1937年7月，盧溝橋事件爆發，當時馮沅君因患盲腸炎正在燕京大學寓所療養，得知事變后悲憤不已，隨即題《北平事變》詩一首：

地室避兵朝復夕，親朋生死兩茫茫；

相逢事后無他語，骨肉平安謝上蒼。

正欣失地俱收復，忽報大軍去析津。

兩地悲歡渾一夢，河山夢里屬他人。

她針對事變后燕京大學校園里還是一片華燈高照、歌舞升平的景象沉痛地寫道：

金爵翠盤縱以橫，燕園何處不歌聲。

可憐圣誕狂歡里，萬姓椎心哭歷城。

由于抗戰的興起，強烈的愛國主義激情和顛沛流離的生活，馮沅君又恢復了中斷了近十年的創作熱情，創作了大量的舊體詩，成為其創作園地里的一道特殊的風景。

1938年春，馮沅君與陸侃如一起離開了淪陷的北平南下，從此開始了八年流徙奔波的生活。他們離京后，經過上海，取道香港、河內，然后到達昆明。不久，中山大學聘請陸侃如去執教，馮沅君也隨之去了廣州。后來廣州失守，他們又隨中山大學師生沿西江遷到粵西的羅定。1939年初，馮沅君應武漢大學之聘，只身一人經昆明、成都來到峨眉山下的嘉定縣。同年，中山大學由粵西遷到云南。自1938年南下以來，馮沅君來回奔波于滇粵道上，看到美麗的南國景色，勾起她無限的思鄉之情，竟令她產生“粵南畢竟似中原”的感慨。馮沅君蟄居西南一隅，心系北國人民，八年抗戰，她“漂泊西南天地間”，足跡遍及云貴川廣各省，飽受流離奔波、水土不服、病魔纏身、思念親人的折磨。尤其是國家的命運，戰局的變化，人民的苦難、饑饉、流離失所，無不牽動著她的心，她情動于衷，形之于筆，寫出了大量的詩詞，輯為《四余詩稿》、《四余詞稿》、《四余續稿》等。這些詩詞中，有歡呼勝利的，如“魯南一戰樹奇勛，萬姓歡呼處處聞”；有描寫苦難經歷的，如“身世百年陌上塵，七哀五噫太酸辛”；有寫敵機轟炸的，如“鐵鳥破空來……尸骸紛狼藉”；有寫豫魯饑荒的，如“百金糴斗粟，無人不菜色”；有斥責執政當局奢侈腐敗、紙醉金迷的，如“戰士饑欲死，狗彘食人食”，“骯臟乾坤行欲遍，不知懷抱向誰開”。詩人的愛國熱情，憂國憂民的情懷溢于筆間。

1942年春，馮沅君夫婦再度入川，到設在三臺的東北大學任教。在三臺期間，馮沅君參加了愛國社會活動，他們夫婦接受老舍先生的委托，組織在東北大學任教或流寓在當地的文化人，成立“中華文藝界抗敵協會”川北分會，會址就設在馮沅君家中。他們開展了座談、講演、演劇等一系列文化活動，以喚起愛國行動。馮沅君還在三臺婦女運動大會上，作了題為《婦女與文學》的長篇演講，從介紹我國歷史上許穆夫人、蔡文姬、李清照等愛國女詩人的事跡和創作入手，激發廣大婦女的愛國熱情。在顛沛流離的歲月里，學校數次遷徙，圖書資料極其缺乏，馮沅君在繁忙的教學之余，還克服重重困難，擠出時間進行學術研究，寫出了《古劇說匯》、《古優解》等學術價值很高的著作。特別是《古優解》和《古優解補正》，從社會學的角度，揭示了“優”這種常見于古籍又為外人所不甚了解的人的地位、職能、特點，得出了“古優”為一種供君王貴族們娛樂的奴隸的科學結論，并進而探討了“古優”與后世“優伶”的淵源關系等問題。這也是馮沅君在學術上做出的重要貢獻。

抗戰勝利后，馮沅君夫婦隨東北大學復校到沈陽，1947年夏又轉到青島山東大學任教。這期間，她一掃抗戰以來的沉郁心情，又恢復了活潑開朗、文思活躍的心態。除了繼續從事古代戲劇研究，發表了《元雜劇中的〈東墻記〉》、《記侯正卿》、《元雜劇雜考三則》等論文外，還翻譯了《法國歌曲的價值及其發展》、《新法國的文學》兩篇文章以及《人民頌》、《工人歌》等多首詩歌。她通過自己的譯筆傳達了發自心底的激情：

如果你們愛聽，我的好朋友，我向你們歌頌人民。

……

人民已變得茁壯，強大，我以我是人民的孩子為光榮。

從這些譯作中可以看出，馮沅君的思想正在發生著變化，她開始由崇尚個性、追求自由，轉向歌頌人民。正是懷著這樣的心情，馮沅君迎來了新中國的誕生。