中平二年公元一八五年，春季正月，全漢發生瘟疫。自從張角作亂開始，各地百姓紛紛起事叛亂，特別是黃河以北山區一帶，張燕率領黑山軍，數量高達百萬，那一帶郡縣都受到張燕的威脅，朝廷沒有能力派兵圍剿，只得按照張燕的要求而和談解決，任命張燕為平難中郎將。讓他管理黃河以北山區的行政和治安事務。

這時邊章在涼州地區又發生叛亂，官府為了籌集征伐的軍費而時常增加賦稅。秋季七月，三輔地區螟蟲成災。西部的羌族叛軍已攻打到河東郡，威脅到京都洛陽的安全，形勢十分嚴重，而前往平叛的車騎將軍張溫孤立無援，戰場情況十分緊張。諫議大夫劉陶上奏陳述目前亟得處理的八件事情，這八件要事的主旨是指出天下之所以大亂，都是由宦官引起。宦官們一并向靈帝誣陷劉陶，靈帝竟然下令抓捕劉陶下獄，接受審訊，劉陶悲憤絕望，閉氣自殺身亡。靈帝在西園修建萬金堂，將大司農所管國庫中的金銀銅錢和綢緞等都搬到萬金堂中，堆得滿滿當當。靈帝還將錢存放在小黃門、中常侍的家中，每家各存數千萬，并在他當皇帝之前的封地河間購買田地，建筑住宅。

中平三年公元一八六年，春季二月，江夏軍吏趙慈聚眾叛亂，乘船北上，襲殺南陽太守秦頡，黃忠率兵反擊趙慈，將其打散，逐出南陽，打回江夏。夏季六月，荊州刺史王敏下令討伐趙慈，黃忠受任軍司馬，奉命率部南征，帶領一千軍士，分乘十條戰船，從宛城淯水向南進發，直抵江夏郡治西陵，會同王敏發動進攻，奪下西陵，擒斬趙慈，平息了長達半年的叛亂。

冬季十月，武陵蠻族發生叛亂，由武陵郡的官兵將他們鎮壓下去。十二月，鮮卑進犯幽州并州。

中平四年公元一八七年冬季十月，區星在長沙起兵造反，自稱將軍，擁眾一萬余人，攻城圍邑，氣焰漲天。同時周朝在零陵擁眾起事，郭石在桂陽集兵作亂，與長沙區星遙相呼應，聯結為援。荊州刺史王叡抽調各郡的兵力前往征討，朝廷詔令孫堅為長沙太守，率部配合討伐區星。黃忠奉命率部南下，先到長沙會見王叡，受命截擊長沙南路，防止零陵的援兵。

雙方激戰了一個月，區星賊眾全線潰敗。他只帶幾名親兵，乘著夜色騎馬從長沙愴惶向南逃跑，一路飛奔，準備與周朝、郭石會合。黎明時分，他發現前面軍營聳立，戰旗飄揚，趕緊換上平民服裝，企圖蒙混過關。黃忠親帶一班軍士在路口盤查，看見有人路過，隨即擺手示意，區星只得下馬，接受盤問。黃忠發現他的神情不定，眼神驚慌，斷定他的身份有詐，當即厲聲問道：“你們從哪里來？要往哪里去？”區星故作鎮定地回答：“我們都是客商，來自豫章，要到蒼梧做生意，路過貴地，請行個方便?！秉S忠目光銳利，語氣鄭重地說道：“長沙一帶地方，匪兵四處橫行，殺人越貨，現在官兵正在討伐，商旅早已斷絕，你們豈能順利來到這里？”區星忙說：“我們來時并不知道這里發生戰亂，看見有軍營兵馬，就繞到這里來了?！秉S忠斷然喝道：“你想去零陵是吧？”區星失口答道：“正是。”黃忠冷笑一聲：“零陵遍地都是周朝的匪兵。”區星信口答道：“我去那里不會發生危險?！闭f完，自覺失言，神色驚慌地說：“既然前有匪兵，那我們回去吧，看來這次生意做不成了?！闭f著撥馬就走。黃忠快步攔在馬前說：“你們形跡實在可疑，我奉命在此嚴查亡匪，不能輕易放行，麻煩你們到營里核實一下確切身份?！眳^星拍馬逃跑，親兵同時分散飛奔，黃忠快步上前，一把將區星扯下馬來，軍士將他捆綁擒獲。另幾個親兵也被其他軍士分別押來。經過審問，認定他正是叛首區星。黃忠將他押送到王叡的軍營。

長沙叛亂平定以后，黃忠奔赴零陵，在攻打周朝叛軍的戰場上，黃忠帶領鐵騎沖入敵陣，殺得賊兵四散逃奔，周朝騎馬逃出陣外，在喊殺聲中，嚇得暈頭轉向，慌不擇路向山野農田逃竄。黃忠得知他就是匪首周朝，單騎出陣追擊。這時天色已經昏暗，兩馬相距一里路程，黃忠趕到三岔路口，前面的身影消失了，他發現小路上有一溜馬蹄印，斷定周朝從小路逃跑了，于是他就借著月色星光順路追尋。

黃忠來到偏僻的地帶，前面出現一個小村，馬蹄印看不見了，他想到周朝人困馬乏，天氣寒冷，必定在村里留宿竭息，于是下馬叩門。一個老漢開門一看，面前站著一個穿甲佩劍的將官，大吃一驚。黃忠忙說：“我是官府的甲士，奉命來攻打反賊，正在追捕周朝，他騎馬逃在這里，特向老伯打聽情況。”老漢聽后非常高興地說：“官軍來到這里平叛，是百姓的福份啊”隨即向他提供線索，說周朝躲進里長家中。黃忠在老漢的指點下，悄悄來到里長門前，一步跨進正堂。周朝還沒有睡著，看見黃忠找上門來，急忙按劍而起。黃忠手起一劍，將周朝寶劍迸飛墻下，當場將他生擒捆綁，將那匹馬贈給老農，押著周朝返回大營。賊首被擒以后，零陵叛亂迅速平定。

黃忠跟隨王叡東向桂陽，攻克郡治耒陽，擊斬郭石，收降叛眾。于是長沙、零陵，桂陽三郡全部平定。

冬季十二月，匈奴屠各部落造反作亂。這一年靈帝開始出賣關內侯爵位，價格為五百萬錢。