關于李世賢的下落，史料記載不一。陳坤的《粵東剿匪紀略》一書，根據被俘太平軍士卒的供詞，認為李世賢是戰敗自刎而死。清同治四年八月二十三日（1865年10月12日），左宗棠的奏報說：

臣等前據各軍紛據逃出賊目稟報，李世賢自永定敗潰后，夜半偷渡，隨行溺斃數人，復鳧水上岸，割去須發逃匿山中，以其能操漳州土音，遂詭稱漳州難民，人無知者。于是夜行晝伏，至六月二十八日，只身逃至鎮平縣，請民人送信汪逆。汪逆率黨郊迎，并馬同入縣城。因其舊黨百余人泣訴汪逆猜狠之狀，心不善之。汪逆前曾藉詞不救侍逆，殺其黨李元茂等，茲見李世賢至亦不自安，遂于七月初三夜，密遣從黨四人乘李世賢酣臥時殺之，并殺其舊黨偽王宗、偽天將、偽朝將等五人，傳示各賊館，揚言侍逆已降官軍，茲入鎮平，復結黨圖為內應也。臣等猶恐所聞不確未敢遽以入奏，茲鎮平克復之后，詢之降人難民，所言皆同，并見汪逆所貼偽示中，有侍王心懷險毒，不得已而行此法等語，則侍逆之輾轉求生而卒遭汪逆毒手，實無可疑。

閱左宗棠這份奏報有根有據，其可信程度比起陳坤的記載更高一些。李世賢不僅是一位身經百戰的杰出將領，而且也是當時長江以南太平軍的最高統帥。英國人維里塔斯在《漳州訪問記》中，對李世賢作了如下描述：

侍王似乎是一位有巨大才干的人。就一個中國人來說，似乎很精通外國政治……他現年三十一歲，短小、強壯，身材相稱，他的臉面被曬得很黑……由他攻取漳州城的手段來看，不得不承認他是一個戰略家，并且有顯著的軍事才能。

可見，漳州雖已失守，但是如果太平軍將士能夠同舟共濟，一致對敵，還是有一線復興希望的。只可惜，在此危急時刻，他們仍然重復自相殘殺的悲劇，其結局自然是必敗無疑了。李世賢被害后，來王陸順德也在粵東長樂（今五華）被叛徒林正揚所執，送清營，不屈而死。七月十三日（9月20日），由贛至粵參戰的鮑超所部霆軍提督婁云慶在鎮平、大柘，擊敗佑王李遠繼。汪海洋則集中兩萬兵力進高思，康國器埋伏精銳于山嶺間，用抬槍轟擊太平軍，汪海洋左腕被抬槍擊傷，全軍大亂。

這時清軍的形勢是：在嘉應地區有來自閩、粵、贛三省的軍隊，急需統一指揮，協調作戰。于是，清廷采納了前護理江西巡撫沈長級的建議，于八月十三日（10月2日）命左宗棠入粵督師，節制廣東、江西、福建三省各軍。八月十四日，汪海洋打了一場漂亮的伏擊戰，首先引高連升、康國器窮追至興寧（嘉應州城西南）山中，然后伏軍8000突起，擊斃高連升部數千人，其大將關鎮邦被斬首，康軍也被擊斃數百。九月初三日（10月22日），汪海洋攻占平和縣（屬惠州府）。九月二十一日（11月9日），汪海洋、李遠繼、譚體元一舉攻克廣東嘉應州（今梅縣），這是太平軍占領的最后一座州城，并屢敗左宗棠所部清軍，擊斃了前來進攻的叛徒錢桂仁。可是，汪海洋犯了一個致命的錯誤，他在嘉應城外建土城、望樓，準備在此孤城死守，至此將自己置于被動挨打、坐以待斃的絕境。在太平軍占領嘉應州并決定據城死守的情況下，康國器疾至左宗棠大營獻策。他分析，嘉應已成困獸，誠以閩師逼其東，粵師逼其西，連營稍前，合成長圍，然后作塹困之。另布羅遮師，阻其隳突。得三萬兵、三月餉，可聚而殲也。

左宗棠采納了康國器的合長圍之策，調新任浙江提督鮑超率12000人入閩至武平、上杭，再由廣東平遠縣徑趨嘉應西北，是為北路；劉典率軍8000人由贛入閩，由永定、大浦趨松口（嘉應州境）攻其東；左宗棠（時帶新兵及總兵楊和貴、營駐福建平和縣王官溪）親率署浙江提督黃少春之軍3000人、福建布政使王德榜之軍2500人出饒平攻其東南；又商同兩廣總督衙署派廣東布政使李福泰一軍駐興寧（嘉應州城西南），總兵方耀駐興寧縣東，扼嘉應西面；以高連升、康國器部攻汪海洋之西；再以粵軍記名提督曾敏行、副將鄭紹忠扼南路，江西巡撫劉坤一亦令臬司席寶田、總兵劉勝祥兩軍由平遠、鎮平前進。這樣就形成了對嘉應城的包圍圈，左宗棠決心要在這里全殲太平軍余部。

十一月二十九日（1866年1月15日），左宗棠移大營于粵東大埔縣（屬潮州府）。十二月十二日（1866年1月28日），左宗棠指揮各路軍隊向嘉應州城發動總攻，“血戰竟日”，以致“大戰處血漬滿蹊徑，澗水盡赤”。左宗棠也不得不承認“諸將士皆言逆賊是日分布之密，搏斗之苦，實為從征數年來所僅見”。汪海洋在佛子高、黃竹洋等地擊敗劉典和王德榜之軍。但劉、王二人又與高連升、康國器合軍復戰，以抬槍集中向康王龍旗射擊，汪海洋在激戰中頭部中彈負重傷，次日在嘉應州因傷勢惡化而死。汪海洋系安徽全椒人，初隸石達開軍，隨入廣西，后隨李秀成入浙江，是太平天國的一員驍將。清廷稱他“忍耐善戰，令酷而下必死，更進疾退，勝不速追，敗不速走，陷名城，覆大軍，屢矣”。汪海洋既死，李遠繼也在戰斗中不知所終，由偕王譚體元帶領其余部向群峰陡立的黃沙嶂撤退，嘉應州城失陷。

四更時，高連升、黃少春等攻入東門，高連升、王德榜、康國器各軍均向黃沙嶂方向追擊。二十三日夜，王德榜部在黃沙嶂左路圍截招降太平軍大部。二十四日（2月9日）黎明，高連升一軍在大日追上太平軍，招降萬余人，何明亮等部太平軍亦在北溪白河壩被鮑超軍四面包圍被迫投降。

同治五年正月二十一日（1866年3月7日），譚體元在黃沙嶂督戰，在與鮑超軍廝殺中，因力竭墜崖傷重，呻吟路旁，被黃少春部俘獲，遂至左宗棠松口行營，被殺害。譚體元，廣西象州人，由桂林從征到天京，亦曾隨石達開返廣西，后返師隨李世賢征戰，他是長江以南太平軍最后一個犧牲的王爵。在這次戰役中，太平軍余部陣亡萬余人，投降5萬余人。至此，長江以南太平軍余部的斗爭遂告結束。左宗棠于正月下旬返回閩浙，總督衙署，被清廷賞戴雙眼花翎，其長子左孝威亦被特賞主事。左宗棠志得意滿，他在致友人的信中毫不掩飾地自夸。

至此，江南太平軍余部的斗爭已經失敗。不久，分散逃出的太平軍將士或被招降，或被迫殺。左宗棠完成了參與鎮壓太平天國的使命，挽救了清王朝垂危的統治，并且表現了高度的自覺和盡瘁精神。自統兵入浙以后，他身為一個主帥，每遇大戰，“與僚佐皆帕首靴刀，分路殺賊”，白天指揮作戰，夜晚處理公牘文書，都要“一手經理”。身為閩浙總督，三年內只有十二天入住總督衙署，其余時間均在軍帳中度過，生活儉樸，“非宴客不用海菜”、“冀與士卒同此苦趣”。

咸豐十一年夏（1861年），太平軍攻占建德，繞攻景德鎮，曾國藩呼令還救。左宗棠自興安“冒雨馳奔七日，甫抵樂平”，即發隊作戰。后來他與捻軍作戰時，為了督軍追擊，他親履行間，一連十天“晝夜馳驅，騎馬奔走”。當時的清朝諸將帥中，像左宗棠這樣“剛明耐苦”者確實少見。但是，另一方面，他對太平天國和其他一切反對清王朝及沖擊封建秩序的“匪類”，是極其仇視的，可謂心狠手辣。同治三年（1864年），左部湘軍會同李鴻章部淮軍攻陷湖州。左宗棠“不居復城之功，而以追擊為事”。在寧國、威坪、蜀口等地，太平軍“大小頭目被擒斬者以千計”。他對起義軍強調不能輕易言“撫”，而必須重“剿”，而且還要殺到“稗無遺種”。在處理俘虜時，手段極其殘忍。咸豐十一年三月（1861年4月），太平軍與左宗棠部湘軍大戰于姑魚山、金魚橋、范家村等地，左宗棠說：“上饒范家村之戰，斃賊三千有余，陣斬賊目多名，極為痛快。”凡遇太平軍將領被俘，審訊后他即處以磔刑，并株連家屬。

同治二年二月（1863年3月），左部湘軍攻陷龍游，太平軍將領陳廷香戰死湯溪白龍橋。左宗棠得知陳廷香是湖南湘陰豬婆潭人（距左宗棠老家柳莊不過數里），即札飭湘陰知縣，“拿其家屬”。湘軍攻陷湯溪，太平軍守將李尚揚因叛徒出賣被俘，左宗棠親加審訊，處以磔刑，并札飭湖南安仁知縣查拿李尚揚家屬。同治五年，太平軍全軍覆沒，左宗棠在戰事已結束的情況下，處理太平軍大量被俘士卒時，命將“面貌猙獰者”亦從嚴懲辦。他還督令各部“分途捕治潮、嘉、漳、泉、興、化、永春各鄰縣莠民，誅斬數千”，這更超出了鎮壓農民起義的范圍。為了維護封建統治，左宗棠奉命出師，鎮壓太平軍，固然出于效忠清朝皇帝的需要，但其殘酷屠殺無辜良民卻是天理難容的。

同治五年二月十八日（1866年4月3日），左宗棠從廣東回到福建的閩浙總督衙署。他從同治元年入浙，先后巡撫浙江和總督閩浙，鎮壓太平軍是其主要功績，而作為一個封疆大吏，他注重恢復農業生產，進行鹽務和茶務改革，整飭吏治，講求“劾貪獎廉”與“修明政事”。對于這些舉措，就連一向同左宗棠交惡的趙烈文也不得不認為，“在浙江，紹興居民皆已復業，蕭山諸境，民船夜行，櫓聲相應也，杭城百廢俱起，復城未兩月，已議及海塘。各郡之漕皆減定，頌聲大作。以此觀之，左之吏治實勝李（指李鴻章）十倍。”特別是左宗棠在參與鎮壓了農民起義后，把自造輪船以抵御外來侵略提上議事日程，創辦了福州船政局，進而成為中國近代化的倡導者和近代企業的開拓者更值得稱贊。