二月初六日（甲辰），孫士毅奏言：拿獲匪犯許阿協等四名，供：『上年七月十日在漳州地方，被賴阿邊等糾引入天地會。其會起于乾隆三十二年，以大指為天，小指為地。凡入其教者，用三指按住，以坎為號，便可免于搶奪；被搶銀兩亦可要回』等語。奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、孫士毅、徐嗣曾曰：天地會名色起自三十二年，為時已久；且該犯等輒敢轉相糾約，暗用記號，奪取財物，毫無忌憚。而許阿協等俱在漳州地方被誘入伙，并未渡臺，可見此等邪教閩省內地已有，尚不止臺灣一處。從來倡教立會，最易煽惑人心，為地方之害。上年大名糾眾戕官一案，段文經亦借立八卦會為名，互相勾引，遂成逆案。而閩省匪徒公然立天地會名色，肆行搶奪，較之大名邪教，其案更久。此總由地方官平時不肯實力查察，及遇有犯事者，又不能徹底根究，以致姑息養奸。即如上年臺灣楊光勳一案，所立會名，即系現經查出之天地會，乃地方官改作「添弟」二字，明屬化大為小，希圖規避處分。此次，林爽文等滋事不法，即由從前養癰貽患所致，不可不嚴切究辦，以凈根株。著該督等于事定后，密訪嚴拿，痛予懲創，勿再稍留余孽。并將三十二年以后，失察邪教之督撫及文武大小員弁，徹底查明，據實參奏。其辦理楊光勳一案，將「天地」二字改作「添弟」字樣之臺灣地方官，其咎更重，并著確查嚴參，以示懲儆。至許阿協供出勾引入教之賴阿邊等犯，俱籍隸漳州，該督等俟臺匪辦完后，即飭屬嚴緝，務獲訊明黨羽，按名究辦，毋任奸徒漏網。
初七日（乙巳），常青奏言：賊匪于十二月三十及正月初一等日，分路攻逼郡城，經鎮道督率文武員弁兵民義勇人等，協力剿殺，槍炮打死賊人甚多，賊匪四散奔逃。又臺灣府知府印務，先經飭令福州府同知楊紹裘署理。奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、常青、黃仕簡、任承恩曰：此次與賊打仗，文武官弁及兵民義勇人等，協力剿殺，奮勇得勝，保護郡城，實屬可嘉！俟常青抵臺灣于剿捕完竣后，查明實在出力人員，分別奏請交部議敘。所有義民鄉勇激發公義，協力剿賊，尤堪嘉獎！僅令地方官分別獎賞，尚不足以示鼓勵，著常青于抵臺灣后，查明各義民鄉勇內，如系務農經商生理者，即酌免交納賦稅；若系首先倡義紳衿本有頂帶者，即開列名單奏明，酌予職銜，以示優異。至黃仕簡、任承恩于正月初四、初六前后抵臺，迄今已一月有余，何以尚未據奏報剿賊消息？該提督等系專閫大員，抵臺灣已久，即待厚集兵力，克期進攻；亦應將賊匪情形，隨時奏報。乃至今總無消息，所辦何事？黃仕簡、任承恩，著傳旨嚴行申飭！看來，黃仕簡、任承恩全不諳事理輕重緩急；且彼此俱系提督，不相統攝，竟有互相觀望之意，于剿捕事宜，不能得力。近來，常青屢次奏報，甚有主見，籌辦一切，頗合機宜。此時，李侍堯自己抵泉州，常青交印后，即速渡臺灣督同黃仕簡等剿捕賊匪，務將賊首林爽文、王芬及此外有名頭目擒拿解京，盡法懲治，不可任其逸入內山。原任山東按察使楊廷樺，曾任臺灣道，且在閩省年久，于該處情形自所熟悉，其獲咎因監犯越獄，究非私罪可比，前已有旨交與李侍堯帶往差遣委用。現值用人之際，即著楊廷樺補授臺灣府知府，仍帶革職留任；并傳諭常青俟李侍堯到閩，即令楊廷樺渡臺灣接印任事。
臣等謹案林爽文結黨肆虐，一時義民鄉勇或首先倡義、或應募急公，其義憤激發，足見小民具有天良。我皇上深為嘉予，以僅由地方官獎賞，不足以示鼓勵，特諭令督臣查明，農商酌免賦稅，紳衿給予職銜。隆恩逾格，彰優異而務普沾，宜乎志切同仇，倍加感奮也。
上又命軍機大臣傳諭李侍堯、常青曰：該匪等私行倡立天地會，已閱二十年之久。在其黨者，自必隨同搶奪；而被搶者，豈有甘心隱忍，不行呈控之理？乃從未見該督有查辦會匪搶奪之案。若被搶之人呈控到案，該地方官又何所回護、竟置不辦，其故殊不可解？且事歷多年，其黨羽必多，著李侍堯、常青均俟剿捕完竣后，李侍堯在閩省內地各屬密訪嚴拿；常青在臺灣地方即速嚴行搜緝，毋得稍留余孽；仍應不動身色，妥協辦理。并將此會究系起自何年？該省有無被搶控告，地方官沉擱不辦之案？確查參劾。
同日，常青奏言：水陸兩提臣到臺日久，迄今未得殲賊確信，必因南北兩路往復熟商，以籌并力合攻，動出萬全，不無少需時日；但臣盼望愈切，夙夜靡寧。至臺灣郡城及鹿仔港、新莊一帶，俱能攻殺賊匪，保護各境，今當大兵四集，定可克期掃滅凈盡。又逆匪林爽文等，糾眾蔓延，占踞彰化、諸羅、鳳山等縣，守土文武各官，或臨敵捐軀、或奮身殉節，除臺灣知府印務，先經飭委福州府海防同知楊紹裘前赴署理；今經大兵進剿，被陷地方以次收復，所有知縣、同知各缺，均應遴員速往經理。臣隨飭令原任同安縣知縣黃嘉訓前往署理諸羅縣知縣事務；候補知縣宋學灝前往署理彰化縣知縣事務；其鳳山縣缺，即以現準調補之張升吉速赴任事。又理番同知一缺，委令原任俸滿理番同知王雋署理；淡水同知一缺，飭令現準升署之徐夢麟前往任事。至各廳縣印信，除淡水同知關防已據摧送到泉，即發交徐夢麟攜帶備用；其余，尚應查追下落；先飭將各經歷、縣丞印信、關防借給備用，俾得各昭信守。所遺彰化等屬縣丞、巡檢、典史各缺，亦俱隨時派委前往。至被害武職各官，咨令水師提臣黃仕簡，即于現在領兵到臺之副將、參將、都守內就近酌量委用，統于事竣之日，循例分別題咨辦理。再查臺灣府知府孫景燧，系在彰化拿賊被害，所有印信亦恐遺失，飭署府楊紹裘借用臺灣府經歷印信。其內地府經縣丞借用印信、關防，俱令布政使暫給木戳，以資應用。奏入，報聞。
初八日（丙午），藍元枚奏言：二十一日馳抵泉州。查鹿仔港及北路之艋舺等處，皆有官兵率同義民各相保護。提臣黃仕簡等俱于初四、初六等日進港，會合剿捕。臣受茲重任，所有地方情形一切事宜，凡思慮所及，惟有勉竭心力統向督臣常青商籌辦。奏入，報聞。
初九日（丁未），徐嗣曾奏言：連日接據臺灣鎮道具報，鳳山滋事不法之賊首王啟郎、曾錦等，亦被拿獲。該鎮柴大紀等又偵知賊匪于三十日分路來攻，預為準備，官兵用槍炮斃賊百余名。該道永福等分路捕剿，殺賊無數。蔡攀龍見賊匪由南蜂擁而至，復率兵民奮勇截殺，槍炮打死賊匪甚多。鄭嵩奮力夾攻，追趕十余里，賊俱散退等語。是，賊匪屢經剿殺，業已膽落，今聞提臣黃仕簡兵到，即已紛紛散去。加以陸路提臣隨后踵至，并力夾攻；臣竊計現在官兵會剿窮搜，賊匪必無稽誅之理。特恐其潰逃竄逸，復又嚴飭沿海地方注意巡防堵緝；其賊匪船只之經臣與督臣先后檄飭嚴加搜毀，并飭臺地文武于商船出口時，盤詰稽查，毋致夾帶偷渡；既杜其逋逃之路，復絕其偷越之根，自可不致一名漏網。至于內地漳民，疊次廣為曉諭；漳屬民人，現有紳士耆民教率子弟族黨于各海口地方密拿匪犯者，當即分別獎賞，以示風勸。臺灣屢有奸民械斗之案，此次林爽文等竟敢攻犯城池，皆由地方官辦理各案，止期就案完結，并未徹底嚴辦，以致刁民肆無忌憚。臣查逆匪林爽文所住之大里杙莊，從前謝笑械斗案內，即有該莊林姓多人；而諸羅縣楊光勳案內逸犯張烈等，現因逃入林爽文莊內，地方文武往拿遇害，可見奸民結會樹黨，氣類相通。仰惟圣明洞監，實于數千里海外情形，了如指掌，自當凜遵痛加誅剿，以凈根株。又查辦要犯家屬，惟有處以鎮靜，出以縝密，不使稍露端倪，令該處民人坦然無疑，犯屬自不致兔脫漏網。奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、常青、徐嗣曾曰：王啟郎、曾錦系鳳山滋事賊首，與高文麟等四犯無異，既經拿獲，著該督撫等押解來京，聽候審辦。其游擊蔡攀龍督率兵民，奮勇殺賊，尚屬可嘉！并著事竣后，給咨送部引見。此時，各路官兵早已齊抵臺灣，賊人望風膽落，勢必紛紛逃竄，各口岸巡防堵緝，尤為最要。李侍堯于二月初二日經過杭州，計日內已可抵泉州。常青交印后，迅即前往臺灣，遵節次所降諭旨，妥協督辦，總期迅速蕆事。