夏天四月，司隸校尉傅抗下獄死。隗囂進攻來歙，不能攻陷城池。閏月，光武帝親自討伐隗囂，河西大將軍竇融率領五郡太守與車駕相會于高平。隴右潰敗，隗囂逃到西城，派遣大司馬吳漢、征南大將軍岑彭圍困了西城；車駕進抵上邽，敵軍不降，命虎牙大將軍蓋延、建威大將軍耿弇攻打敵軍。潁川盜賊侵占屬縣，河東郡的守軍也叛變了，京師騷動。

秋天，發大水。八月，光武帝從上邽日夜東進。九月初一，光武帝車駕回到洛陽宮中。六日，光武帝親自征討潁川盜賊，盜賊全部投降了。安丘侯張步叛逃回瑯邪，瑯邪太守陳俊征討并俘獲了他。二十四日，光武帝從潁川回到京師。

冬天十月二十二日，光武帝駕臨懷縣。十一月二日，他從懷縣回到京師。

公孫述派兵援救隗囂，吳漢、蓋延等回到長安駐扎。天水、隴西重又叛變歸順隗囂。

十二月，高句麗王派使者進貢。這一年天下鬧大水。

九年春天正月，隗囂病死，他的將領王元、周宗又擁立隗囂的兒子隗純為王。遷移雁門郡吏民到太原。

三月某日，光武帝初次設置青巾左校尉官。公孫述派遣將軍田戎、任滿據守荊門。

夏天六月六日，光武帝駕臨緱氏，登上轘轅山。后來，他派遣大司馬吳漢率四位將軍打敗盧芳的將領賈覽于高柳，戰斗不利。

秋天八月，光武帝派遣中郎將來歙監督征西大將軍馮異等五位將軍討伐隗純于天水。

驃騎大將軍杜茂與賈覽在繁畤交戰，杜茂戰敗。這一年，撤銷關都尉，重新設置護羌校尉官。

十年春正月，大司馬吳漢率領捕虜將軍王霸等五位將軍進攻賈覽于高柳，匈奴派騎兵援救賈覽，眾將領同他們交戰，擊退了他們。光武帝修理長安的高廟。

夏天，征西大將軍馮異打敗公孫述將領趙匡于天水，斬殺了他。后來征西大將軍馮異病死。

秋天八月二十五日，光武帝駕臨長安，祭祀高廟，于是又祭十一陵。二十四日，光武帝進而駕臨汧縣。隗囂將領高峻投降。

冬十月，中郎將來歙等人大敗隗純于落門，隗純的將領王元逃往蜀地，隗純與周宗投降，隴右平定。

先零羌人侵犯金城、隴西，來歙率領眾將進攻羌人于五溪，大敗羌人。

十七日，光武帝車駕回到洛陽宮中。這一年，撤銷定襄郡，遷移該郡百姓到西河。泗水王劉歙死了，淄川王劉終死了。

十一年春天二月八日，光武帝詔書說：“天地之性以人為貴。殺害奴婢的人，不許減罪。”

三月九日，光武帝駕臨南陽；返回的路上，駕臨章陵，祭祀園陵。城陽王劉祉死了。三十日，車駕回到洛陽宮中。

閏月，征南大將軍岑彭率領三位將軍與公孫述將領田戎、任滿交戰于荊門，大敗他們，俘獲了任滿。威虜將軍馮駿圍困田戎于江州，岑彭率領水軍征伐公孫述，平定巴郡。

夏四月二十八日，光武帝撤銷大司徒司直官職務。先零羌人侵犯臨洮。

六月，中郎將來歙率領揚武將軍馬成在下辯打敗公孫述的將領王元、環安。環安派遣刺客刺殺了中郎將來歙。光武帝親自率軍征討公孫述。秋天七月，漢軍臨時駐扎長安。八月，岑彭在黃石擊敗公孫述的將領侯丹。輔威將軍臧宮與公孫述將領延岑在沈水交戰，大敗岑軍。王元投降。車駕從長安回到洛陽。

二十六日，光武帝詔書說：“敢于燒灼奴婢的人，按法律論罪。赦免被燒灼的人為平民。”

冬天十月某一天，光武帝下詔廢除奴婢射傷人要棄市的律令。

公孫述派刺客刺殺了征南大將軍岑彭。馬成平定武都，依靠隴西太守馬援擊敗先零羌，將羌人分別遷到天水、隴西、扶風三郡。十二月，大司馬吳漢率領水軍討伐公孫述。

這一年，撤銷朔方牧，并入并州。初次停止州牧親自進京奏事。

十二月春正月，大司馬吳漢與公孫述將領史興在吳漢交戰，斬了他。

三月九日，光武帝詔命隴、蜀百姓被賣為奴婢而自己到官府鳴冤的人，以及獄官未處理的，一律免為平民。

夏天，甘露降于南行唐。六月，黃龍出現在東阿。

秋七月，威虜將軍馮駿攻取江州，俘獲田戎。九月，吳漢在廣都大敗公孫述的將領謝豐，斬了他。輔威將軍臧宮奪取涪城，斬了公孫恢。大司空李通被罷免。

冬天十一月十八日，吳漢、臧宮與公孫述在成都交戰，大敗述軍。公孫述受傷，夜里死去。二十一日，吳漢血洗成都，誅滅公孫述的宗族以及延岑等人。

十二月初一，揚武將軍馬成代理大司空事務。

這一年，九真境外蠻夷人張游率領族人民眾歸附，封為歸漢里君。光武帝撤銷金城郡劃歸隴西。參狼羌侵犯武都，隴西太守馬援討伐并降服了他們。詔命邊地官員力量不足以出戰的就固守，追擊俘虜根據敵情以決定進退，不受逗留法的約束。橫野大將軍王常死了。光武帝派遣驃騎大將軍杜茂率各郡馳刑徒駐屯北方邊疆，建筑亭候，修造烽燧。

十三年春天正月初一，大司徒侯霸死了。二十九日，光武帝詔書說：“往年已敕命郡國，地方特產不用貢獻，現在仍未停止，不僅該有預先飼養選擇的勞頓，還頻頻遞送于路上，使所經過的地方勞擾破費。命令太官不再接受貢品，明確告誡地方，遠方的膳食只用來獻給宗廟，自己應該按照舊規定辦理。”

二月，光武帝派遣捕虜將軍馬武屯守呼沱河以防御匈奴。盧芳從五原逃亡到匈奴。二十七日，光武帝詔書說：“長沙王劉永、真定王劉得，河間王劉邵、中山王劉茂，都襲爵為王，不符合道義。以劉興為臨湘侯，劉得為真定侯，劉邵為樂成侯，劉茂為單父侯。”撤銷劉氏皇族及原封國而后代封侯的共計一百三十七人。二十八日，光武帝降趙王劉良為趙公，太原王劉章為齊公、魯王劉興為魯公。三月十一日，以殷紹嘉公孔安為宋公，周承休公姬武為衛公。兼并西京十三國：廣平國屬鉅鹿，真定國屬常山，河間國屬信都，城陽國屬瑯邪，泗水國屬廣陵，淄水國屬高密，膠東國屬北海，六安國屬廬江，廣陽國屬上谷。

三月十二日，沛郡太守韓歆為大司徒。十七日，代理大司空事務的馬成被免職。

夏四月，大司馬吳漢從蜀地返回京師，光武帝于是大宴將士，并普遍慰勞將士，以策書記錄下他們的功勛。功臣增加食邑重新封拜，有三百六十五人。因外戚恩澤受封的人有四十五人。廢除左右將軍官。建威大將軍耿弇被罷免。

益州傳送來公孫述的瞽師、用于郊廟禮儀的樂器、葆車、輿輦，于是皇帝的車馬儀仗才開始齊備。當時戰爭已經停息，天下很少有戰事，公文的往來和差役的調遣，全都力求從簡從少，以至于僅有過去的十分之一。

二十六日，光武帝以冀州牧竇融為大司空。五月，匈奴侵犯河東。秋七月，廣漢境外的白馬羌首領率領他的族人歸附。九月，日南境外蠻夷進貢白雞、白兔。

冬天十二月三十日，光武帝詔命益州百姓自建武八年以來被略賣為奴婢的人，全部釋放為平民；有依附他人為妾的，愿意離去，聽任離去；敢于扣留不放的，按照青、徐二州的前例以略人法處置。重新設置金城郡。

十四年春正月，光武帝建起南宮前殿。匈奴派遣使者進貢，命中郎將報聘。

夏天四月二十九日，封孔子后人孔志為褒城侯。越巂人任貴自稱太守，派遣使者上報民戶簿籍。秋九月，平城人賈丹殺死盧芳將領尹由來歸降。這一年，會稽郡鬧瘟疫。莎車國、鄯善國派遣使者進貢。

十二月某一天，詔命益、涼二州奴婢，從建武八年以來向所在地方官提出申訴的人，一律釋放為平民，被賣者無須償還賣身錢。

十五年春天正月二十三日，大司徒韓歆被免職，后自殺。二十九日，有彗星出現在昴星一帶天空。汝南太守歐陽歙為大司徒。建義大將軍吳佑被罷免。二十九日，有彗星出現于營室星區的上空。

二月，光武帝遷徙雁門、代郡、上谷三郡的百姓，安置到常山關、居庸關以東。

早些時候，巴蜀已平定，大司馬吳漢上書請求分封皇子，不被答應，連續幾年反復上奏。三月，光武帝才詔命群臣商議。大司空竇融、固始侯李通、膠東侯賈復、高密侯鄧禹、太常登等的奏議說：“古代諸侯，用來藩衛京師。周代封侯八百，同姓諸姬氏都因此建國，輔佐王室，尊事天子，享國久長，成為后世的典范。所以《詩經》說：‘大開你的領地，成為周王室的輔佐。’漢高祖圣德，君臨天下，也務必親親，分封兄弟和諸子，不違背過去的規定。陛下圣德通貫天地，恢復了劉氏的大統，褒揚宿德，獎勵功勛，和睦九族，功臣和宗室都蒙受封爵，大量授予廣大的封地，有的擁有數縣。現今皇子仰仗天恩，已能穿成人衣冠出入迎拜，陛下恭廉謙讓，有意壓制而不讓論議封爵，群臣百姓無不失望。應當在此盛夏吉時，定下號位，以增廣藩輔，明示親親之道，尊宗廟，重社稷，應古法，合舊規，滿足大家的心愿。臣等請求由大司空送上輿地圖，由太常選擇吉日，安排禮儀。”制書說：“可以這樣辦。”

夏天四月二日，光武帝以太牢祭告宗廟。十一日，派大司空竇融祭告先祖，封皇子劉輔為右翊公，劉英為楚公，劉陽為東海公，劉康為濟南公，劉蒼為東平公，劉延為淮陽公，劉荊為山陽公，劉衡為臨淮公，劉焉為左翊公，劉京為瑯邪公。五月七日，追謚帝兄伯升為齊武公，帝兄仲為魯哀公。

六月二十五日，光武帝重新設置屯騎、長水、射聲三個校尉官；改青巾左校尉為越騎校尉。詔下州郡核實墾田畝數和戶口年齡，并查辦二千石長吏中徇私舞弊的人。冬天十一月初一，大司徒歐陽歙下獄死。十二月二十七日，關內侯戴涉為大司徒。盧芳從匈奴進占高柳。這一年，驃騎大將軍杜茂被免職。虎牙大將軍蓋延死了。

十六年春天二月，交址女子征側造反，占據城邑。三月三十日，發生日食。

秋九月，河南尹張汲以及諸郡太守十余人，由于丈量田地不屬實，都被下獄處死。

郡國大姓以及私人武裝首領、群盜在各地紛紛起兵，在當地攻殺搶劫，殺害長吏。郡縣派兵追擊，軍隊一到他們就逃散，軍隊一走他們又集結在一起。青、徐、幽、冀四州情況尤為嚴重。冬十月，派遣使者到郡國，允許群盜自相揭發，五人共同斬殺一人的，免去他們的罪。官吏即使曾經犯有拖延、回避、放縱的過失，都不追究，允許以討伐盜賊來彌補。州牧、郡太守、縣令、縣長中因治內有盜賊而不去搜捕的，又有因畏懼放棄城池、擅離職守的，都不認為是失職，只按他們現在俘獲盜賊多少來考察政績的優劣，唯獨藏匿盜賊的人才給以治罪。于是官吏們爭相追捕盜賊，盜賊一并瓦解。遷徙盜賊的首領到其他郡，分給土地和糧食，讓他們安心生產。從此以后可以安心放牧牛馬，城門也可以不關閉。盧芳派遣使者來請求投降。十二月某日，封盧芳為代王。

起初，王莽之亂以后，布、帛、金、粟都可以當貨幣用。這一年，開始通行五銖錢。

十七年春正月，趙公劉良死了。二月三十日，發生日食。

夏天四月某日，光武帝巡視南方，皇太子和右翊公劉輔、楚公劉英、東海公劉陽、濟南公劉康、東平公劉蒼隨行，駕臨潁川，進而駕臨葉縣、章陵。五月二十一日，車駕返回洛陽宮中。六月二十九日，臨淮公劉衡死了。秋七月，妖巫李廣等聚眾占據皖城，派遣虎賁中郎將馬援、驃騎將軍段志討伐他們。九月，攻破皖城，斬殺李廣等人。冬天十月十九日，廢皇后郭氏為中山太后，立貴人陰氏為皇后。進封右翊公劉輔為中山王，食常山郡的賦稅。其余九個國公，都依據舊封進爵為王。

二十二日，光武帝駕臨章陵。修繕園廟，祭祀舊居，視察田地房屋，擺酒作樂，頒發賞賜。當時宗室中的女長輩由于酒喝得高興了，互相說道：“文叔小的時候恭謹誠實，待人不殷勤，只是溫和罷了。今天竟能如此！”光武帝聽說后，大笑道：“我治理天下，也想用柔道行事。”于是為舂陵的宗室都建起祠堂。那一年有五只鳳凰出現在潁川郡的郟縣。十二月，從章陵返回京師。這一年，莎車國派遣使者進貢。

十八年春二月，蜀郡守將史歆叛變，派遣大司馬吳漢率領二位將軍討伐，包圍了成都。

某一天，光武帝巡視西方，駕臨長安。三月某一天，祭祀高廟，于是逐一祭拜十一陵。經過馮翊郡界，進而駕臨蒲坂，祭祀后土。夏天四月十四日，車駕返回洛陽宮中。

十五日，光武帝詔書說：“當今邊郡偷盜糧食五十斛，論罪可判處死刑，廢除此法，處理和內郡相同。”派遣伏波將軍馬援率領樓船將軍段志等進攻交址征側等人。

二十五日，光武帝駕臨河內。二十九日，從河內回到京師。五月，發生旱災。盧芳重新逃入匈奴。

秋七月，吳漢攻取成都，斬了史歆等人。某一天，赦免益州轄區犯殊死罪以下的罪徒。

冬天十月二十四日，光武帝駕臨宜成。回來的路上，祭祀了章陵。十二月十日，車駕回到宮中。這一年，廢除州牧官，改設刺史。

十九年春天正月十五日，追尊孝宣皇帝為中宗。開始祭祀昭帝、元帝于太廟，祭祀成帝、哀帝、平帝于長安，祭祀舂陵節侯以下四世于章陵。

妖巫單臣、傅鎮等造反，占據原武，派遣太中大夫臧宮圍攻他們。夏天四月，臧宮奪取原武，殺了單臣、傅鎮等人。

伏波將軍馬援擊敗交址賊，殺了征側等人。接著擊敗九真賊都陽等人，降服了他們。

閏月二十五日，進封趙、齊、魯三國公爵為王。

六月二十六日，光武帝詔書說：“《春秋》大義，立皇后的兒子為太子。東海王劉陽是皇后兒子，應該繼承大統。皇太子劉強崇尚謙讓之道，愿意退居藩國地位。父子的情誼，應以不違背兒子的心愿為重。以劉強為東海王，立劉陽為皇太子，改名為劉莊。”

秋九月，光武帝巡視南方。二十一日，駕臨南陽，進而駕臨汝南郡頓縣縣衙，擺酒聚會，賞賜吏民，免征南頓縣田租一年。父老鄉親上前叩頭說：“皇上的父親擔任南頓縣令時間很長，陛下熟悉這個縣衙情況，每次一來就施加厚恩，希望能降恩免征十年的賦稅。”光武帝說：“我享有天下重器，常常害怕不能勝任，過一天算一天，怎么敢預定十年這么遠呢？”吏民又說：“陛下實際上是舍不得，為什么說得這樣謙恭呢？”光武帝大笑，又增免一年。進而駕臨淮陽、梁、沛等地。

西南夷侵犯益州郡，派遣武威將軍劉尚討伐他們。越巂太守任貴謀反。十二月，劉尚襲擊任貴，殺了他。這一年，光武帝重新設置函谷關都尉，并修復西京的宮室。

二十年春天二月十日，光武帝車駕返回宮中。夏天四月三日，大司徒戴涉被下獄處死。大司空竇融被免職。

五月四日，大司馬吳漢死了。匈奴侵犯上黨、天水，直至扶風。

六月十四日，廣漢太守蔡茂為大司徒，太仆朱浮為大司空。十六日，左中郎將劉隆為驃騎將軍，代理大司馬事務。十九日，光武帝改封中山王劉輔為沛王。秋天，東夷韓國人率眾到樂浪郡歸附。

冬天十月，光武帝巡視東方。二十日，進而駕臨魯國，進而駕臨東海、楚、沛等國。

十二月，匈奴侵犯天水。二十八日，光武帝車駕回到宮中。這一年，撤銷五原郡，遷移該郡吏民，安置到河東。免除濟陽縣徭役六年。

二十一年春正月，武威將軍劉尚擊敗益州夷人，平定該地。

夏天四月，安定屬國胡人叛變，屯聚在青山，派遣將兵長史陳訴討伐平定了他們。

秋天，鮮卑侵犯遼東，遼東太守祭肜大敗鮮卑。

冬天十月，派遣伏波將軍馬援出塞攻擊烏桓，未取勝。匈奴侵犯上谷、中山。

這年冬天，鄯善王、車師王等十六國都派遣兒子入侍皇帝，并進獻貢品，請求設置都護。光武帝因國中剛剛安定，顧不上境外的事情，于是送還他們的侍子，給予優厚的賞賜。