余書藏中所收《壇經》不下十余種，其最佳者為明正統四年黑口刻本。每半葉八行，行十六字，字大悅目，元槧本典型尚存，氣象靜穆可敬。其次則為嘉靖間五臺山房刻本。每半葉九行，行十八字，古意猶存，尚為佳帙。茲以兩刻本，校勘其異同。正統本之優點，為法海所撰《壇經略序》，尚未改為《六祖大師緣起外紀》，其序文亦未為后人所竄亂。正統本有無名氏《跋》一首，嘉靖本則摘錄《跋》中之語，名曰《歷朝崇奉事跡》，而刪其《跋》。正統本共分九品，曰《悟法傳衣第一》；嘉靖本改為《行由第一》，分其后半為《般若第二》。正統本曰《釋功德凈土第二》，嘉靖本改為《疑問第三》。正統本曰《定慧一體第三》，嘉靖本改為《定慧第四》。正統本曰《教授坐禪第四》，嘉靖本改為《坐禪第五》。正統本曰《傳香懺悔第五》，嘉靖本改為《懺悔第六》。正統本曰《參請機緣第六》，嘉靖本改為《機緣第七》。正統本曰《南頓北漸第七》，嘉靖本改為《頓漸第八》。正統本曰《唐朝征詔第八》，嘉靖本改為《宣詔第九》，近刻本又改為《護法》。正統本曰《法門對示第九》，嘉靖本改為《付囑第十》。其間字句之不同者尤不勝枚舉。于以知《壇經》之竄亂，其在正德、嘉靖間乎？明人好竄改古書，已成為風俗，不獨于佛經為然也。余尚有嘉靖小字刻本，及閔刻朱墨本，亦為《壇經》中之佳品。此外則有福建鼓山刻本、長沙刻本、金陵刻本、如皋刻本等，皆近時普通單行本也。
《壇經》最要之宗旨，在于示明一切萬法，皆從自性生。自性即是自心，自心即是真佛，故不必舍自佛而求他佛，但覓自心佛可也。其重要之下手處，在于依法修行。修須自修，行須實行。其所修、所行者，先去殺生、偷盜、邪淫、妄語、兩舌、惡口、綺語、貪欲、瞋恚、癡愚等十惡，再去邪見、邪思、邪語、邪業、邪命、邪方便、邪念、邪定等八邪。去十惡八邪，即是除自性中不善心、嫉妒心、諂曲心、吾我心、誑妄心、輕人心、慢他心、貢高心，及一切時中不善之行。常自見己過，不見他人之是非善惡，是之謂歸依自性天真佛。故六祖謂慈悲即是觀音，喜舍名為勢至，能凈即釋迦，平直即彌陀也。若不能依法實行，口善心不善，雖誦經念佛奚益？南轅而北其轍，其去真佛也遠矣。
學者之于《壇經》，皆宜誦讀之、講貫之、思索之、體認之，以反求諸夙夜飲食、男女衣服、動靜語默、應事接物之間。六祖之所謂“心平何勞持戒”，吾則求吾心之如何能平。六祖之所謂“行直何用修禪”，吾則求吾行之如何能直。六祖謂“恩則孝養父母”，吾則求孝養父母之所以盡其恩。六祖謂“義則上下相憐”，吾則求上下相憐之所以盡其義。六祖謂“讓則尊卑和睦”，吾則于尊卑思所以行其讓。六祖謂“忍則眾惡無喧”，吾則于眾惡思所以致其忍。于此六者，無一不致其精微曲折之詳，無一不能貼向自家身心上做工夫，以截斷其舊習，以變化其氣質。雖讀此一經，而已入圣賢仙佛之境界矣。嗚乎，獨處不能謹，口誦不能實行，徒以經典梵唄，嚴飾乎外，偽也。欲以虛偽之善，蓋真實之惡，自可欺，人不受欺；人可欺，佛其可欺乎？
禪家所有語言，皆機鋒相對，因病與藥，使參問者舍去執見，直入中道而已。故圭峰禪師曰：“性不易悟，多由執相。故欲顯性，先須破執。”其所謂破執者，試以《金剛經》證之。經曰：“如來所說身相，即非身相。”又曰：“是福德，即非福德性，是故如來說福德多。”又曰：“所謂佛法者，即非佛法。”又曰：“莊嚴佛土者，即非莊嚴，是名莊嚴。”又曰：“佛說非身，是名大身。”又曰：“佛說般若波羅蜜，即非般若波羅蜜。”又曰：“諸微塵，如來說非微塵，是名微塵；如來說世界，非世界，是名世界。”又曰：“如來說三十二相，即是非相，是名三十二相。”又曰：“是實相者，即是非相，是故如來說名實相。”又曰：“如來說一切諸相，即是非相。又說一切眾生，即非眾生。”又曰：“所言一切法者，即非一切法，是故名一切法。”又曰：“若福德有實，如來不說得福德多。以福德無故，如來說得福德多。”又曰：“如來說具足色身，即非具足色身，是名具足色身。”又曰：“如來說諸相具足，即非具足，是名諸相具足。”又曰：“彼非眾生，非不眾生。何以故？須菩提，眾生眾生者，如來說非眾生，是名眾生。”又曰：“所言善法者，如來說即非善法，是名善法。”又曰：“凡夫者，如來說即非凡夫。”此等句，不及備錄。錄此以見談般若者，隨說隨掃，以破人之執著之相也。后世之談禪者，其法皆出于般若部。所以問者曰是，則答曰非；問者曰非，則答曰是；問者曰有，則答曰無；問者曰無，則答曰有。且即毀即贊，即贊即毀；即立即破，即破即立；即體即用，即用即體；即言語非言語，非言語即言語。一時權宜相當，故有與甲相宜者，未必與乙相宜；與乙相宜者，未必與丙相宜。隨機說法，無有定法如來可說。故六祖為志道曰：“汝勿隨言解，許汝知少分。”
雖然，立教皆為對機。對機者，除病除執也。若本無此病，即無庸服藥；本無此執，亦更不必破。無病而藥，無執而破，則無益而有損矣。善夫，蓮池大師之言曰：“看經須是周遍廣博，方得融貫，不致偏執。蓋經有此處建立，彼處掃蕩；此處掃蕩，彼處建立。隨時逐機，無定法故。假使只看《楞嚴》，見勢至不入圓通，而不廣覽稱贊凈土諸經，便謂念佛不足尚矣。只看達磨對梁帝語，見功德不在作福，而不廣覽六度萬行諸經，便謂有為福德皆可廢矣。反而觀之，執凈土非禪宗，執有為非無為，亦復如是。喻如讀醫書不廣者，但見治寒用桂、附而斥芩、連，治虛用參、耆而斥枳、樸。不知芩、連、枳、樸亦有時當用，而桂、附、參、耆亦有時當斥也。是故執醫之一方者誤色身，執經之一義者誤慧命。予嘗謂《六祖壇經》不可使無智人觀之，正慮其執此而廢彼也。”
“心性”二字，空宗與性宗等解說各不相同，惟禪宗則毫無區別。所以黃檗禪師云：心性不異，即性即心；心不異性，名之為祖。又云：諸佛菩薩與一切蠢動含靈，同此大涅槃性；性即是心，心即是佛（見《傳心法要》）。《南陽慧忠國師語錄》：“曰：未審心之與性，為別不別？師曰：迷則別，悟則不別。曰：經云，佛性是常，心是無常。今云不別，何也？師曰：汝但依語而不依義。譬如寒月，水結為冰，及至暖時，冰釋為水。眾生迷時，結性成心；眾生悟時，釋心成性。”學者據以上數則，既知心性非異，可以讀《壇經》矣。
六祖之碑銘及《壇經序》中有最難箋注者三處。王摩詰所撰《六祖碑銘》中之“泉館”二字。余注曰：“泉館”即“淵館”也。筑館于重淵之下，猶言穴居也。唐人避高祖諱，故改“淵”為“泉”。當時頗以未得確證為憾。后偶閱袁褧仿宋本《六臣注文選》中郭璞《江賦》：“淵客筑室于巖底，鮫人構館于懸流。”原注曰：“淵客，鮫人，皆水中居，故筑室構舍于巖流之下。”此即泉館之出處也。他日當為補入注中。又法海《壇經略序》中之“此地乃生龍白象來脈，只可平天，不可平地”三句，又德異《壇經序》中之“末上”二字。此三處皆不易箋注，學者慎勿滑過。“達摩”或作“達磨”，“惠能”或作“慧能”，皆可通用。第七品中之“羊鹿牛車”，近時新刻本改為“羊鹿之車”，大謬！萬不可用。不知《法華經》中共分四車，曰羊車、鹿車、牛車、白牛車耶？此略舉之，其說詳載注中。
數年前有客問余曰：《壇經》第一品中，“韋刺史與官僚入山，請師出”，此山何名也？又問第七品中，“師振錫卓地，泉應手而出”，此泉何名也？第十品中“嗣法四十三人”，其名詳于何書？何名也？余于時不能答，旁有座客代余答曰：此乃考據文字，于明心見性毫無交涉也。然余終以不知此答為憾。近來閱書稍稍留意，積久則此山與泉及四十三人皆確知其名。已詳載《壇經》注中矣。
注中偶有重復之處，因經中往往有極機警、極爽利之話頭，與極確實之理解，非仍引前注不能了然者，故又重復而用之。非若專門名辭，前已注過者，則每用注見前，或詳見前注，可以了之。若理論則反，不如徑將前注仍注一番，學者既省檢查之勞，又獲熟讀之益。故注者不避重復之誚也。
《說鈴》為說部叢書，內有《現果隨錄》一種，其九十一則載：江北沈生，幼廁黌宮，恃才妄作。讀書蕭寺中，見《六祖壇經》，妄舉朱筆涂抹。回家暴亡。示夢于父曰：吾以涂抹《壇經》，現在地獄，身帶火枷，苦楚難忍。父為我到寺讀書處，尋出《壇經》，洗去涂痕，庶可脫苦。父悲痛不勝，入寺搜訪，果見原本，急洗去舊痕，并發心重刻一部流通，為子懺罪。
唐釋法才《光孝寺瘞發塔記》：“佛祖興世，信非偶然。昔宋朝求那跋陀三藏，建茲戒壇，豫讖曰：后當有肉身菩薩，受戒于此。梁天監元年，又有梵僧智藥三藏，航海而至，自西竺持來菩提樹一株，植于戒壇前，立碑云：吾過后一百六十年，當有肉身菩薩來此樹下，開演上乘，度無量眾，真傳佛心印之法王也。今慧能禪師，正月八日抵此，因論風幡語，而與宗法師說無上道。宗踴躍忻慶，昔所未聞。遂詰得法端由。于十五日，普會四眾，為師祝發。二月八日，集諸名德，受具足戒。既而于菩提樹下，開單傳宗旨，一如昔讖。法才遂募眾緣，建茲浮屠，瘞禪師發。一旦落成，八面嚴潔；騰空七層，端如涌出。偉歟禪師，法力之厚，彈指即遂。萬古嘉猷，巍然不磨。聊敘梗概，以紀月歲云。儀鳳元年，歲次丙子，吾佛生日。法性寺住持法才謹識。”
《肇慶府志》曰：永寧寺在縣（新興縣）南瑯村旁，相傳為六祖辭母處，旁有辭母石。又曰，六祖庵在縣（四會縣）東扶廬山下，六祖嘗避難隱于此。后人因建庵祀之。
《廣東通志》曰：光孝寺在南海縣西北一里，相傳六祖祝發于此。《圖經》云，本乾明、法性二寺，后并為一。劉宋永初間，陀羅三藏飛錫至此，指訶子樹曰：“此西番訶梨勒果之林，宜曰訶林。”遂創戒壇。預讖曰：“后當有肉身菩薩，于此受戒。”梁天監元年，智藥三藏自西竺國持菩提一株植于壇前。唐儀鳳元年，六祖慧能祝發樹下。因論風幡，建風幡堂。宋太祖改為“乾明禪院”。紹興二十年，改為“報恩廣孝寺”。后易今名。咸淳五年重修，元明屢經修建。有睡佛閣，國朝順治六年，僧今盌修。康熙十一年，東莞人蔡元真，以寺頹廢，請平靖兩藩重新之，有牌記。寺又名法性寺，有米元章書三世佛名。稍北為六祖殿，前為菩提壇，壇側為發塔，其東南為達摩井，西為五祖殿。循廊而東，為風幡堂，堂前有池泓然。
《壇經》正統刻本卷尾有無名氏跋語一則，近世已無傳本。語頗詳實，故附錄于下。其辭曰：宋太祖開國之初，王師平南海。劉氏殘兵作梗，師之塔廟，鞠為煨燼。而真身為守塔僧保護，一無所損。尋有制興修，功未竟。會宋太宗即位，留心禪門，詔新師塔七層，加謚“大鑒真空禪師太平興國之塔”。宋仁宗天圣十年，具安輿，迎師真身及衣缽入大內供養，加謚“大鑒真空普覺禪師”。宋神宗加謚“大鑒真空普覺圓明禪師”。本州復興梵剎。事跡元獻公晏殊所作《碑記》具載。六祖禪師，自唐開元元年癸丑歲示寂，至大元至元二十七年庚寅歲，已得五百七十八年矣。自大元至元二十七年庚寅歲，至大明正統四年，已得六百八十年矣。時正統四年歲次已未仲秋八月中元日重刊。
蓮池大師曰：大鑒能禪師，世稱南宗。大通秀禪師，世稱北宗。然黃梅衣缽，不付“時時勤拂拭”之大通，而獨付“本來無一物”之大鑒，何《宗鏡錄》謂大鑒止具一只眼，大通則雙眼圓明？如是，何以不得衣缽？夫曹溪親接黃梅，遠承達磨，又遠之承迦葉，又遠之承釋迦。乃永明傳道于天臺韶國師，而為此說者，何也？抑隨時救弊之說也。昔人言晉宋以來，競以禪觀相高，而不復知“直指人心，見性成佛”之旨。故初祖西來，至永明時，又或以為一悟即了。故《宗鏡》及《萬善同歸》等書，力贊修持。則似乎南宗專于頓悟，而北宗頓悟漸修，智行雙備，故有只眼、雙眼之喻。高松老人獨奮筆曰：此一只眼，是之謂盡大地是沙門一只眼也，是之謂把定乾坤眼也，是之謂頂門金剛眼也。倘新學輩諸淺見者，執《宗鏡》所云，作實法會，則大鑒止是空諦，而大通方始是中道第一義諦，可乎？或曰：曹溪六代傳衣，舉世靡不知之。而當是時，何為惟見兩京法主二帝門師？北宗大著于天下，而不及曹溪者，又何也？曰：曹溪既承印記，秘其衣缽，為獵人守網，潛光匿彩，至于一十六年。大通之道盛行，曹溪之名未顯也。迨風幡之對，而后道播萬世矣。曹溪潛龍深淵，不自炫耀。大通見龍在田，不自滿盈。其言曰：彼親傳吾師缽者也。蓋善知識之相與以有成也如是。（《竹窗三筆》）
唐圭峰禪師曰：此方迷心執文，以名為體。故達摩善巧，揀文傳心，標舉其名（心是名也），默示其體（知是心也），喻以壁觀（如上所敘），令絕諸緣。問：諸緣絕時，有斷滅否？答：雖絕諸念，亦不斷滅。問：以何證驗，云不斷滅？答：了了自知，言不可及。師即印云，只此是自性清凈心，更勿疑也。若所答不契，即但遮諸非，更令觀達。畢竟不與他先言知字，直待自悟，方驗實是親證其體，然后印之，令絕余疑。故云默傳心印。所言默者，唯默知字，非總不言。六代相傳，皆如此也。至荷澤時，他宗競播，欲求默契，不遇機緣。又思惟達摩懸絲之記（達摩云，我法第六代后，命如懸絲），恐宗旨滅絕，遂明言知之一字眾妙之門，任學者悟之淺深，且務圖宗教不斷，亦是此國大法運數所至，一類道俗合得普聞，故感應如是。