二十二年六月，瑯興師，大書將弁姓名揭于桅竿，以別功罪。由桐山攻克花嶼、貓嶼、草嶼，乘南風進泊八罩島。國軒踞澎湖，凡緣岸可登處，筑短墻、置腰銃，環二十余里為壁壘。瑯遣署游擊藍理以鳥船進攻八罩島，水急石利不得住；海潮驟長，忽與島平，颶風大作遽止，瑯以手加額日：『天佑我也』！師遂進。流矢傷目，不為止；總兵吳英繼之。斬三千余人，克虎井、桶盤二嶼。旋以百船分別東西，遺總兵陳蟒、魏明、董義、康王率兵東指雞籠嶼、四角山，西指牛心灣，以分其勢。瑯自督五十六船，分八隊，以八十船繼后，揚帆直搗。鄭氐悉眾來拒，清師聯絡齊進，總兵林賢、朱天貴突入其陣；八隊踴躍奮呼，東西兩路夾攻，波濤騰沸。自辰至申，焚其船百余、斃其將及兵卒萬余人，遂取澎湖。澎湖既定，乃以恩信結臺人：迎降將領弁目凡百六十五人，賞以袍帽；士卒四千八百五十三人，給以銀米；傷未及死者六百余人，醫治之，送還臺。降者相謂曰：『是真生死而肉骨也』！婦相傳說，引領望王師矣。
國軒乘小船從吼門遁歸臺灣，與克塽及馮錫范等震懾無措，乃遣使乞降；瑯為奏請，上許之。八月，瑯統兵自澎湖人鹿耳門，至臺灣；克塽率其屬薙發，迎于水次，繳延平王金印。臺灣平。人謂鄭氏深仇，將快意焉。瑯曰：『義不共戴，寧忍忘之！顧絕島新附，有一誅殘，恐上下疑阻，人情反側。吾所以銜恤茹痛者為此也』。居數日，乃刑牲奉幣，告于成功之廟曰：『自同安侯（成功父芝龍封同安侯）入臺地，始有居民。迨賜姓啟土，世為巖疆，莫可誰何！今某實賴天子威靈、將師之力，克有茲土，不辭滅國之愆，所以忠朝廷而報父兄之職分也。第某早歲，于賜姓有魚水之歡；中間微嫌，釀成大戾。某于賜姓，剪為仇敵，情念疇昔；蘆中窮士，義所不為。公義私恩，如是則已』。語畢，涕下。
加授瑯靖海將軍，封為靖海侯，世襲罔替。遣侍郎蘇拜往福建，與督撫及瑯議善后事宜，時有議遷其人、棄其地者。十二月，瑯疏言：『明季設澎水標于金門，出汛至澎湖而止；臺灣原屬化外，土番雜處，未入版圖。然其時中國之民，潛往生聚于其間，已不下萬人；鄭芝龍為海寇時，以為巢穴。及崇禎元年，鄭芝龍就撫，借與紅毛為互市之所；紅毛遂聯結土番，招納內地民，成一海外之國，漸作邊患。至順治十八年，鄭成功攻破之，盤踞其地，糾集亡命、脅誘土番，荼毒海疆、窺伺南北，侵犯江浙。今其孫克塽納土歸命，若棄其地、遷其人，以有限之船渡無限之民，非閱數年難以報竣。倘渡載不盡，竄匿山谷，所謂藉寇兵而赍盜糧也。且此地原為紅毛所有，時在垂涎，乘隙復踞，必竊窺內地；重以夾板船之精堅海外無敵，沿海諸省，斷難晏然。至時復勤師遠征，恐未易見效。如僅守澎湖，則孤懸汪洋之中，土地單薄，遠隔金門、廈門，豈不受制于彼，而能一朝居哉？臣伏思海氛既靖，汰內地溢設之官兵，分防兩處：臺灣設總兵一員、水師副將一員、陸營參將二員、兵八千名，澎湖設水師副將一員、兵二千名。初無添兵增餉之費，巳足以固守。其總、副、參、游等官，定以三年或二年轉升內地，誰不勉力竭忠？其地正賦雜糧，暫行蠲免。見在一萬之兵，仍給全餉三年、后開征濟用，即不盡資內地轉輸。蓋籌天下之形勢，必期萬全。臺灣雖在外島，實關四省要害。無論彼中耕種猶少資兵食，固當議留；即不為紅毛荒壤，必藉內地挽運，亦斷斷乎其不可棄。臣親歷其地，備見野沃土腴、物產利溥，耕桑并盛、魚鹽充足，滿山茂樹、遍處修竹，硫磺、水藤、糖、蔗、鹿皮一切日用之需，無所不有，實肥饒之區、險阻之域』。并繪臺灣地圖呈覽。疏入，下議政王大臣等會議；大學士李蔚奏，應如瑯請。尋蘇拜與姚啟圣等亦從瑯議，上允行。部議征賦，略準鄭氐故額。瑯言故額太重不可準，且其地士著者少，被掠人民多歸故籍，人去業荒，稅將安出；乃滅十分之四。瑯又疏言：『鄭克塽應攜族屬，劉國軒、馮錫范應攜家口，同明裔朱恒等俱令赴京。偽武職一千六百有奇、偽文職四百有奇，應候部議；降兵四萬余人，或入伍、或歸農，各聽其便』。
二十四年三月，瑯疏言：『慮事必計其久遠，防患在圖于未然。邇者，海禁既開，設關差定稅額。沿海商民，增造多船，飄洋貿易，捕采紛紛；水師汛防，無從稽察。據中軍參將張旺報稱：劉仕明繒船出口，給有官票往呂宋經紀，載貨無多，附搭人數一百三十三名。一船如此，余概可知。弗為設法立規，節次搭載而往，恐內地貧乏人民俱為引去。以臺灣難民，尚荷皇上德意，移入內地安插；今內地之人，反聽其相引而之外國，殊非善固邦本之法。即觀外國進貢之船，人數有限，豈肯遺留一人在我中土？更考歷代以來，備防外國，甚為嚴密。今雖許其貿易，亦須有制，不可過縱。況新造貿易之船，皆輕快牢固、炮械全備，倍于水師戰艦。倘或奸徒竊發，借其舟楫、攘其資本，恐致蔓延。蓋天下東南之形勢在海而不在陸，陸地之為患也有形，海外之藏奸也莫測。且臺灣、澎湖新辟，遠隔汪洋，雖有汛守官兵，一遭阻截，聲息難通。將東南環海地方，不又仰廑宸慮？臣在閩言閩，當此未然，深知情弊；伏乞敕部行令督、撫，各將通省之內凡可興販外國各港門，議定船數，每船酌定人數；其采捕漁船，亦設法使互相稽察，以杜泛逸海外：則禍患不萌，疆隅永以寧謐矣』。是年，瑯疏請恤賞進剿澎湖傷亡及受傷兵丁。
二十七年七月，瑯入覲。時福建陸路提督萬正色與瑯陽為和好，陰相嫉妒；內閣學士錫住奏瑯善用兵，但行事微覺好勝。上戒勉之。瑯在鎮十余年，以閩人罹海患久，閭閻元氣未復、一意休養生息；其大旨在寬以蒞眾、嚴以束兵。瀕海數千里，桑麻被野、煙火相接，瑯之力也。
三十五年，卒于官，年七十有六。贈太子少傅，賜祭葬如典禮，謚「襄壯」。
瑯諳于韜略，嘗與大學士李光地夜語及順治己亥年事。光地曰：『令賊不頓兵城下，驅而徑前者，是誠可危』！瑯笑曰：『宜何向』？光地曰：『循山而東，奈何』？瑯曰：『南北步馬，不相若久矣；眾寡勞逸又懸。所在雖響應作聲勢，實觀望不能為之助也。纔涉北地，與官軍交，賊立盡耳』。徐又曰：『向彼舍短用長者，委堅城溯江而上，所過不留、直趣荊襄，呼召滇粵三逆藩與之連結，搖動江以南以撓官軍，則禍甚于今日矣。棄舟楫之便而敝攻圍，故知賊無能為也』。光地以是知瑯能。及光地家居，適瑯出師，邂逅小店中。光地曰：『眾皆言南風不利，公必犯之，何也』？瑯曰：『賈豎之言也！夫北風日夜猛，夜則更甚。自此至澎湖，舟戴星行，就能魚貫相尾，幸而不散。然島嶼悉賊據，到彼未能一戰奪之，舟無泊處。坐與行殊，風浪飄拍，軍不能合也，將何以戰？夏至前后二十余日風微夜靜，海水平如練，可以拋舟泊洋，聚而觀釁。不過七日，舉之必矣。用北風者徒幸萬一，南風則十全之算也。然節候月離，旬日間當有颶風，亦偶間歲不起。此則天意，非人慮所及。又賊將劉者，為彼魁杰。設以他將守澎湖，雖敗未服也，必用再戰。如守澎者劉，或死或敗，則勢盡膽喪矣。臺灣可不戰而下』。光地喜曰：『寇平矣』！瑯笑曰：『何相信也』？光地曰：『聞為將者必識天時利害、地理向背。較將之智力，公兼之矣，能無平乎』！瑯以六月十四日舟發銅山、十六日至澎湖、二十二日克勝，果在七日中。戰之日，東南角微云起，劉方調遣拒敵，望見喜甚。須臾，雷聲殷殷動，劉推翻食案，嘆曰：『天命矣』！海行占風者以云起為風兆、聞雷則散云。先是，鄭芝龍婦誠后，嘗過龍虎山，有異人為決未來事，語甚隱然，意若跨土稱孤、爭衡南面者。未云：『金雞唱，龍種消』。瑯辛酉生，其專征又以辛酉年；龍種者，芝龍子孫也。后二十余年而驗。
雍正十年，人祀賢良祠。子八人：次世綸，漕運總督；六世驃；水師提督；世驥、世騋、世驊。從子世驊（國史本傳、陳萬策撰家傳、臺灣志略、榕村全集、王熙撰墓志、測海集、陶元藻撰傳、郎潛紀聞）。
世綸字文賢，一字潯江。以蔭授江南泰州知州，廉而強，治案牘甚勤。康熙二十七年，淮安下河被水，詔遣兩大臣蒞州督堤工，從者數十輩，驛騷閭里。世綸曰：『其不法者治之』！是年，湖廣兵變，援剿官兵過境，沿途侵奪；世綸具芻糧以應，而令人各持一梃列而待，有犯者立擒治之，兵皆斂手去。二十八年，以承修京口沙船遲緩，部議降調；督臣傳拉塔以世綸清廉公直題留。尋擢揚州知府；圣祖南巡，召對良久，顧左右曰：『此天下第一清官也』！尋改江寧府。所至民咸懷之。以父憂去官，乞留者萬人；不得請，乃人投一文錢，建雙亭于府衙前，名「一文亭」。歲余，起蘇州知府，以服未除，辭不赴。
三十九年，起淮徐道副使。時湖南按察使員缺，廷臣以世綸請。圣祖曰：『施世綸，朕深知之。其操守果廉，但遇事偏執。百姓與生員訟，彼必護庇百姓；生員與搢紳訟，彼必護庇生員。如施世綸者，委以錢榖之事，則相宜耳』。遂遷湖南布政使。
先是，議遷五開衛署于平屯，俾黎平府專城而治。世綸以五開衛界黔、粵，控蠻夷，實為辰、沅、靖之藩籬。平屯僻處一隅，不惟建造無資，且孤立堪虞。若官軍兩遷，必致流離失所；若僅遷衛署，貢賦出納，遙制為難。矧自明迄今，府衛同城，軍民相安無事。請仍舊便。又以衡州府之安仁、桂陽州之嘉禾、臨武、永州府之江華、寶慶府之城步及郴州之桂陽、靖州之通道，請添設教諭；永定、銅鼓二衛、綏寧、會同二邑，請添設訓導。皆奉旨允行。
移安徽布政使，除太仆寺卿，以失察湖南兵劫掠奪官。旋授順天府尹，總督倉場。五十四年，出為漕運總督。五十九年秋，陜西旱，大饑。廷議挽河南粟二十萬石給關中，詔世綸赴河南勘河南府至西安黃河運道。乃自孟津歷砥硅、上龍門，由陜州達西安，量地險易，纖路通阻，酌舟運多寡有差。遂抵西安，會總督鄂海協理軍餉。時州縣積貯多虛耗，而西安、鳳翔為甚；遂拜疏劾二知府，下吏雜治。時世綸有子知會寧，鄂海以是要之。世綸笑曰：『吾自入官以來，身且不顧，何有于子』？鄂海竟以失察罷。其年冬，詔發帑金五十萬，合陜屬常平倉粟一百三十六萬余石賑饑民；遣部曹十二人往，而世綸總其事。因歷陜境，分十二路遣曹官及郡縣能吏十二人按口分給，遠近悉遍。明年夏乃歸，淮安民間老幼泣送數十里，建生祠祀之。督運至通州，適黃河決滎澤北岸，東灌張秋；命往視。乃自青縣復折而南，至張秋，造浮橋以利牽挽。日夕河干，未嘗休憩。素羸弱，由是得疾。具疏乞休，上慰留之，令其子廷祥馳驛省視。竟卒，年六十有四。著有南堂詩鈔。
初，世綸為清官，善聽斷。茅檐婦孺之口傳述其事。于是院曲盲詞有演唱其政績加以妝點者成小說施公案一書，比諸宋之包孝肅、明之海忠介，流傳百十年不絕（測海集、熙朝雅頌、雪橋詩話、郎潛紀聞、道光通志）。
世驃字文秉，一字怡園。幼而沈靜，有大志。年十五、六時，父瑯征澎湖，練舟師，世驃侍舟中，盡以其法傳授，耳聞目睹；備得窾要。澎湖之戰，即能輕艦直前，沖冒煙火，血斗不休。觀者感嘆曰：『真將種也』！策勛，授左都督。始仕為濟南城守參將，以家傳陣法治軍。瑯朝覲，過濟南，世驃率部伍列道左。瑯熟視，笑曰：『果得吾法矣』！
康熙三十四年，仁皇帝親征朔漠，請從軍。涉瀚海，隨大軍逐北至四十三臺乃回。未幾，升臨清副將。三年，為定海總兵官。時海氛已靖二十年，世驃曰：『太平不忘備豫，古之制也。況此地為浙海北門，大洋中保無竄伏耶』？乃帥弁兵至沈家門，以水操法，先用小舟親教之進退攻擊之方，然后用大舟至外洋分行而進，鳴鼓吹螺，以旗色為號令、炮聲為威武，將士皆習熟勇敢。越數歲，果有海賊江侖剽于洋。世驃曰：『此積年巨盜，非我親往不可得』。遂揚帆而出。遇之北洋，賊死命拒戰。自晨至暮，家將奮力持火叉一躍而過，眾軍畢登，斬江侖于舟中，擒其徒黨無遺。又遣施大英乘商舶以餌賊；賊追至，則旗揭鼓鳴，賊驚愕失措，盡舉而俘之。自此，賊兵莫敢犯其界。聞江南洋面有賊舟出沒，曰：『江浙，鄰也；不可以疆界為辭』。復遣施大英往殲其魁黨，焚其舟而返。
旋升廣東提督。先是，南澳守備潘成龍追賊被害；世驃至，則廣張邏緝，果獲二賊于潮陽。訊之具服，因得其黨輩姓名、居址，掩捕之無漏網。時海豐亦獲兩盜，所供攀悉以行第綽號，捕捉風影，株累平人。世驃移文告督、撫曰：『正盜已得矣，此誣也』。盡釋之。粵之山海俱為盜藪，曲江、英德以剽掠聞，常親率騎步巡察山峒。時總督趙宏燦方遣參將李世邦捕賊于英德，賊據險力拒；世驃訪其出入徑路，遣游擊徐進才從后躡之，賊進退蒼黃，殲于陣。搜于山，靖其根株；韶人以寧。