十月，上避殿撤樂，下罪己之詔曰：『朕以涼德，纘承大統。不期倚用非人，邊乃三入，寇則七年；師徒暴露，黎庶顛連。國帑匱詘，而征調未已；閭閻凋敝，而加派難停。中夜思維，不勝愧憤。今年正月流氛震驚皇陵，祖恫民怨，責實在朕。今調勁兵、留新餉，立救元元，務在此舉。惟是行間文武吏士勞苦饑寒，深切朕念。念其風餐露宿，朕不忍安臥深宮；念其飲水食粗，朕不忍獨享甘旨；念其披堅冒險，朕不忍獨衣文繡。擇茲十月三日，避居武英殿，減膳撤樂；非典祀事，惟以青衣從事，與我行間文武吏士甘苦共之，以寇平之日為止。文武官其各省愆淬厲，用回天心，以救民命』。
十一月，大學士何吾騶、文震孟罷。初，吾騶、震孟欲以工科給事許譽卿補南京太常卿，溫體仁與吏部尚書謝陞難之。陞遂疏糾譽卿，震孟止欲奪譽卿俸，體仁不肯；震孟作色擲筆曰：『即削籍無害』。體仁夕揭上，而吾騶、震孟朝罷矣。
逮庶吉士鄭鄤。鄤繼母，大學士吳宗達女弟也。鄤薄于宗達，宗達因揭其杖母、烝〔父〕妾；體仁入告，下獄。
太監高起潛弟，蔭錦衣衛中所正百戶，世襲。
十二月，城鳳陽。
吏部尚書謝升奏起廢一百六人，不果用。
賊闖王攻陷光州，賊舁大炮二十座攻城，然二炮，城拉然崩頹。城中頃刻火作，賊乘而入，官吏士民屠戮無遺。
九年（丙子）春正月，以劉宗周為工部右侍郎。
特簡淮安衛三科武舉陳啟新為吏科給事中。先是，啟新伏闕獻疏；疏稱：『朝廷有三大病根：以科目取人，一病根也。據其文章，孝弟與堯舜同轍、仁義與孔孟爭衡；及考政事，則恣其貪、任其酷，前所言者皆紙上空談。蓋其幼學文時，父、師所訓皆謂讀書可致富貴，故進步止知榮身、榮親，誰更思行其致君、澤民之道哉！臣所以效賈生之哭者，此也。以資格取人，一病根也。考國初，典史馮堅任僉都、貢士彭友信任布政、秀才曾太授尚書，何嘗以資格限之。至嘉靖時，猶三途并用。獨今惟尚文之一途，即一途且分界地：貢士官止于貢、舉人官止于舉。貢者明知前途無路，取如是、不取如是，毋寧多取；舉者明知歷任有限，清如是、貪亦如是，毋寧貪求。若進士，則又知天下之爵，皆其砧幾之物；天下之士，皆其朋比中人：煉成一氣、打成一片，橫行莫之問、放誕莫之稽。取憑其取、與遂其求，又安得官不貪、吏不污耶？偶有一清廉自愛者，則共道其矯、共駭其異，不去之不已。臣所以效賈誼之痛哭者，此也。以推知行取科道，又一病根也。知縣者，民之父母；入仕之初，尚畏簡書，自應謹飭。今一選知推，便不思愛養；梃政兼施，貪酷相濟。所以然者，良由行取為科道也。彼受任時，先以科道自居，謂異日能舉劾人、能榮辱人；及至守巡司府，竟以科道相待，謂彼異日可顯我、可斥我：結交可為膀臂、投契可為奧援，畏敬之不暇，又何敢侮其意、制其行乎？故虐民、剝民、顛倒民、凌斃民，無不肆其所欲。可憐此蚩蚩之氓，叩閽無路、赴訴無門，欲不為盜得乎？臣所以效賈誼之痛哭者，此也。國家受此三大病痛，由是章句無用、黨羽日盛，惟利是好、非情不行，竟成一迷局，舉世盡醉夢于其中而不醒矣。嘗見青衿子朝不謀夕，一叨鄉薦便無窮；舉人及登甲科，遂鐘鳴鼎食、肥馬輕裘，非數百萬則數十萬。試思此胡為乎來哉？嗟嗟！古云：「財不在下則在上」。使在下也，今日輸賦稅、明日輸加派，猶有入之之日；即使在上，今日發內帑、明日發京庫，猶有出之之時。今何不幸，而盡奪于中之縉紳乎！則何日而得其出而流通于世乎？不獨不出也，彼且身無賦、產無徭、田無糧、物無稅，且庇護奸民賦徭糧稅，其入之正未艾也。即或有時而出，非買科第，則買地方、買遷陞，而出一無不入千。天下有數之財，豈堪此乎？上好下甚，日趨日極。今天下危矣，若病根不除，則盜賊必不能息；勢不以皇上之天下斷送于章句腐儒之手不止也！臣所以席藁跪伏于大明門外引領待死，上陳治病之藥言有四：一當速停科目，以黜虛文；一當速舉孝廉，以崇實行；一當速罷知推行取科道，以除積年橫恣之陋習；一當速蠲災傷錢糧，以蘇屢歲無告之顛連。由此真才自出、風俗還醇，而世臻上理矣』。灑灑五千余言，皆切時弊。上嘉異之，故特有是命。啟新既拜命，惟敝車羸馬以從事。
給事中常自裕上言：『流寇數十萬，最強無過闖王。彼多番、漢降丁，堅甲鐵騎；洪承疇、盧象升即日報斬獲，不過別營小隊耳，于闖勢曾無損也。督、理兩臣宜令專圍闖王，而余賊自破竹矣』。
二月，鄖襄賊犯竹山。竹山自七年為賊屠陷，至八年知縣黃應鵬僅棲草舍數椽；至是，賊復至，應鵬棄城走，賊入據城。有征糧六百石，盡為賊食；食盡，焚縣治而去為空城矣。
唐王聿鍵奏南陽洊饑，有母烹其女者。
三月，工部右侍郎劉宗周上言：『皇上即位之初，銳意太平；而施為次第之間，未得其要。屬意邊疆，而賊臣以五年為期之說進；遂至戎馬生郊，震及宗社，而朝廷始有積輕士大夫之心矣。由是廠衛司譏防，而告密之風熾；詔獄及卿士，而堂簾之情違。人人救過不給，而欺罔之習轉甚；事事仰承獨斷，而諂諛之風日長。甚者參勘之法，惟重征輸；官愈貪、民愈困，而賊愈逋。總理之外，復設監紀；權愈分、法愈廢，而盜愈多矣。君臣相與，至難也！得一文震孟，而單詞報罷矣；得一陳子壯，又以過戇下獄矣。市井雜流，乃得操其訛說投間抵隙，以希進用，而國事尚可問哉？乞皇上體上天生物之心，而不徒用風雷；念祖宗學古之益，而不至輕言改作。以寬大養人才，以拊循結人心；而且還內庭以掃除之役、正懦帥以失律之誅、慎宗賢以改秩之授。特頒尺一，遣廷臣賫內帑巡行郡國為招撫使，赦其無罪；而流亡者專責撫、鎮陳師險隘、堅壁清野，聽其窮而自歸。誅渠之外，不殺一人。此圣王治天下之明效也。武生新授吏科給事中陳啟新，一言投契，立置清華；此誠盛事。臣愚謂宜先令以冠帶，辦事黃門，稍如試御史例；俟數月后，果有忠言奇計，實授未晚。不然，如名器可惜何』！疏入，不報。
四月，武生李璡奏：『致治在足國，請搜括巨室助餉』。大學士錢士升擬下之法司，不聽。士升上言：『比者借端幸進，實繁有徒。而李璡者，乃倡為縉紳豪右報名輸官，欲行手實籍沒之法。此皆衰世亂政，而敢陳于圣人之前，小人無忌憚一至于此！且所惡于富者，兼并小民耳。郡邑之有富家，亦貧民衣食之源也；以兵荒之故，歸罪富家而籍沒之，此秦始皇所不行于巴清、漢武帝所不行于卜式者也。此議一倡，亡命無賴之徒相率而與富家為難，大亂自此始矣』。已而溫體仁以上欲通言路，竟改擬；上仍切責士升，以『密勿大臣，即欲要譽已足致之，毋庸汲汲』！時福建右衛經歷吳化鯤訐奏士升弟士晉，體仁亦擬嚴旨。士升遂乞罷，許之。御史詹爾選上言：『大學士錢士升引咎回籍，明乎輔臣以執爭去也。皇上宜鼓舞之不暇，顧以為要譽耶！人臣而沽名，義所不敢也；乃人主不以名義鼓天下，使其臣為尸祿保寵，習為寡廉鮮恥之世，又豈國家所利哉？天下明知一切茍且之政，拊心愧恨，有難殫述；輔臣不過偶因一事，代天下請命耳，而竟郁志以去。所日與皇上處者，惟此刻薄、不識大體之徒，毀成法而釀隱憂，天下事尚可言哉』？上召見廷臣于武英殿。上怒詹爾選，詰之聲色俱厲；爾選從容奏對，不為詘。上問『如何為茍且』？對曰：『即捐助一事，亦茍且也』。反復數百言。且曰：『臣死不足惜，皇上幸聽臣，事尚可為；即不聽臣，亦可留為他日之思』。上益怒，欲下之獄。閣臣申救；良久，命項系直廬，下都御史論罪。
國子監祭酒倪元璐上言：『昨見黃安縣學生鄒華妄行薦舉，列及臣名；不勝驚異。陛下求言若渴，本期宣幽燭隱；而宵人干進，薄孔孟為秕糠，網簪纓為桃李。吳鯤化部民也，參及撫按；鄒華下士也，薦及朝紳。如是而望朝廷之上昂首伸眉，豈可得乎』？上是之。
大學士溫體仁等各捐俸市馬；從關寧太監高起潛之請也。劉宗周上言：『一歲之間，助陵工、助城工，又助馬價，亦何報稱于萬一；而時奉急公之旨，諸臣于此毋乃沾沾有市心乎？惟皇上罷得已之役、停不急之務，節省愛養，不徒為一切旦夕之計，亦何事屑屑以利為言乎』！不聽。宗周尋報罷。
命鄉、會試二、三場兼武經、書算，放榜后習騎射。
四川重慶府盩縣童生瞿昌進獻白兔；上嫌其獻瑞瀆奏，驅逐回籍。
五月，下詔大赦山、陜脅從群盜，令地方官多方安插，以消反側；違者重治之。
逮滋陽縣知縣成德下錦衣衛獄。德性剛激，出文震孟之門。震孟罷，連章攻體仁；凡十上，盡發其奸。母張氏，伺體仁輿出，輒道詬之。后移獄刑部，戍延綏。
六月，命司禮監太監曹化淳同法司錄囚。
七月，大清兵至居庸；分遣諸內臣李國輔等各守關隘。以張元佐為兵部右侍郎，鎮守昌平；司禮監太監魏國征守天壽山，國征即日往。上語閣臣曰：『內臣即日就道，而侍郎三日不出；何怪朕之用內臣耶』！
都城戒嚴，斗米三百錢。上憂之，召廷臣于平臺，問方略。戶部尚書侯恂言禁市沽，左都御史唐世濟言破格用人，刑部侍郎朱大啟請列營城外為守御，吏科都給事中顏繼祖言收養京民細弱。上諭：『莫若蠲助為便』。
陜西巡撫孫傳廷擊賊于盩厔，大破之；擒賊首闖王高迎祥及劉哲等獻俘闕下，磔于市。
國子監祭酒倪元璐罷；誠意伯劉孔昭參其以妾冒妻封也。有旨：『冠帶閑住』。
八月，召廷臣于平臺。初，御史金光宸參通州兵部右侍郎仇維楨首敘內臣功為借援，又請罷內臣督兵，上勿善也。是日，怒詰之曰：『仇維楨方至通州，爾即借題沽名』！欲重治之。適大雷雨，議謫。
九月，都城戒嚴，命督理盧象干總督各鎮兵入援。時象升方追賊至鄖西，聞警以師入衛；因改象升總督宣大、山西軍務。
大清兵從建昌冷口還，守將崔秉德請率兵遏歸路；總監高起潛不敢進，揚言當半渡擊之。偵騎報師已盡行四日，起潛始進石門山，報斬三級。
十月，前工部右侍郎劉宗周上言：『往者袁崇煥誤國，其他不過為法受過耳；小人競起而修門戶之怨，舉朝士之異己者概坐煥黨，次第置之重典。自此小人進、君子退，中官用事而外臣浸疏，今日之禍實己已釀成之也。且張鳳翼溺職中樞而與之專征，何以服王洽之死；丁魁楚之失事于邊而與之戴罪，何以服劉策之死；諸鎮巡勤王之師爭先入衛者幾人，何以服耿如杞之死？豈昔之為異己驅除者，今不難以同己互相容隱歟？臣于是知小人之禍人國無已時也。皇上惡私交，而臣下多以告訐進；皇上錄清節，而臣下多以曲謹容；皇上崇厲精，而臣下奔走承順以為恭；皇上尚綜核，而臣下瑣屑苛求以示察。窺其用心，無往不出于身家利祿；皇上不察而用之，則聚天下之小人立于朝而有所不覺矣。嗚呼！八年之間，誰秉國成？臣不能為首揆溫體仁解矣』。
禁文武輿蓋、器飾之僭。
起守制楊嗣昌為兵部尚書。
命采平陽、鳳翔諸礦以儲國用。
賜太監曹化淳等彩幣，以各進馬也。敘京師城守功，太監張國元、曹化淳蔭指揮僉事，各世襲。
吏部尚書謝升罷。先是，上命吏部指奏數年銓政大弊；吏部覆奏不稱旨。上切責之曰：『爾部職專用人，推舉不效，乃反稱綱目太密，使中外束手；且平時陞轉，必優京卿、甲科，乃云京卿未必勝外官、甲榜未必勝乙榜。如此游移，豈大臣實心體國之道』？故謝升罷職。
十一月，下左都御史唐世濟于獄；以薦霍維華也。上以維華逆案，世濟蒙蔽也。
十年（丁丑）春正月，常熟縣民張從儒訐奏前禮部右侍郎錢謙益、科臣瞿式耜；謂二臣『喜怒操人才進退之權，賄賂握江南死生之柄。三黨九族無不詐之人，興販通番無不為之事；甚至侵國帑、謗朝廷、危社稷。止因門生故舊列于要津，鳴冤無地；官干豪奴滿于道路，泄忿何從』！奏上，溫體仁擬旨，逮錢謙益、瞿式耜下刑部獄。先是，奸民陳履謙爭產，求二官關說不允懷恨，遂唆從儒訐奏。既奉旨提問，履謙等得志，遂捏造「款曹、和溫」等虛詞，多方嚇詐。款曹者，謂謙益嘗作故太監王安祠記，曹化淳出王安門，宜款之；和溫者，謂溫與謙益有隙，宜和之。曹化淳訪知之，憤發其奸。至是，刑部尚書鄭三俊審出真情，陳履謙、張從儒各打一百棍，立枷三月死；謙等尋釋歸。
賊老回回、闖塌天等各數十股分擾江北；應天巡撫張國維駐師京口，沿江營火，夜燭數十里。儀真、六合人民俱倚擔而立。
二月，左良玉大破賊于舒城、六安，連戰三捷。既而賊潛竄大山中，張國維檄左良玉入山搜捕。良玉既立功，驕蹇不奉調發，縱兵焚劫。國維三檄之，始自舒城進發，賊已飽掠出境。廷臣核之，革良玉職，殺賊自贖。
遣廷臣趨各省逋賦。
三月，太倉州監生陸文聲陳風俗之弊，皆原于士子；太倉庶吉士張溥、前臨川知縣張釆倡復社，以亂天下。命南直提學倪元珙查究。元珙回奏，極言文聲之妄。稱『東吳精進之學，復社為最著。大都誠心質行、講藝談經，互相琢磨；文必先正、品必賢良，無慚名教。大都陸文聲有憾于婁東，故借復社為名耳』。上責其蒙飾，降光祿寺錄事。