努爾哈赤于天命十一年（1626年）八月十一日去世，他死后不久就發生了兩件大事：一是前文提到的大貝勒代善與兒子岳讬和薩哈廉迅速擁戴四貝勒皇太極繼位。二是努爾哈赤的第四任大福晉阿巴亥被逼死殉葬。阿巴亥當時年僅三十七歲，她先后為努爾哈赤生下第十二子英親王阿濟格、第十四子睿親王多爾袞和第十五子豫親王多鐸。
關于阿巴亥之死，成書于皇太極正式稱帝的崇德元年（1636年）的《清太祖武皇帝實錄》中有詳細記載：“饒豐姿，然心懷嫉妒，每致帝不悅，雖有機變，終為帝之明所制。留之恐后為國亂，預遺言于諸王曰：‘俟吾終，必令之殉。’諸王以帝遺言告后，后支吾不從。諸王曰：‘先帝有命，雖欲不從，不可得也。’后遂服禮衣，盡以珠寶飾之，哀謂諸王曰：‘吾自十二歲事先帝，豐衣美食，已二十六年，吾不忍離，故相從于地下。吾二幼子多爾袞、多鐸，當恩養之。’諸王泣而對曰：‘二幼弟吾等若不恩養，是忘父也，豈有不恩養之理。’于是后于十二日辛亥辰時自盡，壽三十七，乃與帝同柩，巳時出宮，安厝于沈陽城內西北角。又有二妃阿跡根、代因扎亦殉之。”
簡單來說，就是努爾哈赤害怕自己死后，心機頗深的阿巴亥會釀成大禍，所以下令讓阿巴亥殉葬，因此阿巴亥被諸王逼死殉葬。
鑒于阿巴亥曾與代善有過不體面的往來，努爾哈赤可能害怕自己死后，阿巴亥會做出不檢點的事情導致自己英名受損。但是仔細思量，事情似乎又沒有那么簡單，前文交代過代善之所以與阿巴亥產生過曖昧關系，是因為努爾哈赤生前安排在自己離世后，幼子和大福晉阿巴亥交由代善撫養，所以二人才因此搭上線，一個是貪戀年輕后母的美色，一個是想著在老大汗死后找到新的依靠以穩固自身地位。
這樣的身后安排在落后的狩獵農耕社會并非罕見，而是一種延續已久并且約定俗成的傳統，這點努爾哈赤自然心知肚明，所以即使發生這樣的事情，他雖然很生氣，但并沒有因此廢掉代善繼承者的身份。后來代善聽信后妻的讒言，虐待自己與發妻所生之子，使得努爾哈赤大怒，認為他沒有人君的器量，才廢掉了他的繼承者之位。
某種程度上來說，因為有著這樣的傳統，所以面對正妻與次子的曖昧關系，努爾哈赤只是大怒，說明也算勉強理解這種行為。既然如此，他又何必害怕自己死后阿巴亥與代善或者其他年長的兒子走到一起呢？
關于阿巴亥之死還存在另一種說法，即這可能是皇太極一人的意思。或是皇太極得位不正，被認為奪取了多爾袞的汗位，所以他要通過此舉來打壓潛在的反對力量。或是阿濟格、多爾袞、多鐸三兄弟勢大，又有生母阿巴亥作為后盾，對其他旗主威脅太大，所以皇太極要先除掉阿巴亥這個主心骨。
說皇太極得位不正，主要有兩點依據：一是根據朝鮮人李肯翊所著《燃藜室記述》卷二十七記載，努爾哈赤臨終時，曾遺命由十二子多爾袞繼承汗位，大貝勒代善為攝政。二是順治年間，身為攝政王的多爾袞，作為努爾哈赤去世時的當事人之一，更是直接說道皇太極的汗位“原系奪立”，等到多爾袞去世，順治帝親政以后，追責多爾袞罪狀時，《清史稿》記載其一罪為“擅稱太宗文皇帝序不當立，以挾制皇上”。《東華錄》中的記載則更為完善：“擅自誑稱太宗文皇帝之即位原系奪立，以挾制中外。”
但仔細推敲，認為皇太極得位不正的說法不足為信，因為努爾哈赤晚年的政治格局中，皇太極繼位已是大勢所趨。努爾哈赤也默認他為繼承人，若此時傳位于年僅十五歲的多爾袞，不僅違背了其確立的“八王共治”祖制，更是將多爾袞置于險境，并且可能引發皇太極對多爾袞的猜忌與迫害，從而導致后金內亂。努爾哈赤顯然不會做出這般自毀根基的決定。
再者，從年齡和地位來看，多爾袞并非最合適的人選。他下面還有兩個弟弟，一個是同母弟多鐸，排行十五，是嫡出幼子。一個是十六弟費揚果，是庶出幼子。努爾哈赤對阿濟格、多爾袞、多鐸三兄弟雖然都很寵愛，但對嫡出幼子多鐸的喜愛明顯更多一些。例如，努爾哈赤晚年將兩黃旗的六十牛錄，分給阿濟格十五牛錄，多爾袞十五牛錄，多鐸十五牛錄，自留十五牛錄，其中阿濟格和多爾袞在正黃旗，多鐸與自己在鑲黃旗。在天命九年的元旦賀儀中，多鐸與其他旗主并列代表一班，意在以后由多鐸繼承鑲黃旗。多爾袞可沒有這樣的待遇，所以努爾哈赤即使要傳位幼子，也應該是多鐸。更何況當時多爾袞并未立戰功，一個十多歲的孩子，又能展現出多大才能使得努爾哈赤晚年想要傳位于他呢？
這一切分明就是多爾袞大權在握以后，為了提升自身的威望，所以刻意宣揚皇太極得位不正的言論，表明自己才是真正的汗位繼承人。因此，朝鮮人李肯翊可能基于此傳聞進行了加工并記錄下來。至于皇太極因為害怕日后阿巴亥聯合三個兒子對其他旗主造成威脅所以要除掉她的說法，倒是有一定可能性，皇太極可以以此與其他貝勒達成共識，但此舉也不符合現實。
努爾哈赤死后，皇太極的首要事情是獲得其他貝勒的支持，然后繼承汗位。在這個關鍵時刻，如果他對其他貝勒說阿巴亥和她的三個兒子以后威脅太大，所以要提前除掉阿巴亥，那么其他貝勒會怎么想？
還沒有繼承汗位，就急匆匆地打壓異己，還要下死手，其他貝勒還會支持皇太極嗎？他們肯定會害怕下一個輪到自己。更關鍵的是，雖然當時多爾袞才十五歲，多鐸才十三歲，但阿濟格已年滿二十二歲。努爾哈赤去世時，三人肯定在場，如果努爾哈赤沒有當場下令讓阿巴亥殉葬，事后由皇太極一人說出這是大汗遺命，即使獲得其他兄弟支持，但成年的阿濟格肯定會反對。到時候一旦三兄弟聯合起來反對，內部將產生嚴重分歧，這對皇太極順利繼承汗位是巨大障礙。因此，從邏輯上看，皇太極沒有理由在這個關鍵時刻自找麻煩，下令讓阿巴亥殉葬應是努爾哈赤本意無疑。然而，他的動機應該不至于是害怕死后阿巴亥做出不檢點的事情，而是害怕阿巴亥會釀成大禍。
史料記載里的“雖有機變，終為帝之明所制”這句評價可謂很有深意，說明阿巴亥還是很有心機的，而能夠洞察并壓制她的唯有努爾哈赤。努爾哈赤所擔憂的，正是自己離世后，阿巴亥可能會利用阿濟格、多爾袞、多鐸三子的強大力量，再聯合代善，形成一股不受控制的勢力。這股勢力肯定會對新任大汗皇太極造成巨大威脅，甚至引發內部戰爭。
代善與皇太極不和，代善“寬柔”但無雄才大略，明顯不是皇太極的對手。代善曾一度被剝奪嗣位，因此對皇太極的威脅有限，雙方并沒有鬧到自相殘殺的地步。然而，代善又是一個耳根子軟的人，比如他聽信后妻之言而虐待自己的親生兒子。如果有野心的阿巴亥在他耳邊吹枕邊風，到時候代善可由不得自己，從而對新興的后金政權構成顛覆性的威脅，所以阿巴亥留不得。
天命末年，努爾哈赤還將鑲白旗旗主即褚英的長子杜度調入鑲紅旗，再由皇太極長子豪格擔任旗主，相當于皇太極和豪格父子掌握了兩白旗，進一步加強了皇太極的實力。努爾哈赤晚年的這一系列的行為，是有感于八家分權格局的弊端，害怕分權趨勢進一步擴大，最終演變成“國亂”，因此他采取了防微杜漸、未雨綢繆的策略，旨在一定程度上為繼任者皇太極鋪平道路，是對皇太極這位繼承者的最后饋贈。