「甲寅」咸豐四年，公四十四歲。
正月初五日，公由家出抵衡州，督催船工，招募水勇。時湘中人未見水師，應募者少，乃招船戶水手不怯風濤之民，用廣西炮勇為之教習。快蟹船用槳工二十八人，櫓八人；長龍船槳工十六人，櫓四人；舢舨船槳工十人。每船用炮手數人。又另置艙長一名，頭工二名，柁工一名，副柁二名，其囗糧較優。亦刊發營制一篇。吳文節公文督兵于黃州，駐營堵城，亟攻黃州不下。賊焚毀堵城營壘，吳公力戰陣亡。賊船上犯武昌，戒嚴。十三日，奉到初二日上諭：“前因賊擾安徽，迭次諭令曾國藩置辦船炮，督帶楚勇，由湖入江，與安徽水陸夾擊。本日據袁甲三奏請令曾國藩督帶兵勇船炮，由九江直赴安徽安慶，刻下賊數無多，或先復安慶，亦可斷賊歸路等語。廬州為南北要沖，現在為賊所據，必須乘喘息未定，趕緊進剿，遏賊紛竄之路。曾國藩制辦船炮，并所募楚勇數千人，此時諒已齊備，著即遵旨，迅速由長江駛赴安徽，會同和春、福濟，水陸并進，南北夾攻，迅殄逆氛，以慰廑念。”欽此。公既聞廬州失守，江公殉難，而探卒自鄂歸者，亦報黃州堵城之敗，公于時心逾迫矣。二十六日，船廠畢工，成快蟹四十號，長龍五十號，舢舨百五十號，拖罟一號，以為坐船。購民船改造成船者數十號，雇民船百數十號，以載輜重。募水勇五千人，分為十營。其五為正，其五為副。每營置一營官，又設幫辦一人。在湘潭募水軍四營，以褚汝航、夏鑾、胡嘉垣、胡作霖為營官領之。衡州募六營，以成名標、諸殿元、楊載福、彭玉麟、鄒漢章、龍獻琛為營官領之。二十八日，自衡州起程，會師于湘潭，前、后、左、右、中營旗幟，各用其方色。陸勇五千馀人，則以塔齊布、周鳳山、朱孫詒、儲玫躬、林源恩、鄒吉琦、鄒壽璋、楊名聲及公弟國葆等領之。水路以褚汝航為各營總統，陸軍以塔齊布為諸將先鋒。糧臺設于水次，載米一萬二千石，煤一萬八千石，鹽四萬斤，油三萬斤，配炮五百尊，軍械數千件，子藥二十馀萬斤。應需之器物，應用之工匠，相隨以行。輜重民船，亦給予旗幟槍炮，以助軍勢。合計員弁、兵勇、夫役一萬七千馀人，軍容甚盛。作《討粵匪檄文》一道，布告遠近。賊船上竄，仍陷漢陽。湖北按察使唐公樹義迎戰，死之。賊上竄湖南境。
二月初一日，岳州失守。初二日，公在衡山舟次，奏報東征起程日期一摺，并奏陳水陸營制、糧臺章程大概情形，并奏調署撫標中軍參將塔齊布、耒陽縣知縣陳鑒源、平江縣知縣林源恩、善化縣知縣李瀚章等隨同東征差遣。又附片代遞唐樹義遺摺一件。公之為是役也，水陸兼進，尤注重水師。自上年創為戰船，每事必躬自考察，材木之堅脆，縱廣之榘度，帆檣樓櫓之位，火器之用，營陣之式，下至米鹽細事，皆經于目而成于心。糧臺設立八所，條綜眾務：曰文案所、內銀錢所、外銀錢所、軍械所、火順所、偵探所、發審所、采編所，皆委員司之。羅公澤南、李公續賓湘勇二營，留駐衡州，以防南路土匪，委知府張丞實督辦捐局，以資接濟。時又奉到上諭“此時惟曾國藩統帶炮船兵勇，迅速順流而下，直抵武漢，可以扼賊之吭。此舉關系南北大局，甚為緊要。此時水路進剿，專恃此軍。
該侍郎必能深悉緊急情形，兼程赴援“等因。欽此。貴州候補道益陽胡公林翼應前總督吳公之調，帶練勇六百名由黔赴鄂，軍抵金囗。聞吳公陣亡，賊舟上犯，阻隔不能進。公商之巡撫駱公秉章，由湖南支給餉糈軍械。并飭令回軍，會剿岳州之賊。王公鑫所招湘勇在長沙者，不用公所定營制，有自樹一幟之意。駱公札飭王鑫率所部先趨黃州。軍未發而賊已由岳州竄湘陰，上踞靖港市，擾陷寧鄉。
公舟師抵長沙，調陸路各營剿之。十五日，公具疏奏稱，賊船上竄，東南大局，真堪痛哭。湖廣江皖四省，止有臣處一枝兵勇較多，每月需餉銀近八萬兩，專恃勸捐，以濟囗食。現在湖南、江西、四川較為完善，請旨飭派大員辦理捐諭，專濟臣軍之用。并言世小亂，則督兵較難于籌餉；世大亂，則籌餉更難于督兵。此次成師以出，已屬竭力經營，若復饑疲潰散，此后不堪設想。附片奏胡林翼黔勇，暫令駐岳州附近地方，相機會剿。王鑫湘勇剿賊于喬囗，敗之。公所派陸營趙煥聯、儲玫躬、公弟國葆等，分投攻剿。儲公玫躬擊破賊大隊于寧鄉，旋因追賊陣亡。賊敗潰下竄，公飭各營及戰船追擊之。二十四日，公與駱公會奏逆船上竄派員前往分途截剿連獲勝仗一摺，附片奏留胡林翼在楚剿賊，暫未能赴鄂。又附報官軍收復湘陰乘勝追剿一片。于時奉到上諭：“曾國藩統帶炮船遏，想已開行，著即兼程馳赴下游，迎頭截剿。此時水路進攻，專恃湖南炮船，遏其兇焰，務須趕緊前進，勿稍延誤。”欽此。又奉到上諭“本日據青麟奏稱：探聞曾國藩帶勇已距金囗百有馀里，貴州道胡林翼隨同前來，現復退往上游，賊船飆忽上竄，急須出其不意，順流轟擊。該侍郎炮船早入楚北，胡林翼何以退守？著曾國藩飭知該道迅速前進，無稍遲延”等因。欽此。公乃專摺陳明胡林翼一軍未能赴鄂留于湖南之由。并稱胡林翼之才勝臣十倍，將來可倚以辦賊。胡公之軍回湖南境，崇陽、通城各屬土匪四起，賊由興國上竄，陷崇、通二邑，匪黨大熾。公調胡公黔勇由平江往剿，平江縣知縣林源恩帶員繼之。胡公軍至通城，請授于公，公又令塔齊布、周鳳山等帶勇往剿。賊退出岳州。王鑫湘勇先抵岳州，由蒲圻前進。公所派陸軍三營亦抵岳州。公自統水軍進剿。
三月初二日，抵岳州。初五日，公由驛具摺奏稱：賊蹤合數退出南省，臣現駐岳州，搜捕湖汊馀匪，就近剿辦崇、通股匪。上游肅清，則馳赴下游，庶無彼此牽掣之患。又具摺奏訓導儲玫躬，屢著戰功，擬保以同知直隸州升用。該員沖鋒遇害，懇恩準照同知直隸州例議恤。陣亡之勇目喻西林、文生楊華英均請一體議恤，以慰忠魂。附片奏：在籍道員蔣征蒲損助軍餉，請先提銀十萬兩，撥付臣營囗糧，并請旨飭令該道員赴行營，總辦糧臺事務，以期呼應較靈。是日，公派戰船搜捕西湖馀匪。衛千總鄒國彪遇賊擲火，燒傷而亡。初七日，北風大作，戰船及輜重船在岳州湖畔者，漂沉二十四號，撞損數千號，勇夫多溺斃者。駱公秉章屢奉旨籌兵援鄂。駱公于二月內奏稱：湖南弁兵存數無多，歷次剿辦土匪及此次所派追剿賊匪者，俱系臣與曾國藩督飭士紳召募自練之壯勇，較為得力。該逆現竄湖南，鄂省情形較緩，擬俟南省剿辦事竣，臣即派兵馳往鄂省跟蹤追擊。奉朱批：“楚南之賊明系分竄，現在湖北尚有多賊。曾國藩炮船原為肅清江面，第此時道路不通，暫可留在湖南剿辦，亦不能專待事竣緩緩北上。楚南辦有頭緒，仍應速赴湖北為是。曾國藩素明大義，諒不敢專顧桑梓，置全局于不問。北重于南，皖、鄂重于楚南，此不易之局也。”欽此。湖北賊勢方熾，武昌省城岌岌不保，公屢奉寄諭，飭令統領舟師，馳赴下游。諭旨又云“此時得力舟師，專恃曾國藩水上一軍。倘涉遲滯，致令漢陽大股竄踞武昌，則江路更形阻隔。朕既以剿賊重任付之曾國藩，一切軍情，不為遙制”等因。公啟行之初，派陸路勁軍，由崇、通剿賊，欲以次掃蕩，進援武昌。公自統水師，順流而下。既至岳州，遇風沉損各船。而王鑫湘勇之前進者，初八日抵羊樓司，遇賊潰敗，退回岳州。賊乘勝上犯。公弟國葆、鄒壽璋、楊名聲等營在岳州者，皆潰退入城。賊撲城甚急。
初十日，公急調炮船，齊赴岳州登岸擊賊，拔出城中各營潰勇，乘風南返。十四日，泊長沙城外，賊船復上犯湘陰。公在衡州時，原任湖北巡撫楊健之孫楊江捐助軍餉銀二萬兩，公因奏請以楊健入祀鄉賢祠。奉旨交部議處，部議革職，奉旨改為降二級調用。十五日，駱公奏岳州官失利、省城現籌防剿情形。王鑫革職，留營效力贖罪。十八日，公具摺奏陳：岳州陸軍敗潰，水師遇風壞船，力難應敵，恐戰船洋炮反以資賊，遂乘風退保省城，皆由臣不諳軍旅，調度乖方，請交部治罪。附片奏船只遇風沉損情形，鄒國彪傷亡請恤。又奏探明前路賊情一片。官軍在崇、通者，屢獲勝仗，胡公林翼有初六日上塔市之勝，塔齊布公有十四日沙坪之勝。賊勢少挫。值賊船上竄，長沙戒嚴。公乃調胡林翼、塔齊布兩軍旋省，委林源恩以平江勇扼守，防其南竄。二十二日，奏報崇、通勝仗一摺。奏稱：武昌以南等屬州縣，皆已為賊所踞，臣本擬痛剿崇、通一役，即可直抵鄂省，以資救援。不謂岳州一敗，大股上竄，須酌撤通城之兵，回保長沙，此皆臣調度乖方所致也。公之回長沙也，竹亭公為書以誡公，謂其筑壘不堅，調軍太散，皆取敗之道。結陣之法，緝奸之法，皆宜加意講求，尤以早起早食為要。自是以后，公每日未明而起，甫明而食，凡十馀年如一日。賊船竄踞靖港市，復分股由陸路擾寧鄉南及湘潭。二十七日，湘潭失守，賊于城外筑壘自固，于湘水上游掠民船數百號，豎立木城，以阻援師。二十八日，塔齊布公督軍馳至湘潭，奮擊賊營，大破之。連戰四日夜，斃賊數千人。官軍力戰殺賊之多，實自此役始。二十九日，公派水師五營，駛赴湘潭助剿。
四月初一時，水師大破賊船于湘潭。陸軍攻賊壘，盡破之。初二日，公自督戰船四十號、陸勇八百人，擊賊于靖港市。西南風發，水流迅急，不能停泊，為賊所乘。水勇潰散，戰船為賊所焚，或掠以去。公自成師以出，竭力經營，初失利于岳州，繼又挫敗于靖港，憤極赴水兩次，皆左右援救以出。而是日水師適破賊船于湘潭，連日報捷，軍勢少振。初三日，水師盡毀賊所掠船。塔齊布公會各軍兜剿，屢破之。初五日，克復湘潭縣城，賊乃大潰。自粵逆稱亂以來，未受大創。湘潭一役，始經兵勇痛加剿洗，人人有殺賊之志矣。公之回長沙也，駐營南門外高峰寺。湘勇屢潰，恒為市井小人所詬侮，官紳之間，亦有譏彈者，公憤欲自裁者屢矣。公言古人用兵，先明功罪賞罰，今時事艱難，吾以義聲倡導，鄉人諸君，從我于危亡之地，非有所利也，故于法亦有所難施，所以兩次致敗，蓋由于此。湘潭未捷之時，公與駱公會奏賊勢全注湖南，大局堪虞，請旨速飭廣東、貴州遄調兵勇來楚協剿一摺。初十日，兵部火票遞到前摺。奉上諭：“曾國藩奏失州水陸各軍接仗情形并自請治罪一摺。此次岳州水軍，雖獲小勝，惟因陸路失利，以致賊匪復行上竄，曾國藩統領水陸諸軍，調度無方，實難辭咎，著交部嚴加議處。仍著督帶師船，迅速進剿，克復岳州，即行赴援武昌，毋得再有延誤。”
欽此。又奉上諭：“曾國藩所統各勇，為數過多，既須剿辦粵逆，又須搜捕土匪。
即如所奏，有撥赴平江、通城者，有撥赴臨湘、蒲圻者，又有不能依限前進者。
散布各處，照料既不能周，剿捕自難得力，一有敗衄，人無固志，似此何能力圖進取？此時肅清江面，專恃此軍。曾國藩初次接仗，即有挫失，且戰船被風沉損多只，何事機不順若是！現在湖北待援孔亟，曾國藩以在籍紳士，若只專顧湖南，不為通籌全局之計，平日所以自許者安在？鮑起豹本系水師大員，何以不令督帶舟師剿辦賊匪，是否不能得力？且該提督何以陸路亦未帶兵前進？著駱秉章查明具奏。“欽此。十二日，公與駱公會奏官軍擊賊靖港互有勝負，賊由陸路攻陷湘潭，官軍水陸夾擊大獲勝仗，巨股殲克復縣城一摺。隨摺奏保副將塔齊布、守備周鳳山，同知褚汝航、知縣夏鑾、千總楊載福、文生彭玉麟、哨官張宏邦、訓導江忠淑八員。是役以塔齊布公為功首，而水師立功，亦于是始著。公專摺奏：靖港戰敗，水師半潰，實由臣調度乖方，請交部從重治罪，并請特派大臣總統此軍。
臣未赴部之先，仍當力圖補救。附片奏保塔齊布、褚汝航等數員，可分水、陸將領之任。奉上諭：“屯聚靖港，逆船經曾國藩親督舟師進剿，雖小有斬獲，旋以風利水急，戰船被焚，以致兵勇多有潰敗。據曾國藩自請從重治罪，實屬咎有應得。姑念湘潭全勝，水勇甚為出力，著加恩免其治罪，即行革職，仍趕緊督勇剿賊，帶罪自效。湖南提督鮑起豹自賊竄湖南以來，并未帶兵出省，迭次奏報軍務，僅止列銜會奏。提督有統轄全省官兵之責，似此株守無能，實屬大負委任。鮑起豹著即革職，所有湖南提督印務，即著塔齊布暫行署理。該部知道。”欽此。又奉上諭：“曾國藩統領舟師，屢有挫失，此摺所陳紕繆各情，朕亦不復過加譴責。
現在所存水陸各勇，僅集有四千馀人。若率以東下，誠恐兵力太單。該革員現復添修戰船，換募水勇，據稱一兩月間當有起色。果能確有把握，亦尚不難轉敗為功。目下楚北賊蹤，由應山竄回德安；隨州之賊，亦回武漢。是鄂省望援甚急。