劫遷皇帝在即，朱溫開始清除異己。他聽說已致仕的張濬居住在洛陽長水，王師范之舉兵，張濬參與其謀。朱溫心說道“當年你為我煽動藩鎮討伐李克用，劃策滅韓建，我對你甚是感激。可為何后來我圍鳳翔時竟煽動藩鎮討伐我？還勸王師范舉兵？與我作對，那你可就別怪我不念舊情了！”朱溫要奪唐社稷，怕張濬再次扇動藩鎮，便令洛陽張全義除之。張全義就遣牙將楊麟帶兵偽裝為劫盜，包圍張濬的別墅后將其殺掉。
904正月，朱溫又上表說崔胤專權亂國，離間君臣，還有其黨與六軍諸衛副使鄭元規、威遠軍使陳班等，皆請誅之。唐昭宗不得已貶崔胤太子少傅，鄭元規、陳班也都貶官。后來又下詔列崔胤罪狀，遣散了崔胤的所募兵。但這豈能讓朱溫滿意？心說你不殺他老子殺他！朱溫密令宿衛都指揮使朱友諒帶兵包圍崔胤宅邸，殺崔胤及鄭元規、陳班以及崔胤所親厚者數人。崔胤之死，大快人心。市人都一邊謾罵、一邊爭投瓦礫以擊崔胤尸體。
異己已除，朱溫決議劫遷天子。他派使者上表，言道“陛下，鳳翔賊來犯，我已令張全義盡快修繕東都宮室，為了陛下安全，還請移駕洛陽?！碧普炎谌f念俱灰，滿心凄涼，在朱友諒的催促下，不得不開始東行。士民先被驅趕前行，號哭滿路，罵道：“賊臣崔胤召朱溫來傾覆社稷，使我曹流離至此！“扶老攜幼、魚貫而行，一個多月都沒間斷。
正月下旬，車駕從長安出發，朱溫以其將張廷范為御營使，將長安宮室、百司及民間廬舍全部毀壞，取其材木，浮渭河而下，長安自此成為一片丘墟。朱溫征調河南、北諸鎮丁匠數萬，令張全義修治東都宮室，江、浙、湖、嶺諸鎮附于朱溫的，都輸貨財以助。
月末車駕到達華州，百姓夾道呼萬歲，李曄哭泣著說道：“勿呼萬歲，朕已不再是你們的主了！“晚上在興德宮留宿，李曄對侍臣道：“俗話說‘紇干山頭凍殺雀，何不飛去生處樂。’朕今漂泊，不知將流落到何方！“言畢泣下沾襟，左右之人也都傷感唏噓，難以仰視。
二月初十，車駕到陜州，李曄以東都宮室未成為由，停留于陜。暗中派使者以御札告難于王建，為其晉爵為蜀王，令其出兵勤王。王建就派王宗祐帶兵前往，欲會和鳳翔兵共迎車駕，但到達興平時，遇汴兵阻路，不得進而還。
三月上旬，朱溫親自前來朝見，李曄使朱溫兼判左、右神策及六軍諸衛事。數日后，朱溫與李曄辭別，說自己要先赴洛陽監督修宮室。李曄便與群臣共宴以為朱溫送行。半酣，李曄假裝自己鞋帶脫了，呼朱溫道：“愛卿可否為朕系鞋。”朱溫不得已，戰戰兢兢的跪在李曄腳錢為其結帶，汗流浹背。
原來宴前李曄已與身邊的數名衛士謀劃好，以系鞋為號，擒殺朱溫。然而此時李曄向他們使眼色，目光三動，這幾個衛士竟因畏懼朱溫之勢，無一動者。
李曄內心暗暗的憤惋。此計不成，他又生一計。宴罷后，李曄獨留朱溫與朱友恭飲酒。數杯后，何皇后突然起身外出，回來時親自捧著玉卮為朱溫敬酒。朱友恭發現晉國夫人（名為可證）這時貼到李曄耳旁微聲細語。朱友恭察覺出異樣，怕是李曄要暗算朱溫，恐是酒有毒，趕忙暗中踩朱溫之足，朱溫便佯裝已醉，難以再飲，速速退出。獨留李曄與何后悵恨嘆息而已。李曄嘆道：“自己縱有英銳之氣，奈衰運不振何？左右又無忠義可使之人，哎，恐大唐國祚終將亡于我手！”
朱溫走后，李曄又暗中派使者拿著自己親自手寫的絲絹去見李克用、王建、楊行密等。上面寫道：“朕一到洛陽，必為賊所幽閉，到時詔敕皆出其手，朕意不復得通，愛卿若體朕情懷，心系我唐，望聯合諸藩鎮以圖匡復！“
四月時，朱溫上表奏道洛陽宮室已成，請車駕早發，表章接連不斷。而李曄則派晉國夫人可證來傳詔，對朱溫說皇后剛產子，不便立即就路，請等到十月再東行。朱溫懷疑李曄徘徊不前，可能有密謀，在等待什么變故。他很是惱怒，對牙將寇彥卿道：“汝速至陜州，即日催促皇帝起駕。“在寇彥卿的催促下，車駕不得不從陜州出發。
數日后，朱溫在新安迎接車駕。朱溫懷疑上次宴會是有人謀劃殺己，于是令醫官許昭遠誣告醫官閻祐之、司天監王墀、內都知韋周、以及晉國夫人可證等謀害自己，將他們全部收捕殺掉。這一天原本晴朗的天空忽然變得晦暗，風沙大作，暴雨如注，雨水雜塵土而下，數步之外不辨人物。
自崔胤死后，帝之六軍全部逃散，身邊所剩的僅有侍衛、供奉、內園小兒共二百余人，跟隨李曄東行。朱溫對他們也不放心，為他們設食于一處，又將他們全部殺掉。而朱溫早已選好二百余人身材、狀貌與他們相似的，使穿上他們的衣服，代替他們作為皇帝的侍者。整日借酒消愁的李曄好幾天才覺察出來，自此皇帝左右供調遣、傳令、侍奉的人全部都是朱溫的人了。李曄被朱溫嚴密把控了起來。
車駕進入洛陽宮殿，李曄登御座，受百官朝拜，大赦天下。朱溫使皇帝下詔以蔣玄暉為樞密使，張廷范為金吾將軍、朱友恭為左龍武統軍，保大節度使氏叔琮為右龍武統軍，擔負皇帝的宿衛之職，這幾人都是朱溫的腹心。自謂功大，厚顏不慚的朱溫還令官員上奏：“西京舊有凌煙閣，圖畫功臣，今遷都洛陽，合議修建。副將軍梁王勛庸冠世，請在凌煙閣之側別創一閣，以表殊勛?！碧普炎谥坏寐爮模瑸橹鞙鬲毥艘还Τ奸w。朱溫還命改魏博鎮為天雄軍，使唐昭宗為深附于己的天雄節度使羅紹威晉爵為鄴王，之后下詔討伐李茂貞、楊崇本。