嘉靖二十八年（1549年），海瑞參加鄉(xiāng)試，呈上《治黎策》一文。這篇文章富有真知灼見，既涉及海南數(shù)萬黎族人民切身利益，又關(guān)系到明朝對少數(shù)民族的統(tǒng)治政策。

長期以來，明朝官員對黎族人民的反抗起義采用武力征剿的策略，比如嘉靖二十年（1501年），征討感恩縣崖州黎民的起義，殺害黎民上萬人，搗毀黎民村寨數(shù)百間，造成幾千名黎民無家可歸。海瑞認為，對待黎族百姓不能征剿鎮(zhèn)壓，只能疏導(dǎo)管理。他說：“瓊?cè)ゾ熑f里，當事請裁，或致遲誤。設(shè)縣立所，限其大概；乘機審勢，聽其便宜。”又陳：“招民、置軍、設(shè)里、建學(xué)、遷創(chuàng)縣所、屯田、巡司驛遞事并圖說。”可惜的是，海瑞的《治黎策》沒有引起朝廷的重視。不過，海瑞非凡的管理才能卻從此出名。海瑞在這次鄉(xiāng)試中中了舉人，喜報傳到家里，其母謝氏喜出望外，鄰居親友也紛紛表示祝賀。

嘉靖二十九年（1550年）的春天，海瑞滿懷著母親的殷切希望，身揣親朋好友湊集的幾十兩白銀，以舉人的身份踏上了進京會試的路程。海瑞參加京城的會試，除了完成規(guī)定文章之外，還將《治黎策》抄送給主考官員。幾位主考官公認海瑞文章寫得很好，有針對性，是緩解海南黎民反抗朝廷的良策。

黎族人民自古以來繁衍生息于海南島，是古越人的一支，人口有十余萬。在原始社會的氏族公社階段，特別是在父系氏族時期，由眾多家庭父系血緣關(guān)系組成，在頭領(lǐng)的組織下，一起做工，團結(jié)互助。他們居住在自搭自建的竹樓里，在竹樓下邊圈養(yǎng)牛或羊；沿著竹梯而上，到達里邊的臥室，有簡單的衣食起居的設(shè)施，通常在地鋪上放兩三床粗布被褥。父系血緣維系著的大家庭，多子多女，男子外出打獵，女子采摘野菜，生活困難。男人女人穿著簡陋，成年人腰間圍繞著一塊獸皮。倘若遇見災(zāi)荒之年，許多人吃不上飯，只能以野菜、野果充饑。

黎族人民的篝火晚會非常熱鬧。男女民眾在山溝平壩上把野草樹枝點燃，圍著熊熊燃燒的火堆載歌載舞。女青年們因為沒有衣裳穿，只好在腰部圍上一圈又一圈的樹葉，光著腳翩翩起舞。如果她們發(fā)現(xiàn)英俊的小伙子，便會熱情地圍觀起來，一邊歌唱，一邊調(diào)笑。大膽潑辣的女孩子甚至?xí)岩庵腥藫尰丶胰ァ?

海瑞16歲那年，應(yīng)瓊山郡學(xué)的黎族學(xué)友德宏之邀，到海南島五指山的山寨去游玩，時間長達半月。在這段時間里，海瑞了解黎族人民的風俗習(xí)慣，更加理解了黎族同漢族之間的兄弟關(guān)系，深切地體察到黎族民眾的疾苦，這就是他作《治黎策》的思想淵源。

海瑞認為，朝廷的屢次興兵彈壓，不但沒有征服黎民，反而更加激起民眾的反抗，使居住在海南的眾多漢族人民同時不得安寧。由此，他提出治安政策如下：

首先，要選派得力大員來海南全權(quán)負責治理黎民事務(wù)，如果沒有合適的人員，我海瑞愿擔當此任。

其次，在摒棄武力鎮(zhèn)壓的前提下，要從安定海南社會秩序的目的出發(fā)，在黎族集中居住區(qū)建立地方縣制，尊重黎族人民的信仰和習(xí)慣，并給予他們一定的政治地位以及人身自由。

再次，要采取切實有效的措施，消除漢族、黎族人民之間的隔閡，逐漸緩和民族之間的矛盾。

其實，各民族之間的矛盾，在封建社會里歸根結(jié)底與階級矛盾、階級斗爭有關(guān)。在明王朝封建專制的社會制度下，掌握統(tǒng)治權(quán)柄的主宰者是不會接受舉人出身的海瑞的意見的。況且，當朝天子世宗朱厚熜正忙于齋醮。所謂齋醮，是指皇帝住在西苑，從早到晚拜神求佛的宗教迷信活動。給天神書寫信件，叫做“上青詞”，祈求天神保佑，健康長壽，永不衰老。由于皇帝專心致志地齋醮，不理朝政，當朝宰相嚴嵩乘機攬權(quán)主政，凡是參加會試的舉人都要賄賂千兩以上的銀子，否則不能成為進士。當然，海瑞沒有銀子可送，即使有銀子，海瑞也不會送，所以他最終會試落榜。與此同時，明朝北疆告急，蒙古酋長俺答率騎兵入侵明朝邊界，其勢咄咄逼人，揚言攻取北京。在這樣的危機下，海瑞在京師戒嚴備戰(zhàn)的前夕，匆忙起程趕回海南。

三年后，即嘉靖三十二年（1553年）春，海瑞第二次進京參加會試。此時的朝政仍然把持在嚴嵩父子手中，肆意貪污，橫行無忌。世宗朱厚熜更加昏庸無道，會試的結(jié)果可想而知，海瑞又不第。但按照明代科舉制度，舉人會試不第可參加下次“春闈”（舉人赴京趕考進士每三年一次，均在陰歷三月舉行，故又稱“春闈”。“闈”是考場的意思）。海瑞實在不愿再次會試了，便聽從明代吏部的選調(diào)，于同年的春天，被任命為福建南平縣的教諭（明代各州、府、縣設(shè)有儒學(xué)，管理本地的學(xué)務(wù)，縣學(xué)的正教官，叫教諭，副教官叫訓(xùn)導(dǎo)。）年底，海瑞把母親由海南海口鎮(zhèn)接到南平縣居住，從此開始了他的仕宦之途。

南平縣地處福建省的中部，比海口鎮(zhèn)大多了，生活條件也比較好。但縣里的縣學(xué)管理混亂，上學(xué)難、學(xué)費很高，而且行賄送禮之風盛行，不少窮苦家庭的孩子念不起書。海瑞走馬上任縣學(xué)教諭伊始，頒布《教約》，雷厲風行地整頓學(xué)校規(guī)章，堅決反對濫收學(xué)生、家長禮物的不正之風；告誡教職人員不許索取非分之財；發(fā)布告示，廣招學(xué)生，對富家子弟與貧困人家的孩子要一視同仁。海瑞言傳身教，對送禮者一律拒絕。

還有一次，福建省延平府的官員到南平縣學(xué)來視察。縣學(xué)里的官員都在跪迎這些尊貴的上司，而唯有前排一個清瘦的人，只作揖行禮，與左右兩位早已跪倒在地的訓(xùn)導(dǎo)形成了左右低中間高的筆架勢態(tài)。延平府的官員們大喊：是誰不下跪？哪里來的山字筆架豎在這里？做出這一驚人之舉的正是南平縣新來的教諭海瑞。后來，人們便稱其為“筆架博士”。

此后，還有巡按視察御史到南平縣學(xué)視察，海瑞仍是作揖而不跪，贏得了“海強項”的贊譽。海瑞主張縣學(xué)、府學(xué)皆是朝廷培育人才的圣地，身為教諭應(yīng)尊師重教，首先要維護教師和讀書人的尊嚴。縣學(xué)、府學(xué)又是師長“傳道、授業(yè)、解惑”的殿堂，不應(yīng)該在這里給外來視察的官員們下跪。

更值得稱贊的是，海瑞在南平縣擔任教諭期間，他非常關(guān)愛學(xué)子，既能與學(xué)生溝通，又能對有困難的學(xué)生加以幫助；海瑞主張教學(xué)既要“學(xué)然后知不足”，又要“教然后知困”。只有這樣才能奮發(fā)圖強，達到教學(xué)相長的目標。

海瑞大力倡導(dǎo)倫理道德，親作《規(guī)士文》，強調(diào)品德修養(yǎng)的重要意義。特別提出做人行事乃至讀書寫文章，都要以民族英雄岳飛、文天祥為榜樣，或“精忠報國”，或“留取丹心照汗青”。

南平縣學(xué)在海瑞的整肅下，只用了三四年的時間，就辦得紅紅火火，遠近的學(xué)生皆慕名來求學(xué)，南平縣學(xué)為社會培養(yǎng)了眾多品學(xué)兼優(yōu)的人才。

海瑞在南平任教諭期間，還寫成了《驛傳申文》。《驛傳申文》對延平府所轄的將樂、沙縣、大田、龍溪、永字、順昌、南平七個縣的驛傳混亂的現(xiàn)象，提出了必須要整頓的方略，方略中說：“為今之計，只當議裁革，不當議官苗當。蓋當裁革，苗當國祿行之而驗，官當則正統(tǒng)年行之而驗，必無利于前不利今日之理。不能裁革，苗當時無染指之患，后無冒破之憂，若差勝矣。然應(yīng)付不堪，必至逃避……然剝削貪難稱過使客，彼此觀效，日私日貪。”

這段文字意思是說，百姓深受賦稅之苦，家家貧窮，村落殘破，沒有安居之所，必然要流浪逃避他鄉(xiāng)。為黎民百姓之生計，就必須整頓、改革。

《驛傳申文》的字里行間，充溢著海瑞憂世愛民的情懷。然而事與愿違，他的方略卻遭到冷遇，無人問津。

公元1553年—1557年，擔任南平縣學(xué)教諭的海瑞，堅持興學(xué)育人的方針，經(jīng)義治事，濟世愛民，以身作則，不為俗習(xí)所染，贏得了海南道巡按監(jiān)司等正直官僚的賞識，多次向朝廷推薦海瑞。海瑞遂由南平縣學(xué)教諭升遷為浮安知縣。