董卓畢竟是軍人出身，他掌控朝廷的第一步，便是將軍事搬上了他的政治舞臺。
任何一個執政者都需要有自己的靠山來鞏固自己的統治，這種靠山可以是虛化的也可以是實際的。在治世時期，皇帝可以說自己的權力是上天賜予的，所謂“受命于天”；而亂世時期，這種空洞的說辭再加上封建的禮教已經很難掌握局勢了，在這個時候，無論官位大小還是什么“四世三公”的身世，在強大的軍事力量面前都沒有用。而董卓恰恰是握有兵權的人物，他需要用一個辦法讓在京城的百官知曉他的實力，從而不敢與這個東漢末年的“竊國大盜”抗衡。
進了京城后，董卓統屬的兵力其實不多，他明白，沒有掌握強大的軍事力量，要想征服百官，威懾朝廷是不可能的。所以董卓想出了一個辦法：他每隔四五天，就會派部隊偷偷地溜出京都，然后第二天再叫他們浩浩蕩蕩地進來。這就給在朝文武造成了千軍萬馬浩蕩不絕的錯覺，于是整個洛陽威懾于董卓的奸計之下。然而，這畢竟不是長久之計，部隊在往復表演之時，董卓也趁機在暗中收攬著兵士。
何進、何苗已死，生前所統士兵到最后都讓董卓收編了。另外，當初何進召各方豪杰時，有一個叫丁原的也統兵前來幫忙。董卓看中了他的部隊，便有心殺之。當時丁原身邊有一員猛將，名叫呂布，字奉先，臂力過人，武藝高超，號為“飛將”。呂布見信于丁原，董卓于是便用利益引誘呂布殺了丁原。丁原一死，所統部隊遂全部歸了董卓。而董卓也收了呂布，“甚愛信之，誓為父子”（《三國志·魏書·呂布傳》）。呂布之無信，由此漸顯。但是這樣的記載也僅僅是顯示了呂布此人并沒有十足的忠誠感，并不能體現后世所稱的呂布“三姓家奴”，因為他并沒有將丁原認作“義父”，這樣的說法完全是羅貫中對這段故事進行了藝術加工，從而更好地體現出了呂布見利忘義的性格。
這個故事的主角還有一匹赤兔寶馬，是董卓送給呂布的見面禮，而這匹馬在史籍中只見其名，也知道它是呂布所擁有，但是否是董卓為了拉攏呂布去刺殺丁原而贈送，這件事情就存在了出入。所以這一段故事也是羅貫中經過了相當的藝術加工而寫入《三國演義》之中的。現實中的呂將軍也許并不是小說中的那副貪婪無恥的形象。
收編了何進、丁原等人的部隊后，董卓兵力大增，不需要再像以前那樣做表面功夫了，也因此霸道得理直氣壯了。當時宦官勢力已經被袁紹等人盡皆剪除，所以董卓現在若說有所畏懼的，也就是何氏的殘余勢力了。這勢力包括何太后和袁紹等。何進死后，袁紹接管了西園八校尉，曹操等人都屬于袁紹治下。西園八校尉在靈帝之時雖然顯赫，其后幾經波折，已經大不如前了，起碼較之董卓的勢力，是不能相比的，所以袁紹對董卓還是有所畏懼。當時有一個叫鮑信的人就曾勸說袁紹趁董卓勢力未發展之機先殺了他，然而袁紹懼怕董卓，不敢亂來。只是袁紹名望最大，所以董卓的算盤就先打在了他的身上。
董卓偷偷叫來袁紹，和袁紹商議廢帝之事。倘若袁紹贊成，廢帝之事自然順利許多，袁紹也和他成了一伙。若是袁紹不贊成，當然也阻擋不了他廢帝的進程，而他也剛好找個理由和袁紹撕破臉，趁機消除袁紹的勢力。袁紹是絕對不愿意劉協成為皇帝的，當時罷免董太后之時，他和何進就是一伙的，劉協雖小，起碼能記掛董太后的撫養之恩。劉協成為皇帝，對他是有害而無利。當時袁紹就找了個借口，他說這是大事，要找他的叔叔袁隗商量一下。袁隗在當時還是三公之一的太傅，但董卓又怎么會懼怕他這個名號？
董卓見袁紹找了個借口婉拒，一不能與其共謀，二不能與其決裂，只好將話往里更逼一步，他說：“劉氏種不足復遺。”意思就是劉邦的子孫沒有一個能比得上劉協這個人了。袁紹聽了這話，無所回應，橫刀長揖而去。出了宮門后，袁紹知道董卓這回是要針對自己了，留在京城中只怕夜長夢多，因此逃往冀州投奔韓馥去了，而董卓果然派人捕抓袁紹。
所幸當時有侍中周毖、城門校尉伍瓊、議郎何颙等人，這群人都是袁紹年少時結交的死黨，這時又見信于董卓，因此他們就在董卓面前替袁紹說話了。他們說：“夫廢立大事，非常人所及。紹不達大體，恐懼故出奔，非有他志也。今購之急，勢必為變。袁氏樹恩四世，門世故吏遍于天下，若收豪杰以聚徒眾，英雄因之而起，則山東非公之有也。不如赦之，拜一郡守，則紹喜于免罪，必無患矣。”（《三國志·董二袁劉傳》）大意是說袁紹因為害怕廢立這等大事因此出逃，別無他意，董卓若逼急了反而不好，畢竟袁紹是名家之后，倒不如赦免他，封個小官。董卓一聽，倒也覺得有點道理，因此聽從了眾名士的建議，拜袁紹為渤海太守，封邟鄉侯。
這之后，袁術和曹操也因為不想參與董卓的廢帝，紛紛出逃。袁術逃往南陽張咨處，而曹操則逃往陳留張邈處。董卓剛執政時，周毖和伍瓊就向董卓提出了一個方案：將京內的官員外派到重要州郡擔任長官以加強地方控制。隨著這個方案上交的是一份名單，這其中就包括了尚書韓馥、騎都尉張邈、穎川名士張咨等人。隨后韓馥去了冀州，張邈去了陳留，而張咨則去了南陽。然后看看袁紹三人出逃的地方，都是這一伙人掌管的地界。而三人出逃以后，不久一眾地方官就紛紛舉起討董旗幟來，組成了龐大的討董聯盟。有人根據這樣一個線索，認為自從董卓剛執政時，袁紹等人就制定出了一個大陰謀。誠然，這只是一個猜測，畢竟后來聯盟軍之間的互相猜忌難以讓人相信他們之間曾經有如此堅定的共同目標。
有志之士盡皆出逃，而董卓仍舊繼續著他的廢帝陰謀。他召集了一批大臣，對他們說：“大者天地，次者君臣，所以為治。今皇帝暗弱，不可以奉宗廟，為天下主。欲依伊尹、霍光故事，立陳留王，何如？”（《獻帝紀》）當初太甲荒亂，伊尹放之，劉賀無度，霍光廢之，皆是罷得有理有據的。現如今，漢少帝劉辯剛即位不久，都還沒做什么，何談混亂無度？而董卓是什么人？無賢之人。無賢之人想效仿先賢，猶如東施學西施，自然是不會有人去稱美的。所以董卓想廢少帝，在眾臣看來，自然是野蠻任性之事。
天下換主，是不得已而為之的事，只是董卓蠻橫，擺明著廢帝之事是必然要做的，跟大臣議論不過走走形式，給大家一個面子而已，因此大臣們都不敢回應他。董卓見無人回應，更加大聲地說：“昔霍光定策，延年按劍。有敢沮大議，皆以軍法從之！”（《后漢書·董卓傳》）厲聲至此，大臣更懼，為求自保只得唯唯諾諾，任由董卓蠻橫而行。只是漢室雖敗，也有正直之臣，這時就有人站出來反對了。
“案尚書太甲既立不明，伊尹放之桐宮。昌邑王立二十七日，罪過千馀，故霍光廢之。今上富于春秋，行未有失，非前事之比也。”（《獻帝紀》）這話是盧植說的。董卓想不到還有不明局面之人敢出來頂撞他，因此大怒，會議不歡而散。事后，董卓想殺了盧植，幸得侍中蔡邕苦苦相勸，得免。盧植被罷官，逃到上谷，從此隱居不問世事。
董卓廢帝之事不會就此罷休，因此他又集合百官，對百官說：“太后逼迫永樂太后，令以憂死，逆婦姑之禮，無孝順之節。天子幼質，軟弱不君。昔伊尹放太甲，霍光廢昌邑，著在典籍，僉以為善。今太后宜如太甲，皇帝宜如昌邑。陳留王仁孝，宜即尊皇祚。”（《獻帝紀》）董卓當初被盧植反問了一口，所以這次將何太后毒死王美人的往事也拿出來作為廢帝的依據了。盧植走了，這次沒人出來反對董卓了，董卓順了意，廢掉了何太后和漢少帝，立陳留王劉協為帝，是為漢獻帝，時為公元189年。
董卓在軍事上或許有點謀略，然而到了政治上就成了一個“草包”。呂思勉在《三國史話》里也說了，董卓是個不懂政治的人，剛一上政治舞臺，頭一件事就是廢帝，可知無故廢立該做好接受多大攻擊的準備。就是忠臣要廢皇帝，都不敢輕易為之，何況是奸雄。倘若勢力不穩，一上來就被人抓住了那么大的辮子，那倒臺并不是一件難事了，畢竟，“哪有一入手便先做一件受人攻擊之事的呢？”
也許是過于自信，也許是這樣的一個行動的影響有多么巨大董卓真的渾然不知，但他畢竟是做出了這樣的一個事件，從此走上了一條不歸路。當時的少帝劉辯僅僅是個小孩子，但是董卓真是一個十足的“大膽行動派”，他竟然就這么生生地給少帝胡亂安上了幾個罪名就把少帝給廢了，同時還驅逐了當時在朝中極有名望的另一個“草包”袁紹，不得不說董卓這個人是有著相當的實力與膽魄的。但是正如呂思勉先生所說，在這種情形之下，董卓做出的這個廢帝的選擇跟袁紹讓何進做出的選擇其實沒有什么本質上的區別，確確實實是昏招中的昏招。
如果董卓進京之后，能夠擺出一副穩定大局的偽善嘴臉，迅速地穩定住當時京內的局勢，先換得一個振興漢室，應詔勤王的美名。在這之后在京內慢慢培植自己的勢力，將這個過程緩緩推進，可以說劉家天下變成董家天下也不是不可能的事情。但是歷史畢竟不允許假設，董卓已經做出了不能挽回的決定，他廢黜了一個本不該被廢黜的皇帝，把自己一下子擺在了朝廷大臣和整個的殘存外戚集團的對立面，過于信任自己的實力，最終卻導致了整個奪權計劃的破產，導致了霸業的最終失敗。
董卓是歷史上少有的以殘暴為性格特點的一個人物。董卓廢帝只是他做的眾多倒行逆施之事中的其一，若要數起他的罪行，那自然可自成一篇，罄竹難書了，而這之上記載的每一個故事都標志著一個守邊英雄向一個“國賊”“魔王”的完全蛻變。