此時，河北的農(nóng)民起義軍黑山軍興起。黑山軍首領(lǐng)于毒、白繞、眭固等，率領(lǐng)部眾十余萬人，侵入袁紹控制下的魏郡、東郡，來勢兇猛。東郡太守王肱根本不能抵御，黑山軍嚴重威脅了冀州的安全。袁紹派遣曹操抵抗黑山軍。曹操率領(lǐng)軍隊進入東郡，在濮陽打敗了白繞率領(lǐng)的黑山軍。袁紹因此上表漢獻帝，以曹操為東郡太守，郡治東武陽（今山東省朝城縣東南）。曹操有了自己的根據(jù)地，為以后的進一步拓展實力范圍，增強自身力量，奠定了良好的基礎(chǔ)。

初平三年（192年）春，曹操軍屯駐在頓丘，黑山軍于毒等進攻東武陽。曹操于是引兵向西行入山，進攻于毒等人的根據(jù)地。于毒得到消息，放棄了對東武陽的攻擊，回山中駐守聚地。曹操又遮攔突擊了眭固所部，在內(nèi)黃又攻擊了匈奴“於夫羅”，都大勝而還。

夏四月，司徒王允與呂布合謀殺死了董卓。董卓的部將李傕、郭汜等，殺了王允，進攻呂布。呂布失敗后逃走，向東退出武關(guān)。李傕等人于是把持朝政，朝廷又陷入一片混亂之中。

青州的黃巾軍，有一百多萬人之多，攻入兗州，殺死任城相鄭遂，轉(zhuǎn)入東平。兗州刺史劉岱想要用軍隊攻擊黃巾軍。鮑信勸他說：“目前的黃巾軍有一百萬人之多，聲勢浩大，老百姓都震驚恐懼，士兵都沒有斗志，敵人的勢力強大，不能抵擋。我觀察賊兵的情況，發(fā)現(xiàn)他們其實是一幫烏合之眾，沒有組織，沒有紀律，軍中也沒有什么輜重糧草，都是依靠外出掠奪作為軍隊的財用，這樣的軍隊絕對不是精銳之師。現(xiàn)在我們的辦法，應(yīng)該養(yǎng)精蓄銳養(yǎng)士兵的精力，首先堅守城池不出，敵人對我，要戰(zhàn)不得戰(zhàn)，要攻卻攻不破，長此以往，敵人的氣勢肯定會削弱，然后我選拔出精銳士卒，占據(jù)他們的要害之地，加以進攻，一定能擊敗他們。”可劉岱不聽勸說，擅自帶兵出戰(zhàn)，結(jié)果被黃巾軍所殺。鮑信和州吏萬潛等，逃到了東郡，希望曹操來當兗州牧，主持戰(zhàn)局。曹操于是領(lǐng)兵在壽張的東境進攻黃巾軍。不久，鮑信力戰(zhàn)而死。曹操用盡兵力奇計，才險勝黃巾軍。曹操懸賞想找回鮑信的遺體，但是沒能找到，于是就刻了一個和鮑信容貌相像的木人，供大家祭拜。曹操軍追擊黃巾軍于濟北，黃巾軍被迫投降。當年冬季，曹操接受黃巾軍投降的士兵三十余萬人，百姓男女百余萬口，曹操吸收其中精銳，命名為青州兵。收編了青州兵后，曹操的實力大增，以前兵源不足的問題一下子得到了解決，而且青州兵是經(jīng)過精心挑選加以訓(xùn)練的，所以他們的戰(zhàn)斗力很強。在這之后，曹軍的主力便是青州兵，曹操的事業(yè)也因為對青州兵的收編而躍上一個新的臺階。