要理解日軍的所作所為，必須首先弄清楚一系列顯而易見的問題。在南京大屠殺期間，究竟為什么日本士兵的行為竟然完全脫離人類基本的行為規范？為什么日本軍官允許甚至鼓勵這種失控行為的發生？日本政府是怎樣參與其中的？日本政府對于從本國渠道獲得的報告，以及來自南京大屠殺現場的外籍人士的消息，究竟有什么反應？
要回答這些問題，我們必須先從相關的日本歷史談起。
20世紀日本人的民族特質是由一種業已存在千年的社會制度鍛造出來的，在這種制度下，社會等級的確立和維持是通過軍事斗爭實現的。千百年來，日本列島上強大的封建諸侯雇用私人軍隊，彼此征戰不息；到了中世紀，這些軍隊逐漸演變為日本社會獨特的武士階層，他們的行為規范被稱為武士道（即“武士的行為規范”）。為主人效忠而死是武士一生中至高無上的榮譽。
當然，這種榮譽規范絕非日本文化首創。古羅馬詩人賀拉斯最先指出，每個時代的年輕人對其統治者應盡的義務是：為國捐軀，無上光榮。但是，日本的武士哲學更進一步，對軍事義務的界定遠遠超過了正當和適宜的程度。日本武士的行為規范極為嚴苛，其最顯著的特征是道義上的強制性，即如果沒能光榮完成軍事任務，就要自殺謝罪：通常情況下武士要在多個證人面前實施高度程式化而又極端痛苦的剖腹儀式，大無畏地自殺身亡。
到了12世紀，在征戰中獲勝的家族（因此也是最有權勢的家族）首領成為幕府將軍，他雇用武士向天照女神的直系后裔（廣受尊崇的天皇）提供軍事保護，作為交換，武士階層獲得了整個統治階級的神圣認可。隨著時間的推移，最初只有少數人遵循的武士行為規范逐漸滲透到日本文化中，成為所有年輕男子尊崇的行為典范。
時間的流逝并沒有削弱武士道的精神力量，這種精神在18世紀開始嶄露頭角，并在現代戰爭實踐中趨于極致。第二次世界大戰期間，臭名昭著的神風突擊隊執行自殺式攻擊任務，受過正規訓練的日軍飛行員駕駛飛機直接撞向美國戰艦，日本青年這種誓死效忠天皇、隨時準備獻身的行為給西方留下了極其深刻的印象。而且并非只有少數精英團體擁有這種寧死不降的信念，人們驚訝地發現，盟軍投降與戰死的比例是1∶3，而日軍的這一比例則是1∶120。
另一種塑造日本人特殊品行的力量來自于它的孤立，既包括地理上的孤立，也包括它自身的選擇。15世紀末16世紀初，日本在德川家族統治下實行閉關鎖國政策，以免受外國影響。這一政策的本意是保護日本免受外部侵擾，結果卻事與愿違，造成日本社會與正在發生工業革命的歐洲完全隔絕，新技術無從傳入，進而威脅了國家安全。在長達250年的時間里，日本的軍事技術一直停留在弓箭、刀劍和火槍的水平。
到了19世紀，事態的發展超出了日本的控制，作繭自縛的日本再也難于自保，陷入了極度不安與仇外的絕望。1852年，時任美國總統的米勒德·菲爾莫爾對日本拒絕開放通商口岸的做法極為不滿，加上他以“白人責任論”（當時將歐洲擴張主義合理化的一種觀點）的心態看待其他社會，于是決定派海軍準將馬修·佩里前往日本，以終結其孤立狀態。佩里仔細研究日本歷史之后，決定以大規模展示美國武力的方式震懾日本，逼其就范。1853年7月，佩里派遣一支冒著滾滾黑煙的小型艦隊開進東京灣——讓日本人第一次見識了蒸汽動力。在六七十位手持刀槍、面目兇悍的侍衛簇擁下，佩里昂首闊步前往幕府將軍的駐地，要求會見日本的最高官員。
說佩里的到訪使日本人目瞪口呆實在太過輕描淡寫了。關于此事，歷史學家塞繆爾·莫里森這樣寫道：“這件事對日本人來說，就如同宇航員宣布形狀怪異的外太空飛行器正在飛向地球一樣。”驚慌失措的德川貴族階級匆忙藏好細軟，召開會議，準備應戰。但最終他們別無選擇，不得不承認美國的軍事技術優勢，接受美國代表團的要求。僅此一次造訪，佩里不僅迫使德川幕府與美國簽訂各種條約，而且為英國、俄國、法國和德國等國家打開了與日本通商的大門。
此次蒙羞在日本這個傲慢的民族心中留下了強烈的怨恨。日本當權精英中，有人私下主張應該立即向西方列強宣戰；其他人則主張謹慎行事，認為戰爭只會削弱日本而非敵國。持后一種觀點的人敦促領導階層安撫入侵者，師夷長技，徐圖復仇大計：
在機械制造方面，我們還無法與外國人抗衡，因此我們應該與外國保持交流，并學習他們的軍事訓練方法與戰術，等我們（日本）各藩屬國團結如一時，就可以走出去，將外國的土地分封給戰功卓著的將士；這樣，士兵們將爭先恐后地表現其勇猛果敢，那時我們再宣戰也為時不晚。
盡管這一觀點并未公開流行，卻頗有預見性。因為它不僅預示了日本將要奉行的戰略，還描述了日本人長期以來認為生命屬于國家而非個人的理念。
面對西方入侵，德川幕府沒有明確的行動方案，于是決定觀望等待——這一決定實際上宣告了其統治的終結。幕府將軍安撫外敵的政策與其忠誠支持者的要求相距甚遠，招致許多人的唾棄；鷹派反對者也對其大加批判，認為幕府將軍對入侵的謹慎回應無異于向外國蠻夷卑躬屈膝。由于確信幕府已經失去統治資格，反叛各藩結成倒幕聯盟，推翻了幕府統治，還大政于天皇。
1868年，倒幕聯盟以天皇的名義獲得勝利，并開啟了一場轟轟烈烈的革命，旨在將日本從戰亂頻仍的封建割據國家轉變為強大的現代國家。他們將崇拜太陽的神道教尊崇為國教，將天皇視為國家的象征，掃除地方割據勢力，進而統一日本列島。新的帝國政府決心最終戰勝西方，因而將武士道精神作為全體公民的道德準則。來自國外的威脅進一步促進了日本列島的精神凈化，這一時代后來被稱為“明治維新”。此時日本全國上下回響著各種民族主義的口號：“天皇萬歲！驅除蠻夷！富國強兵！”
日本以驚人的速度在科學、經濟和軍事等方面迅速步入現代社會。政府選派最優秀的學生到西方國家的大學學習科學技術，政府還控制本國工業，創設兵工廠，建立以征兵制為基礎的國家軍隊，取代地方割據的封建軍隊。日本還仔細研究美國和歐洲各國的國防戰略，其中最推崇德國的軍事制度。但是，日本留學生帶回的關于西方技術和國防戰略的知識擊碎了日本長久以來自以為是的軍事優越感，使它陷入深切的不安，對將來向西方宣戰時必勝的信念產生了懷疑。
到19世紀末，日本已準備好大展拳腳，在其亞洲鄰邦身上測試自己的新力量。1876年，明治政府派遣一支由兩艘炮艇和三艘運輸艦組成的海軍艦隊前往朝鮮，強迫朝鮮政府簽訂通商條約——此舉不禁使人想起當年佩里強迫日本開埠通商的情景。
隨后，日本在朝鮮問題上與中國發生了沖突。1885年簽訂的條約雖然確立朝鮮為中國和日本的共同保護國，但10年不到，當中國試圖平定一次由日本極端民族主義者支持的朝鮮叛亂時，中日兩國爆發了大規模沖突。1894年9月，雙方宣戰后僅僅6周，日本不僅占領了平壤，而且在海戰中使中國北洋艦隊全軍覆沒。清政府被迫與日本簽訂了喪權辱國的《馬關條約》，該條約規定，中國向日本支付2億兩白銀作為戰爭賠款，割讓臺灣、澎湖列島和遼東半島給日本，并增開4個通商口岸。這次戰爭后來被稱為“第一次中日戰爭”。
若不是后來西方列強的干預，日本原本會取得全盤勝利。戰后日本獲得的最大戰利品——遼東半島，由于俄國、法國和德國的干涉，最后被迫歸還給中國。這進一步表明遙遠的歐洲列強具有迫使日本就范的實力，但這只會激勵日本痛下決心，努力在軍事上超越西方宿敵。到1904年，日本的軍隊規模增加了1倍，并在軍備制造方面實現了自給自足。
這種努力發展軍事力量的戰略很快得到了回報。日本揚言不僅能在戰爭中打敗中國，而且能打敗俄國。在1905年的日俄戰爭中，日本重新奪取了遼東半島的旅順港，并在對馬海戰中取得勝利，獲得庫頁島的一半和在東三省的商業優勢。對一個過去50年來在西方羞辱中臥薪嘗膽，同時又自尊自傲的國家而言，此次勝利實在令人振奮。當時一位陶醉于勝利喜悅的日本教授曾經這樣總結整個國家的雄心壯志，宣稱日本“命中注定要對外擴張并統治其他國家”。
多半得益于這些勝利果實，20世紀初期成為日本的黃金歲月。現代化不僅為日本贏得了軍事聲望，也為其帶來史無前例的經濟繁榮。第一次世界大戰為日本的鋼鐵和紡織品提供了廣闊的市場，促進了日本對外貿易的發展。日本股價猛漲，暴發戶應運而生，他們揮霍無度，紙醉金迷，舉國上下一片奢靡之風。在這個男性占主導地位的社會中，即便是傳統上深居簡出的日本婦女，也開始在賭場和賽馬場上一擲千金。
如果這種繁榮持續下去的話，日本社會或許會出現一個強有力的中產階級，成為遏制軍國主義影響的中堅力量。但事與愿違，日本很快就面臨其現代歷史上最具災難性的經濟危機——前期成果瞬間化為烏有，整個社會陷入饑荒的邊緣，日本由此走向戰爭之路。
20世紀20年代，日本繁榮的黃金時代落下帷幕。第一次世界大戰的結束終止了先前強大的軍事用品需求，日本的軍工廠紛紛倒閉，導致成千上萬的工人失業。1929年，美國股市崩潰，“大蕭條”隨之而來，美國奢侈品消費銳減，使日本的生絲出口貿易陷入癱瘓。
同樣重要的是，雖然日本在第一次世界大戰中站在協約國一方，但戰后10年間，許多國際商人和消費者卻刻意避免購買日本商品。盡管歐洲國家和日本一樣，都憑借第一次世界大戰的勝利擴張了其海外帝國，但人們卻以不同的眼光看待日本的擴張。由于西方人反感日本在20世紀初的幾十年中對中國的侵略行為，更厭惡日本試圖將西方式的殖民主義加諸它根據《凡爾賽和約》所控制的德國前殖民地，因此西方的金融家們選擇將更多的資金注入中國。緊接著，由于《凡爾賽和約》規定將德國在山東半島的權益轉讓給日本，中國人民群情激奮，因而發起了廣泛的抵制日貨運動。這些事態的發展進一步損害了日本經濟，并促使日本人普遍認為自己又一次成為某種國際陰謀的受害者。
經濟持續衰退對日本社會的正常運行產生了災難性影響。企業紛紛倒閉，失業人數劇增，貧困的農民和漁民被迫賣女為妓。通貨膨脹、工人罷工以及1923年9月的關東大地震使日本凄慘的社會形勢進一步惡化。
在“大蕭條”的背景下，日益流行的一種論調是，日本需要通過征服新的領土來避免大規模饑荒。明治維新時期，日本人口只有3000萬左右，到1930年卻猛增到近6500萬，這使得日本越來越難以養活其全部人口。日本農民艱辛勞作，努力使糧食畝產量升至極限，截至20世紀20年代，日本的農業產量已經陷入停滯。不斷增加的人口壓力迫使日本每年都嚴重依賴糧食進口，從20世紀初到20世紀20年代末，日本的大米進口增長了2倍。過去日本一直依靠紡織品出口收入支付糧食進口費用，但20年代末紡織品出口受到國外需求萎縮和市場競爭激烈的制約，并經常遭遇歧視性關稅。
20世紀20年代，日本軍隊中年輕的激進分子不斷論證軍事擴張是關系到國家存亡的關鍵問題。在《致青年人》（Addresses to Young Men）一書中，陸軍中校橋本欣五郎寫道：
為擺脫人口過剩的壓力，擺在日本面前的只有三條路——向外移民、開拓國際市場以及領土擴張。由于其他國家歧視日本移民的政策，第一扇門，即向外移民，已經對我們關閉了。由于關稅壁壘和通商條約的廢止，第二扇門也正在關閉。當三扇門中的兩扇都已對我們關閉時，日本該何去何從？
另外，還有一些日本作家提到其他國家擁有的廣袤領土，抱怨這是不公平的，尤其是這些國家沒有做到地盡其用，未能達到日本農民實現的糧食畝產量。