賊獨頭虎五部恣掠，副總兵趙大胤在韓城去賊營二十里，不敢出戰。土人強之出，報斬五千級；驗之，則率婦人首也。給事魏呈潤劾大胤，落職。
命洪承疇總督三邊、張福臻巡撫延綏。
九月，命太監張彝憲總理戶、工二部錢糧。初，上既罷諸內臣，外事悉委督、撫。然上英察，輒以法隨之，多不稱任使。二年清兵南下，京師戒嚴，乃復以內臣視行營。
自是，銜命四出，動以上官威倨加于庶司，群相壅蔽矣。
罷工部郎中孫肇興。肇興監督盔甲廠，以帑詘疏劾張彝憲；上怒，落職。
十一月，時黃道周以救錢龍錫謫外。中允倪元璐上言：『黃道周既以謇諤承貶，劉宗周又以骯臟投閑；天下本無人，得其人又不能用，誰為陛下奮其忠良者』？上不聽。
洪承疇擊賊趙四兒，擒之。即點燈子也，起青澗、綏德，奔突延、西間，往來秦、晉，沿河郡縣多苦之。至是伏誅，平陽稍安。
十二月，甘泉賊陷宜君，又陷葭州；兵備郭景嵩死之。
戶部尚書畢自嚴下獄；以考選科道后，更核在任征輸未完也。廷臣疏救，上切責之。自是，考選將及，先核稅糧，不問撫字矣。
禮部侍郎羅喻義罷歸。喻義直日講，以尚書商王布、昭圣武章送閣。溫體仁裁其半，皆喻義所引京營大閱語也；喻義執不可。體仁因上言：『舊例，惟經筵多進規語，日講則正講多、進規少。今喻義以日講而用經筵之例，臣駁改不聽，自愧不能表率后進』。上命下部議，部議：『圣聽天亶，何俟喻義多言』！遂放歸。
五年（壬申）春正月，延綏賊偽為米商，陷宜君，復陷保安、合水；流入山西者，陷蒲州、永寧，大掠四出。山西巡按羅世錦歸咎于秦，謂以鄰為壑。給事裴君錫，晉人也；上言請責成秦之撫、鎮驅之回秦，而后再議剿撫。當事無識如此。
洪承疇請留陜西餉銀二十萬資剿費，并以勸農。從之。
寧塞逸賊合環慶諸寇屯鎮原之蒲河，欲犯平原，走鳳翔、漢中。陜撫練國事、總兵董志義遣兵各守要害，賊遂不敢出。既而洪承疇從鄜州間道至、曹文詔以臨洮兵至、賀虎臣兵亦至，會于西澳，各夾擊賊；大小十余戰，追奔數十里，斬首千余級，傷墜無算，而寧塞之寇盡矣。惟渾天猴等尚據襄樂，練國事遂移鎮寧州。時以西澳之捷，為用兵來第一。
陜西原任通政司馬鳴世上言：『三秦為海內上游，自盜發以來，破城屠野，四載于茲。良以盜眾我寡、盜飽我饑，內鮮及時之餉、外乏應手之援。揆厥所由，緣廟堂之上，以延慶視延慶，未嘗以全秦視延慶；以秦視秦，未嘗以天下安危視秦，而且誤視此流賊為饑民。至今勢焰燎原，莫可撲滅；若非亟增大兵、措大餉，為一勞永逸之計，恐官軍騖于東、賊馳于西，師老財匱，揭竿莫御。天下事尚忍言哉』！
二月，寧塞逋賊復熾。盜夜入鄜州，兵備僉事郭應響死之。
三月，陜西賊陷華亭。知縣徐兆麒赴任才七日，城陷；逮至，竟坐棄市。
工部右侍郎高弘圖上言：『臣部有公署，中則尚書、旁列侍郎，禮也。內臣張彝憲奉總理兩部之命，儼臨其上，不亦辱朝廷而褻國體乎？臣之為侍郎也，貳尚書、非貳內臣也。國家大體，不容不慎；故僅以川堂相賓主，而公座毋寧已之。雖大拂憲意，臣不顧也。且總理公署，奉命別建；則在臣部者，宜還之臣部：豈不名正言順而內外平』？上以軍興餉事重，應到各部驗核；不聽。弘圖遂引疾求去；疏七上，削籍。
四月，湖廣流寇自興國入江西泰和、吉安等處。
六月，兵部員外華允誠上言三大可惜、四大可憂；內刺溫體仁、閔洪學。上切責之。允誠回奏，又極言其私沈演、唐世濟等。上怒，奪允誠俸。
七月，山西賊陷大寧。
以司禮監太監曹化淳提督京營。
八月，曹文詔擊賊甘泉，敗之。
九月，山西賊破臨縣，賊魁豹五等據其城。又陷修武，殺知縣劉鳳翔。焚掠武涉、暉縣，遂圍懷慶。上以藩封重地，切責河南巡撫樊尚燝殺賊自贖。
十一月，海盜劉香老犯福建小埕，游擊鄭芝龍擊走之。
十二月，南禮主事周鑣上言：『內臣用易而去難，此從來之通患；然不能遽去，猶冀有以裁挹之。今張彝憲用，而高弘圖之骨鯁不可容矣；金鉉之撫蘆雖幸免罪，以他事中之矣。王坤用，而魏呈潤以救胡良機處矣，趙良曦以直糾扶同處矣。鄧希詔用，而曹文衡以互結投閑矣，王弘祖以禮數苛斥矣。若夫孫肇興之激直，李曰輔、熊開元之慷慨，無不罷斥。尤可嘆者，每讀邸報，半屬內侍之溫綸。從此以后，草菅臣子委褻天言，祗徇中貴之心，將不知所極矣』。上怒其切直，削籍。禮部員外郎袁繼咸疏救之，不聽。
以司禮監右少監劉芳譽提督九門。
令百官進馬：二品以上各貢一匹，余合進，俱納于御馬監；實賫金貿之本監也。否則，雖駿驥亦卻之。
詔停開納例。
六年（癸酉）春正月，大學士周延儒為宣府視閱太監王坤所劾，因上疏乞罷；不允。左副都御史王志道上言：『王坤內臣，不宜侵輔臣』。上詔群臣于平臺，謂志道曰：『遣用內臣，原非得已；朕言甚明，何議論之多也！王坤之疏，朕已責其誣妄。乃廷臣舉劾，莫不牽引內臣；豈處分各官，皆為內臣耶』？志道奏曰：『王坤直劾輔臣，舉朝皇皇，為紀綱法度之憂。臣為法度惜，非為諸臣地也』。上曰：『廷臣于國家大計不之言，惟因內臣在鎮不利奸弊，乃借王坤疏要挾朝廷，誠巧佞也』。因詰志道者再。周延儒曰：『志道非專論內臣，實責臣等溺職』。上色稍霽，曰：『職掌不修，沽名立論，何堪憲紀』！立命志道退。延儒遂放歸。
左良玉攻賊于涉縣西，斬其渠，賊望其旗幟皆靡。然賊勢尚熾，謀犯河南。
二月，賊踞林縣山中，饑民相望而起。左良玉敗績于武安，河南兵七千先后失亡殆盡，賊益熾。
諭吏部舉潛修之士，科道不必專出考選、館員須先歷知推，垂為法。
五月，諭兵部：『流寇蔓延，各路兵將功罪，應有監紀。特命太監陳大金、閻思印、謝文舉、孫茂霖為內中軍，會各撫道分入曹文詔、左良玉諸營，紀功過、催糧餉；仍發內帑四萬金、素紅蟒段四百匹、紅素千匹，軍前給賞。
山西巡撫許鼎臣以流寇肆掠，請蠲積逋并預免數年賦額。不許。
六月，?？軇⑾憷戏搁L樂。
七月，賊屯彰德；復以閻思印同總兵張應昌合剿。汾陽知縣費甲鏸以供應逼迫，投井死。
八月，陜西賊攻隆德，殺知縣費彥芳。分守固原參政陸夢龍戰于綏德城下，死之。
九月，張應昌敗賊于平山，獲賊首張有義，即一盞燈也。
十月，論囚。上素服御建極殿，召閣臣商確，溫體仁竟無所平反。陜西華亭知縣徐兆麒赴任僅七日城陷，竟棄市；上頗心惻。體仁不為救，人皆冤之。
十二月，延綏賊首鉆天哨、開山斧據永寧關；前阻山險、下臨黃河，負固數年不下。延綏巡撫陳奇瑜謀取之，乃陽傳總制檄，發兵簡眾七千人抵延州，因潛師疾走入山；賊不虞大兵至，倉皇潰佚。焚其巢縱擊，斬首千八百級，二賊死。分兵擊賊首一座城，斬之。延永盜悉平，奇瑜威名著關陜。
是歲，陜西、山西大饑。
七年（甲戌）春正月，謫給事中李世祺于外；以劾大學士溫體仁、吳宗達也。山西提學袁繼咸上言曰：『養鳳欲鳴、養鷹欲擊，今鳴而箝其舌、擊而紲其羽，朝廷之于言官，何以異此？使言官括囊無咎而大臣無一人議其后，大臣所甚利、忠臣所深憂，臣所為太息也。且皇上樂聽讜言，而天下知以攻彈大臣為天子所厭聞，其勢將披靡不止也』。上以越職言事，切責之。
降盜王剛、王之臣、通天柱等至太原挾賞，巡撫戴君恩設宴誘剛等斬之，共斬四百二十九人。
南京兵部尚書呂維祺上言：『南都、鳳泗、承天陵寢所在，乞敕淮撫楊一鵬急為預備，防賊東犯』。
二月，監視登島太監魏相以給事中莊鰲獻上「太平十二策」，請撤監視；因求罷。上不允，因貶鰲獻于外。
總理太監張彝憲請入覲官投冊，以隆體統；許之。提學袁繼咸上言：『士有廉恥，然后有風俗；有氣節，然后有事功。今諸臣未覲天子之光，先拜內臣之座，士大夫尚得有廉恥乎？逆璫方張時，義子、干兒昏夜拜伏，猶以為羞；今且白晝公庭，恬不知怪，所為太息也』。上以越職言事，責之。張彝憲奏辨覲官參謁，乃尊朝廷。繼咸復上言：『尊朝廷，莫大于典例。知府見藩臬行屬禮，典例也；見內臣行屬禮，亦典例乎？諸司至京投冊吏部各官，典例也；先揭內臣，亦典例乎？事本典例，雖坐受猶以為安；事創彝憲，即長揖祗增其辱。高皇帝立法，內臣不干外事；若必以內臣繩外臣，「會典」所不載』。上仍切責之。
進延綏巡撫陳奇瑜兵部右侍郎，總督陜西、山西、河南、湖廣、四川軍務；視賊所向，隨方剿撫。先是，賊既蔓延秦、晉、楚、豫之郊，流突無定；廷議以為各鎮、撫事權不一，互相觀望，宜以重臣開督府，統攝諸道兵討賊，上允之。參議洪承疇因陜西三邊所恃，未可輕易；故有奇瑜之命。
三月，山西大饑，民相食；發金五萬賑之。
免浙江崇禎三年以前織造。
四月，海盜劉香老犯海豐。
五月，陜西按察副使賀自鏡奏：監紀太監孫茂霖玩寇。宣府太監王坤奏：『監軍紀功罪耳，追遂有將吏在：果如自鏡言，則地方官罪不在茂霖下矣』。上不問。
六月，江西饑，逋負益多。觀政進士陸運昌上「撫字八條」，上可其奏，下部議。
敘禁旅功，蔭太監曹化淳世襲錦衣衛千戶，袁禮、楊朝進、盧志德各百戶；以擊盜屢捷也。
罷各道監視太監。諭曰：『朕御極之初，撤還內鎮，舉天下悉以委之大小臣工。比者多營私，罔恤民艱；廉謹者，又迂疏無通論。己已之冬，京都被兵，宗社震恐；此士大夫負國家也。朕不得已，用成祖監理之例，分遣各鎮監視，添設兩部總理；雖一時權宜，亦欲諸臣自知引罪。今經制粗立，兵餉稍清，諸臣亦應知省。其將總理、監視等官盡行撤回，以信朕之初心』。惟關寧密邇外境，高起潛兼兩鎮暨內臣提督如故。
八月，總督陳奇瑜招撫降賊復叛。先是，眾賊為洪承疇所逐，竄漢中；川兵扼巴西諸險，賊饑無所得食，故乞降于奇瑜凡數萬人。奇瑜專事招撫，受其降，檄諸部按甲無動，遣官監護降者；且檄所過郡邑，為具糗粻傳送之。諸盜本無降意，又未大創，徒以饑疲困于地險不得逞；既度棧道、已出險，漸不受繩束，仍事殺掠，所至罷市。賊遂盡殺監視官三十員，攻陷麟游、永壽，勢不可遏矣。
賊先鋒高杰降于賀人龍。
閏八月，陳奇瑜至鳳縣。時賊益熾，北接慶陽，西至鞏昌，西北至囗〈分阝〉州、長安，西南至盩厔、寶雞，眾殆二十萬。奇瑜始悔其見愚，急分兵出御而兵已寡矣。
九月，陜西巡按傅永淳上言：『漢南降賊陷城破邑，所在騷然。皆由奇瑜專主招降，謂盜心已革，不許道途訊詰；故郡邑不敢問，開門揖盜，剿撫兩妨。皆奇瑜之流毒也』。
十月，上數御經筵，遇雪不輟。諭講官韓日纘、姜逢元等，毋忌諱。
十一月，削總督陳奇瑜職，聽勘。
侍讀倪元璐上言：『邊臣之情（？）歸命監軍，無事稟成為恭，寇至，推委百出；陽以號于人曰：「吾不自由也」。陛下何不信賞必罰，以持其后；而必使近習之人，試之鋒鏑，又使藉口迄用無成哉！始陛下曰：「行之有績，即撤」；今行之無績，益宜撤』。不聽。
禮部右侍郎陳子壯嘗謁大學士溫體仁，體仁盛稱主上圣神，臣下不宜異同。子壯曰：『世宗皇帝最英明，然祔廟之議、勳戚之獄，當日臣工猶執持不已；皇上威嚴有類世宗，而公之恩遇孰與張桂？但以將順而廢匡救，恐非「善則歸君」之意也』。體仁意沮，遂成嫌隙。
十二月，進洪承疇兵部尚書，總督河南、山西、陜西、湖廣、保定、真定等處軍務；其總督三邊如故。
總督兩廣熊文燦戴罪自效。先是，文燦令守道洪云蒸、巡道康承祖、參將夏之木、張一杰往謝道山招降劉香老，既而被執。文燦奏『道將信賊自陷』；上曰『賊渠受撫，自當聽其輸誠；豈有登舟往撫之理！弛備長寇，尚稱未知；督臣節制何事』？故令戴罪。
八年（乙亥）春正月，兵部職方主事賀王圣劾溫體仁庸奸誤國；謫外。御史吳履中劾溫體仁、王應熊并及監視內臣；上切責之。
上以祖訓凡郡王子孫有文武才能堪任用者，宗人府具以名聞，朝廷考驗授以職，遷除如常例。侍郎陳子壯上言：『宗秩改授，適開僥幸之門；隳藩規、溷銓政』。上以其間親，下于理。明年四月，始得釋。已而宗秩蒞官多不法，公私苦之。
腦攏韞柿啥鼙恫畛閃杭澇帷囗
福建游擊鄭芝龍合粵兵擊劉香老于田尾遠洋，香老脅兵備道洪云蒸出船止兵。云蒸大呼曰：『我矢死報國，亟擊勿失』！遂遇害。香老勢蹙，自焚溺死?？党凶?、夏之木、張一杰脫歸。
七月，以文震孟入閣辦事。講「春秋」稱旨，故有此特簡。
八月，上諭：『致治安民，全在守、令。而兩京文職三品以下、五品以上，各舉知府一人，無論科第貢監；在內翰林科道、在外撫按司道，各舉州縣官一人，無論貢監吏士。過期不舉議處，失舉連坐』。