在李克用與葛從周對陣之際，跋扈囂張的李茂貞二次興兵犯闕！前文已講過，自李克用討王行瑜后，屯兵渭水北。李茂貞與韓建懼怕李克用，便向唐昭宗謝罪，事朝廷禮甚恭。可沒想到李克用剛走，李茂貞就立即絕了朝貢，向朝廷上表也多傲慢無禮之詞。
唐昭宗自石門還長安后，為護衛(wèi)京師，于神策兩軍之外，增募兵萬馀人，使諸王為將。李茂貞就以此為借口，向其兵士說皇帝要討伐鳳翔；揚言欲詣闕訟冤；京師士民聽說后驚嚇的爭相逃離出城，藏匿在山谷之間。唐昭宗急忙命令通王李滋和覃王李嗣周、延王李戒丕分別帶領各軍，護衛(wèi)京師一帶。李戒丕前進到三橋駐軍。可沒想到這更給了李茂貞口實。李茂貞向朝廷上表說：“延王李戒丕無緣無故地發(fā)動軍隊欲討伐臣，是以臣要帶兵入朝請罪。”唐昭宗大驚，急忙派使者前往河東告急。不久，李茂貞就帶軍逼近京畿，在婁館一戰(zhàn)大敗覃王李嗣周的軍隊。
七月，李茂貞向長安進軍。延王李戒丕對唐昭宗說道：“如今關中藩鎮(zhèn)無可依者，陛下不若自鄜州濟河，幸河東。臣請先派使者前往告之。“李曄心知忠于皇室者，莫過李克用，便采納其言。當皇帝一眾行進到渭北時，忽然遇到了韓建的兒子韓從允。
韓從允帶來父親的奏表，希望皇帝能出幸華州。李曄心想韓建亦曾興兵犯闕，偏偏在這時讓我前去其地，不知安的什么心，還是不去的好，便拒絕了，于是繼續(xù)向河東行進。沒想到在李曄到達富平時，韓建竟然親自來請。他對皇帝跪拜后，涕泣道：“如今藩臣跋扈者，非止茂貞一人。陛下若輕離宗廟園陵，遠巡邊鄙，臣恐車駕濟河后，無復還期。華州兵力雖微，控帶關輔，亦足自固。臣聚糧練兵，十五年矣，又西距長安不遠，愿陛下臨之，以圖興復。“李曄的一眾從官本來都因河東路遠而不太愿去，都紛紛勸說皇帝不如去華州。李曄見眾情如此，韓建所言也的確很誠懇，便答應了韓建，隨他一同到達了華州。而那李茂貞就順勢入了長安，大肆放火搞破壞，以抒己之怒氣。自唐僖宗中和年間以來所修葺的宮室、市肆，焚燒俱盡。在華州，宰相諸臣都畏懼韓建，不敢專決政事。韓建還移檄諸道，令他們都輸資糧送往皇帝所在之處。
李克用自魏博回師河東后，才得知皇帝已派使者前來告急。后來聽說皇帝本欲來河東，最終被韓建誆了去，大為嘆恨！說道：“去歲若陛下若聽吾言，豈有今日之患！“又嘆道：“陛下果來河東，吾得以天子之令號召諸藩鎮(zhèn)一同勤王討賊，屆時定可重振大唐！可惜了！那韓建乃一癡物，幫賊臣削弱帝室，不為李茂貞所擒，則為朱溫所虜耳！“八月時，李克用傳檄諸道，望各藩鎮(zhèn)能同自己一起，舉兵勤王，討滅國賊李茂貞。淮南楊行密也派人向皇帝密呈奏表，希望唐昭宗遷都江淮。蜀地王建則希望天子能夠幸蜀。
唐昭宗憤李茂貞之逼，欲大集兵力討之，便以王建為鳳翔西面行營招討使。十月時又以孫偓為總招討使。李茂貞知這次玩的大了，惹惱了不少強藩，怕成眾矢之的，便上表請罪，希望天子能給個自新的機會，并生成愿獻錢幫助重新修建宮室。韓建表面上是救天子于危難，實則是想挾之以令諸侯，他暗中還在與李茂貞勾結。因為韓建以李茂貞為強援，若李茂貞敗滅，自己勢孤，將有唇亡齒寒之危。天子在韓建左右之下，最終未能出師。
韓建想進一步掌控唐昭宗，屢屢上奏請罷諸王將兵，散去殿后諸軍，李曄不回復。因來到華州后，李曄獨有殿后軍（令諸王分將）以及都將李筠的千馀兵為護衛(wèi)。如此一來，自己必將成為韓建的籠中玩物，太開始深深的后悔自己當初沒有去河東。這日，唐昭宗請諸王與韓建等一眾群臣飲酒。酒酣，李曄心悲思歸，歌自己所制《菩薩蠻》，諸王皆和之。歌至“野煙生碧樹，陌上行人去。安得有英雄，迎歸大內中？”時，李曄哭，諸王亦哭。群臣皆泣下沾襟。韓建聽出歌詞中意，知天子不樂為自己所制，大為惱怒。
897年正月初八，韓建的一封奏表讓皇帝大為心驚。其中言道：“防城將張行思等告睦、濟、韶、通、彭、韓、儀、陳八王密謀殺臣，欲劫車駕幸河中。“因韓建忌憚諸王典兵，所以使張行思誣告他們。皇帝欲召韓建商議此事，韓建竟然拒絕。不久后，韓建又上表稱：“諸王當自避嫌疑，不可輕為舉措。且殿后軍所聚皆坊市無賴奸猾之徒，平居猶思禍變，臨難必不為用，而使之張弓挾刃，密邇皇輿，臣竊寒心。陛下若以友愛含容，請依舊制，遣散諸王之兵，令諸王歸十六宅，選師傅教以詩書，不令典兵預政。“
李曄是又怒又怕，但自己在韓建股掌之中，怎能奈何得了他？還未想好如何處置時，韓建忽然率領引麾下精兵將皇帝行宮團團包圍，說道“李筠要謀反，臣是以帶兵來護駕。”前番韓建與李茂貞、王行瑜興兵犯闕，捧日都頭李筠護駕與扈從功俱稱第一，李曄最引以為信重，因此韓建極為忌之，必欲除掉。此時李曄的心情極為凄涼。韓建如此相逼，怎容自己不從？他流淚與李筠告別，李筠被送到了韓建手里。在李筠被殺后，其一千余兵亦散去。當韓建使諸王歸宅的奏表再次送來時，李曄如割心頭肉般，不得已下詔將諸王所領軍士縱歸田里，諸王歸十六宅，其兵器盔甲全部歸韓建掌管。從此天子身旁再無自己的一兵一卒來護衛(wèi)。皇帝孤身被韓建牢牢掌控！此時貴為天子的李曄心境低落到了極點，自己不但號令不了天下，反而要聽命于強臣！韓建幽禁諸王于別第后，自然知道李曄不高興。他又奏請李曄立其長子德王李裕為太子，皇帝只得又一次依從其請。韓建自此便更加親近李裕，以進一步實現自己更大的野心！