南澳在閩、廣之交，夙為盜賊逋藪。先年山寇吳平、許朝光、?？茉槐?、林道干等聚眾為亂，荼毒生靈，至合兩省會剿始平。萬歷四年，建議善后，題請設協守漳潮副總兵官專駐南澳，始創城鎮，無事坐鎮彈壓，有警督兵窮追，兼制兩省，事權歸一，居然海上一重鎮也。所轄南澳游兵、拓林守備二游、防倭中哨二游、福廣二營陸兵。

按癸酉志，南澳去玄鍾澳口約三十余里，屬廣東饒平。洪武間，居民負險作亂，遂墟其地。其澳周圍六、七百里，有青澳、后澤澳，夷船多湊泊于此，而深澳尤為形險，小舟須魚貫而入，官兵攻剿，勢甚掣肘。嘉靖間，潮州府用木石填寨澳口。未幾，倭人用善水者撈起木石，澳口復通。嘉靖四十四年，劇賊吳平鳩集結巢，大兵征剿，賊黨雖散，其地尚為賊窩。萬歷初，同知羅拱辰相視其地，議設參將一員統兵屯札。筑城三座：一在深水澳，一在云蓋寺，一在龍眼沙，互相聯絡，立墩臺瞭望，調兵哨守。計三處田約四、五萬畝，可召軍民給牛耕種。羅公當時計劃，可謂周悉。自后題設協守副總兵駐扎，遂巋然重鎮矣。