。又慮蜀兵扼險，恐彼不得入，遂調蜀銳萬余為己用，使蜀中罷[疲]弱不足支。蜀撫邵捷春憤曰：“督師殺我！”爭之不能得。于是獻忠遂西。其時總督陜西三邊軍務為鄭崇儉，由本兵令兼督蜀軍，嗣昌亦檄秦軍入蜀，崇儉遂以十三年二月率副將賀人龍、李國奇會左良玉，敗獻忠于瑪瑙山（山在達州，由楚入蜀之路）。崇儉身在行間，嗣昌遠處襄陽，而帝以嗣昌一出即奏捷，大悅，賞功犒師，悉歸功嗣昌。既而捷春以嗣昌弱其兵，秦師入蜀者，又以崇儉奉命還關中，亦噪而西歸，蜀無防御之力，獻忠等盡萃蜀中。楚將奉嗣昌令追獻忠入蜀者，敗于土地嶺。獻忠攻蜀各郡縣，嗣昌果委罪蜀軍，斬蜀將邵仲光，而劾捷春逮下獄論死，捷春仰藥死獄中。捷春清謹有惠政，被逮日，士民哭送，競逐散來逮官旗，蜀王亦疏救，不聽。則嗣昌不任棄蜀之罪而巧陷他疆臣之又一事也。蜀既陷，嗣昌為自免計，已陷捷春，又奏崇儉撤兵太早，削其籍。迨嗣昌敗死，帝尚恨崇儉不與嗣昌犄角共平亂，逮下獄，不俟秋后，以五月棄市。南都時，給事中李清始訟其有勝無敗，而為他人巧卸、遂服上刑之冤。則嗣昌既陷蜀，而凡稍能軍之疆臣皆為卸罪之故連陷以死之又一事也。