七月，法國公使謝滿祿下旗出京。鮑超以兵少不愿出關，命招集舊部赴前敵。法兵攻破基隆炮臺，總兵曹志忠、提督章高元等戰卻之。朝廷思倚劉團擊法軍，乃賞劉永福記名提督；以連絡劉團為唐景崧功，賞景崧五品卿銜。以總署乏才，命李鴻章令道員馬建忠入見。諭旨宣告法人罪狀，言『越南為我封貢之國二百余年，載在典冊，中外咸知。法人狡焉思逞，先據南圻各省、旋又進據河內，戮其人民、利其土地、奪其賦稅；越南闇懦茍安，私與立約，并未奏聞，挽回無及，越亦有罪也。是以姑與包涵，不加詰問。光緒八年冬間，法使寶海在天津與李鴻章議約三條，當飭總理各國事務衙門會商妥籌，法人又撤使翻覆；我存寬大，彼益驕貪！越之山西、北寧等省為我軍駐扎之地，清查越匪、保護屬藩，與法國絕不相涉。本年三月間，法兵竟來撲犯。當經降旨宣示，正擬派員進攻，力為鎮撫；忽據該國總兵福祿諾先向中國議和。其時該國埃及之事汲汲可危，中國明知其勢處迫逼，本可峻詞拒絕，而仍示以大度，許其行成；特命李鴻章與議「簡明條約」五款，互相畫押。諒山、保勝等軍，應照議于定約三月后調回。迭經諭飭各防軍扼扎原處，不準輕動開釁；帶兵各官，奉令維謹。乃該國不遵定約，忽于閏五月初一、初二等日以「巡邊」為名，在諒山地方直撲防營，先行開炮轟擊；我軍始與接仗，互有殺傷。法人違背條約，無端開釁，傷我官兵，本應以干戈從事；因念訂約通好二十余年，亦不必因此盡棄前盟，仍準總理各國事務衙門與在京法使往返照會，情喻理曉，至再至三。閏五月二十四日復明降諭旨，照約撤兵，昭示大信。所以保全和局者，實屬仁至義盡。如果法人稍知禮義，自當翻然改圖。乃竟始終怙過，飾詞抵賴，橫索無名兵費，恣意要挾；輒于六月十五日占據臺北基隆山炮臺，經劉銘傳迎剿獲勝。本月初三日，何覆等甫接法領事照會開戰，而法兵已自馬尾先期攻擊，傷壞兵、商各船，轟壞船廠；雖經官軍焚毀法船二只、擊壞雷艇一只并陣斃法國官兵，尚未大加懲創。該國專行詭計，反復無常，先啟兵端；若再曲予含容，何以申公論而順人心！用特揭其無理情節，布告天下』。時總署大臣至十余人——弈劻、福錕、昆岡、閻敬銘、徐用儀、錫珍、許庚身、周德潤、陳蘭彬、周家楣、吳廷芬、張蔭桓，獨陳蘭彬曾使美國而才識庸闇；余皆不達外事者也。張蔭桓以道員入為太常寺卿，精敏號知外務，以最后輩務攬權，為同列所忌；又非出身科舉，士論恒卑之。御史孔憲瑴乃摭其致上海道私函為泄漏秘密，劾之；諭退出總署。太后亦以總署大臣多不勝任，乃并罷周家楣、吳廷芬、昆岡、周德潤、陳蘭彬；皆緣蔭桓被劾而起，朝列乃益恨蔭桓矣。漕督楊昌浚，赴閩督師。潘鼎新以越南瘴重，方暑，艱于進攻；請俟秋后出師。諭言：「劉永福一軍久居越南，能耐瘴；令先進」。御史吳峋以法國交涉事劾總署諸臣，尤痛詆閻敬銘；時敬銘以精刻得太后歡，屢降旨辨敬銘、斥吳峋。左宗棠在樞府怙功偏執，同列苦之；以閩省軍務，出為欽差大臣。以將軍穆國善、漕督楊昌浚充幫辦，學士張佩綸充會辦兼船政大臣。召詹事何如璋還京，命宗棠駐兵于閩、浙之處主調度。法艦攻毀江蘇之長門炮臺，將攻吳淞口；曾國荃嚴備之。張佩綸奏：『法提督孤拔以兵輪入馬尾，窺伺船廠。閏五月二十八日，臣親率黃超群兩營駐防馬尾，其時法船僅五艘，我船「揚武」及兩蟁船共三艘；尋何如璋將「振威」、「伏波」調回，張之洞亦以「飛云」、「濟安」來援，我軍勢略壯。法乃增大兵輪二號、魚雷二號，入口相逼。臣屢請先發，請互援，不得；勉以「藝新」、「福星」兩小船及艇船、商船雜而牽制。及至六月二十以前，船略相等，而我小彼大、我脆彼堅；六月二十以后，彼合口內外常有十二、三艘，出入便活，而我軍則止于兵船、炮船兩號。臣以為憂，密調諸將，以兵不厭詐，水戰尤爭呼吸，欲仍行先發之計。而諸將枕戈待旦，多者四十余日、少亦二三十日，均面目枯槁，憔悴可憐；加以英、美來船與法銜尾，奇謀秘策不可復施。臣知不敵，顧求援無門、退后無路，惟與諸將以忠義相激勸而已。前月二十八日及本月初一日之電報，可覆按也。當六月下旬美提督晤何如璋，以調處告；稅務司賈雅格函告督臣，又有莫提督、英領事欲調處之說。其辭甚甘，其事則嚴；臣亦知其意，而無如與國牽制何！初一、二日，大雨如注，風勢猛烈。初二日子夜、初三日黎明，臣以手書飭諸管駕相機合力；有「初三日風定，法必妄動」之語。未刻，而法人炮聲作矣。臣一面飭陸軍整隊并以小炮登山，為水師相應；一面與何如璋各升山巔觀戰。緣是日法以潮大風順，于口外驟入一大船，發炮為號，猛攻我軍。我船本約以各輪萃攻其上游各船，而以艇船、商船夾攻其下游各船；法大船入，則以六艘截「振威」、「飛云」、「濟安」于下，而以五大輪、一魚雷船合攻「揚武」。比臣至山，則「揚武」已為敵魚雷所碎。法船方圍攻「福星」，該管駕陳英轉捩甚靈、放炮亦捷，酣戰不退；兩蟁船用炮助擊，相持至一時之久，一大船中炮退駛，他船亦皆桅斜枝洞。奈大小過懸，眾寡不敵；未幾而該船及兩蟁船相繼沈毀，「伏波」、「藝新」亦各中炮駛上中岐，則我上流之船已沒。其下流之船，法以雙桅三筒「鳥波」鐵船為最大，「振威」為其所擠，立斷為兩；「飛」、「濟」二輪還炮之聲猶相應答，法駛一魚雷船近之，則驟為我臺上一炮所中，立沒于水；而「鳥波」為亦我炮攢擊，火藥艙立時焚沒；「飛」、「濟」兩艘即帶火流下，則高騰云已為炮擊中而死。我所余之艇哨各船及所制雷船與木牌引火之具，以潮力抵牾，逆激不能上；皆為法乘勝轟擊都盡，并泊近廠河之商船亦焚。計法焚一輪、壞一輪、沈一雷船，我則七兵輪、兩商船及艇哨各船均燼；惟余「伏波」、「藝新」兩輪少受損傷，即行駛回。此次法人譎計百出，和戰無常，彼可橫行、我多顧慮，彼能約從、我少近援；一月之久，彼稔知我鄰疆畛域、士卒孤疲，輒乘雨后潮急，彼船得勢，違例猝發。天實為之，謂之何哉！各船軍士用命致死，猶能鏖戰兩時；死者灰燼，存者焦傷。臣目擊情形，實為酸痛！臣甫到閩，孤拔踵至，明不足以料敵、材不足以治軍，妄意以少勝多，露廠小船圖當大敵；卒至寇增援斷，久頓兵疲，軍情瞬息萬變。臣既制于洋例，不能先發以踐言；復狃于陸居，不能登舟以共命：實屬咎無可辭！惟有仰懇將臣革職交刑部治罪，以明微臣惶悚之忱，以謝士卒死綏之慘。至連日洋商及我軍傳說，或云法毀六船、或云孤拔受傷已死、或曰「鳥波」管駕已死、或云法焚溺三百人。要之，我軍既已大折，彼亦應稍有死傷；傳聞異辭，即確亦不足信。惟此奏就臣所目見，參以各軍稟報；不敢有一字捏飾、一語含糊，再蹈「奏報不實」之罪』。何如璋亦奏「內海各師船被法艦格林炮掃盡，輪船被毀九艘」；與佩綸奏略同。諭言：『此次因議和之際，未便阻擊，致法人得遂狡謀。各營將士倉猝抵御，猶能殄敵，并傷其統帥；其同心效命之忱，實堪嘉憫』！提督黃超群等，賞赍有差。閩督何璟、閩撫張兆棟，下吏嚴議；以學士張佩綸措置無方、意氣用事，奪三品卿銜，下吏議。將軍穆圖善，功過相抵，免議。命許庚身入樞府、鴻臚卿鄧承修入總署。

八月，李鴻章拜大學士。諭言：『聞廣東督、撫出示曉諭沿海居民忠義報效，令在海面將法船帶水淺擱，食置毒物等語；并新嘉坡、檳榔嶼等處華人，一并備及。此等告示在內地張貼，措詞轉失正大；新嘉坡等處既非屬地，恐輾轉訛傳，反生事端。彭玉麟、張之洞等，均傳旨申飭』。諭關外軍逼西貢，以緩攻臺之兵。命劉永福迅攻太原、北寧，永福意不欲行，諭岑毓英促之。馬江之戰，張佩綸漫無布置，倉卒敗釁；閩人恨之深。李鴻章力持和議，屢戒佩綸勿輕啟釁。閩督何璟，自以書生不諳兵事，屢請解職，朝令楊昌浚代之；旋命大學士左宗棠督閩師：皆未至，軍事皆主于佩綸。佩綸實不知兵，而意氣極盛；總督何璟、巡撫張兆棟皆曲意事之。佩綸狃于鴻章之議，謂和約旦夕成，戒軍士勿妄戰，聽法船入閩口；及法艦大集，船政大臣何如璋仍嚴諭各艦，不得妄動。及法人遽發炮，各艦熸焉。閩人切齒于佩綸、如璋，并詆如璋通款于敵。及佩綸飾詞入告，皆大憤；編修潘炳年等呈都察院代奏，言『臣等于馬江敗后，迭接閩信，皆言張佩綸、何如璋聞警逃竄；竊以挫敗情形，眾目昭著，朝廷明見萬里，諒諸臣不敢再有捏飾，是以未敢率行上聞。讀八月初一日諭旨，方審該大臣前后奏報種種虛捏，功罪顛倒；乖謬支離，與臣等所接閩信判若歧異；不得不披瀝上陳。初一日，法人遞戰書于「揚武」管駕張成；張成達之何如璋，秘不發。初二日，各國領事、商人均下船，眾知必戰，入請亟備；張佩綸斥之出，軍火靳不發。嗣洋教習法人邁達告學生魏瀚：明日開仗；魏瀚畏張佩綸之暴，不敢白。初三早，見法船升火起椗，始馳告，而法已照會未刻開戰。張佩綸怖，遣魏瀚向孤拔乞緩，以詰朝為請。比登敵舟，而炮聲已發，戰船猶未啟椗裝藥。敵發巨炮七，「福星」、「振威」、「福勝」、「建勝」殊死戰，船相繼碎；余船放火自焚。是役也，毀輪船九、龍糟船十余、小船無數，「伏波」、「藝新」二艘均逃回自鑿沈，林浦陸勇自潰；而法船僅沈魚雷一艘：此初三日大敗之情形也。張佩綸、何如璋甫聞炮聲，即從船局后山潛逃。是日大雷雨，張佩綸跣而奔，中途有親兵曳之行；抵鼓山麓，鄉人拒不納，匿禪寺下院，距船廠二十余里。次日，抵鼓山之彭田鄉。適有廷寄到，督、撫覓張佩綸不得，遣弁四探，報者賞錢一千；遂得之。何如璋奔快安施氏祠，鄉人焚祠逐之，夤夜投洋行宿焉。晨入城，棲兩廣會館，市人又逐之；后踉蹌出就張佩綸于彭田鄉。張佩綸恐敵蹤跡及之，紿何如璋出廠，自駐彭田鄉。累日偵知敵出攻長門，將謀竄出；始回。此張佩綸、何如璋狼狽出奔之情形也。何璟、張兆棟平日狃于和議，于海防毫無布置。藩司沈葆靖尤以戰事為非，凡屬防餉，輒拒不發款。兵無主帥、餉無專責，議者固知閩事之必敗也。所恃為長城者，以張佩綸平日侈談兵事，中外戰局伊始，身膺特簡，臨時必有把握。及閱閩信陳其種種謬戾情形，則喪師辱國之罪，張佩綸實為魁首；何如璋次之。何以言之？朝廷以督、撫不知兵，簡張佩綸偕劉銘傳往。劉銘傳渡臺，即封煤廠，逐法人。張佩綸出都，即聞其意頗怏怏；到閩后，一味驕倨。督、撫畏其氣焰，事之維謹；排日上謁，直如衙參，竟未籌及防務。至法船駛入馬尾，倉卒乃以入告；張得勝緝得引港奸民請辦，張佩綸竟置不理，眾益駭然。而張佩綸尚侈然自大，漫不經心；水陸各軍，紛紜號召。迨各將請戰，又以奉旨「禁勿先發」為詞。臣等不知「各口各擊」之諭，何日電發？不應初三日以前，尚未到閩。即使未到，而諭旨禁其先發，非并輪船起椗、管駕請軍火而悉禁之也；一概不允，眾有以知張佩綸之心矣。身為將帥，足未登于輪船；聚十一艘于馬江，環以自衛。各輪船管駕迭陳連艦之非，張佩綸斥之；入白開戰之信，張佩綸又斥之。事急而乞緩師于敵，如國體何！開炮而先狂竄，如軍令何！中岐即馬尾、田彭即鼓山后麓，張佩綸自諱其走，欲混為一；如地勢迥隔何！敵攻馬尾，張佩綸于是日始竄彭田，而冒稱力守船廠；如不能掩閩人耳目何！且何如璋實匿戰書，張佩綸與之同處，知耶？不知耶？臣等不能為張佩綸解也。臣聞張佩綸敗匿彭田，以請旨逮問為詞，實則置身事外。證于外間風聞，張佩綸所恃為奧援之人私電函致，有「閩船可燼、閩廠可毀，豐潤學士必不可死」之語（按此語暗指李鴻章）；是則張佩綸早存不死之心，無怪乎調度乖謬、聞戰脫逃，肆無忌憚如此也！何如璋實督船政，旦夕謀遁，棄廠擅走，已有罪矣；而謀匿戰書，意尤叵測！復于六月一日將船政局存銀二十六萬，藉名采辦，私行兌粵；群議其盜國帑，言非無因。張佩綸素以摶擊為名，何如璋荒謬如此，并無一疏之劾；謂非「狼狽相依，朋謀罔上」，所不敢信。若不嚴予懲辦，何以謝死事二千余人，何以儆沿海七省之將帥，何以服唐炯、徐延旭之心，何以塞泰西揶揄之口！請密派公正大臣如彭玉麟等馳往查辦，澈底根究，自可得其罪狀』。得旨：派左宗棠、楊昌浚查辦。滇督岑毓英自請赴前敵。已革滇撫唐炯檻送至京，下刑部獄嚴訊。吏議：張兆棟、何如璋皆褫職。諭：『此次法人肆意要挾，先開兵釁；中國屢予優容，已屬仁至義盡。現在戰局已成，倘再有以賠償等詞進者，即交刑部治罪』。

法人攻蘇元春關外之軍，元春擊沈法艦一艘、斃法酋一人，連戰屢捷。奏入，獎元春孤軍當勁敵，賞赍有差。王德榜久無功，朝旨切責。提督方友升、總兵周壽昌與法軍戰于郎甲，教民導法軍襲入，友升等大敗。劉永福命黃守忠、吳鳳典進規宣光。