外經貿部在全國各地都有代表處，各個代表處把當地中小企業信息放在網上。因為中國商品交易市場是在互聯網的開放環境下運行的，因而中小企業上網很踴躍，網站很快就盈利了。有了部長的大力支持和地方部門的強力推廣，網上中國商品交易市場的發展十分迅速。而且，國富通和中國商品交易市場網站，都是在創建的當年就實現盈利的項目，純利高達287萬元。
此后，馬云和他的團隊又成功地推出了網上中國商品交易市場、網上中國技術出口交易會、中國招商、網上廣交會和中國外經貿等一系列站點。
另外，在中國政府站點中，外經貿部的網站不僅是國內部委中最早的一個，也是最優秀的政府站點之一，而且在1999年就被評為中國“政府上網工程”的推薦優秀站點。
最讓馬云感到自豪的是，他們做的網上中國商品交易市場，是中國政府首次組織的互聯網上的大型電子商務實踐。就在國富通成立的1998年7月，時任外經貿部部長的石廣生在CIECC創建的我國第一個在線商品采購基地——“中國商品交易市場”的開幕式上指出，建立網上中國商品交易市場是中國對外經濟貿易方式的一大飛躍。他同時宣布：網上中國商品交易市場是“永不落幕的交易會”。
南歸，馬云再回杭州
盡管公司經營得轟轟烈烈，但敏銳的馬云就有一種強烈的預感：這里不是我們的公司，只是政府的部門。而他的預感完全正確，無論是EDI還是國富通，都不是供他自由馳騁的平臺。最初，在做外經貿部的官方網站時，EDI方面提出要建大內網。從這個方案一提出，馬云就表示強烈反對，要求做互聯網。就因為堅持把大內網擴展到互聯網的想法，馬云還和EDI的幾個部門領導發生了一些爭執。
爭執的過程中，馬云漸漸地明白了領導們的意思：請你是來給政府做事的，不是來當領導的，決策的問題是你一個編外人員說了就算的嗎？
事實也是如此。盡管馬云出任中心信息部經理，也算是EDI的中層領導，但他僅僅是個社會編外人員，在一些涉及利益的重大決定上，他不可能有太大的發言權，更沒有一拍腦袋便“一口定乾坤”的決策權。
從雙方在這個項目的分歧上不難看出，雙方的沖突不是個體的小矛盾，而是一種文化的大撞擊：馬云想要實現的是互聯網平臺的核心價值——開放、共享，而機關的領導們則更希望憑借其強勢的行政資源實現兩個目標——壟斷、控制；上升到企業文化的角度上說，馬云想要的是自由，而政府機關里只有服從。
隨著時間的推移，無論是在處理問題的方式，還是思考問題的角度上，馬云都覺得他與那些政府官員們“缺少共同語言”。當然，也許領導們要的就是這種結果，就是要保持國家干部與這群編外人員之間的距離。如果僅僅是自己感到“不爽”倒也能忍，問題在于，他為那些和自己一起北上的伙伴們感到不平。
比如，剛剛帶隊揮師北上時，EDI方面曾承諾給他們的團隊30％的股份，而成績做出來之后（比如網上中國商品交易市場和國富通給外經貿部創造的巨大盈利），當初承諾的這些股份在體制內根本無法真正得以落實。在很多場合，馬云都提到了當時的“委屈”（其實更多是為伙伴們感到不平）：“我們那時候就拿幾千元一個月的工資，其他什么也沒有。”
另外，除了開發外經貿部官方站點、網上中國商品交易市場兩個大項目之外，在馬云的帶領下，他們的團隊又先后做了網上中國技術出口交易會、中國招商、網上廣交會和中國外經貿等一系列網站。平心而論，即使以今天的水準來衡量，馬云團隊干的這些活兒都很漂亮，很出色。尤其是網上中國商品交易市場，作為中國政府首次組織的互聯網上的大型電子商務實踐，其第一年就實現了凈利潤287萬元。但是，這些功勞與成就，絕不會記在馬云團隊的名下，因為他們都是無名小卒。
當初創建中國黃頁的時候，盡管最終跟杭州電信弄得不歡而散，但是，在1996年之后的杭州城里，從普通百姓到政府高官，很少有人不曉得馬云和中國黃頁，馬云團隊也是當仁不讓的互聯網開創者。如今，在偌大的北京城里，誰認識馬云？在大大小小的會議上，又有多少人會把馬云放在眼里？即便在各個辦事部門里，又有多少人把這群杭州來的十幾人當一回事呢？
所有的委屈、痛苦與無奈，全在這一刻如暴雨般傾瀉而出，忍辱負重的馬云，已經壓抑得太久太久了……
一個寒風凌厲的冬夜，北京外經貿部東郊潘家園。一貫有著頑童般純真笑臉的馬云召集了團隊成員，說有事要宣布。在所有人都到齊了以后，馬云一臉嚴肅地看著大家，以平時極為罕見的平和語調說了一句話：“我近來身體不太好，打算回杭州了。”話音一落，剛才還在嘰嘰喳喳的人們，同時張大了嘴巴、瞪大了眼睛，有如見到外星人一般，直勾勾地凝視著他。
所有的人都屏住了呼吸，聽馬云把話講完。
馬云繼續說道：“現在，你們面臨幾個選擇。第一，你們可以留在部里繼續干，安心待在機關做事，外經貿部名頭響，也有宿舍，在北京的收入也非常不錯；第二，在互聯網混了這么多年，你們都算是有經驗的人了，也可以到雅虎（當時的雅虎中國公司已經成立），那是一家特別有錢的公司，工資也很高，每月幾萬塊都有，我推薦，一定會錄用你們的；第三，你們也可以去剛剛成立的新浪、搜狐，也是我推薦。大家仔細考慮一下。”
說完這些以后，馬云不語了。下面聽的人都是大眼瞪小眼，面面相覷，一臉茫然。過了一會兒，孫彤宇問道：“我們在北京干得好好的，而且是為政府部門做事，干嗎要再回去過那種苦不堪言的日子呢？”
馬云理解大家的心情，也清楚他們的想法，所以，他也給大家留了一條“棄明投暗”之路：“當然，你們要是愿意跟我回家二次創業，也可以，但會很苦，非常辛苦。第一，你們每月將只有500元的工資；第二，未來公司的辦公地點就在我家那150平方米里，而你們自己要租房子住，而且不能離我家太遠，必須在離我家步行5分鐘以內的范圍內，不能打的上班；第三，至于將來具體要做什么，我自己還不知道，我只知道我要做一個全世界最大的商人網站。到底是跟我一起回去還是留在北京，你們自己一定要想清楚了再做決定，我給你們3天的時間考慮。”
5分鐘后，所有的人都做出了一致決定：一起回杭州，重新開始！那一刻，一向堅強的馬云流淚了，他感到一股暖流在身上涌動。也就是那一刻，馬云對自己說：朋友沒有對不起我，我也永遠不能做對不起朋友的事情！
我們回去，從頭開始，從零開始，建一個我們這一輩子都不會后悔的公司。
在離開北京前的最后一個晚上，馬云和這十幾個年輕人聚在北京的一個小酒館。那天晚上下著很大的雪，眾人大碗喝酒，大塊吃肉，一起抱頭痛哭，最后唱起了《真心英雄》，唱完《真心英雄》就唱老歌，一首接一首，這群走南闖北的漢子們都回避著“離別”這個對他們來說太過沉重的詞語。許多人都不記得那天晚上馬云到底說了些什么，也不知道第二天開始將要面對怎樣的生活，但是那個晚上，酒是熱的，心是熱的，歌是熱的。大家就記得唱了一個晚上的《真心英雄》。許多年以后，這首歌伴隨著阿里人度過了許多危難的時期，比如第一次互聯網低潮，比如“非典”。只要阿里人一聽到這首歌，每個人的心頭都會掠過一幕幕的鏡頭，那首歌也許代表了阿里巴巴的一種精神。無論是誰，只要是阿里人，在最困難的時候只要一聽到這首歌，心中就會立刻充滿感動、充滿希望。這是1999年，這是馬云遭逢人生的第二次創業失敗。然而馬云在失敗面前從來不曾氣餒。
無巧不成書，丁磊帶著他的網易北上之日便是馬云帶著自己的隊伍南歸杭州之時。
阿里巴巴橫空出世
馬云團隊在北京的14個月，并非完全失敗。國富通網站當年創建，當年盈利是中國互聯網早期絕無僅有的奇跡。拋開業績不說，馬云他們二次北上的收獲依然重要。他們畢竟做的是外經貿部網站，畢竟是站在了當時中國外貿的制高點上，和世界對話，和互聯網巨頭們對話。
馬云在這里親身感受了國家宏觀經濟的脈搏，感受了世界互聯網產業的脈搏。建在互聯網上的中國商品交易市場一開通，各地中小企業反應熱烈的場景不會不給馬云留下深刻印象。
馬云后來說：“我在外經貿部的工作經驗使我了解了許多中小企業的需求，也教會我如何讓互聯網能用于世界和中國的中小企業，這的確對我幫助很大。”
誰也不能否認阿里巴巴是馬云和他的團隊的一個偉大的創新，阿里巴巴的B2B商業模式堪稱是世界互聯網上的第四種模式。但這個模式的影子從1995年馬云在西雅圖放到網上的海博社的網頁上就可以找到，那不也是個貼上去的企業信息嗎？這個模式的影子從后來的中國黃頁的頁面上也能找到，只不過中國黃頁上的企業信息是收費的，而且主要是大企業的信息；這個模式的影子更能從北京的“中國商品交易市場”的頁面上找到，雖然也同樣是收費產品，但那上面已經主要是中小企業的信息了。
1998年年底離開北京時，馬云曾對大家說，回去做什么還不知道。其實那時他心里已經有了一個模式。