先師著述，除宗論外，其釋論，則有阿彌陀要解（一卷），占察玄疏（三卷），楞伽義疏（十卷），盂蘭新疏（一卷），大佛頂玄文（十二卷），準(zhǔn)提持法（一卷），金剛破空論附觀心釋（二卷），心經(jīng)略解（一卷），法華會義（十六卷），妙玄節(jié)要（二卷），法華綸貫（一卷），齋經(jīng)科注（一卷），遺教解（一卷），梵網(wǎng)合注（八卷）后附授戒法、學(xué)戒法、梵網(wǎng)懺法問辯（共一卷），優(yōu)婆塞戒經(jīng)受戒品箋要（一卷），羯磨文釋（一卷），戒本經(jīng)箋要（一卷），毗尼集要（十七卷），大小持戒犍度略釋（一卷），戒消災(zāi)經(jīng)略釋（一卷），五戒相經(jīng)略解（一卷），沙彌戒要（一卷），唯識心要（十卷），八要直解（八卷），起信裂網(wǎng)疏（六卷），大乘止觀釋要（四卷），大悲行法辯訛（一卷）附觀想偈略釋、法性觀、懺壇軌式（三種），四十二章經(jīng)解（一卷），八大人覺經(jīng)解（一卷），占察行法（一卷），禮地藏儀（一卷），教觀綱宗并釋義（二卷），閱藏知津（四十四卷），法海觀瀾（五卷），旃珊錄（一卷），選佛譜（六卷），重訂諸經(jīng)日誦（二卷），周易禪解（十卷），辟邪集（二卷）。共四十七種（板俱在嘉興府楞嚴(yán)寺），是為靈峰二論目錄。（大記，明咒行法，四書蕅益解未行。）

宗論全部，可取其中贊戒者，別為戒波羅密之書，贊凈土者，別為秘藏指南之書。或合上二者，別為不昧因果之書。儻能盡美盡善，則有大利而無害。未遑別刻，附記于此。

靈峰蕅益大師宗論總目錄卷首自傳續(xù)傳附記私謚竊議序序序說總目第一卷卷一之一愿文一卷一之二愿文二卷一之三愿文三卷一之四愿文之四第二卷卷二之一法語一卷二之二法語二卷二之三法語三卷二之四法語四卷二之五法語五第三卷卷三之一答問一卷三之二答問二卷三之三答問三第四卷卷四之一普說茶話卷四之二說文卷四之三偶錄第五卷卷五之一書一卷五之二書二卷五之三論辯議記第六卷卷六之一緣起序一卷六之二序二卷六之三序三卷六之四序四第七卷卷七之一題跋一卷七之二題跋二卷七之三疏一卷七之四疏二第八卷卷八之一傳卷八之二壽序卷八之三塔志銘祭文第九卷卷九之一頌一卷九之二頌二銘箴詞卷九之三贊一卷九之四贊二第十卷卷十之一詩偈一卷十之二詩偈二卷十之三詩偈三卷十之四詩偈四