仍然對達爾文保持懷疑

然而，盡管支持自然形成的證據這樣有力，對設計的向往還是讓數百萬人懷疑達爾文的正確性。美國的“智慧設計”運動直接源自一派支持宗教重回學校的宗教激進主義者，外加一場狡詐的迂回戰術，想回避美國憲法確立的政教分離原則。它把焦點基本放在設計論上，以求表明：生物復雜的功能安排，不依靠上帝根本無法解釋。2005年，賓夕法尼亞州的法官約翰·瓊斯（John Jones）在“奇茲米勒訴多佛學區案”的判詞中寫道，雖然智慧設計論的支持者“偶爾暗示設計師可能是外星人，或者從時間旅行來的細胞生物學家，但除了上帝之外，他們并未對設計師提出其他嚴肅人選”。多佛地區有一些家長反對學校向孩子傳授“智慧設計”論，也反對學校把這一觀點與達爾文主義相提并論，塔米·奇茲米勒（Tammy Kitzmiller）就是其中一位家長。家長把學區告上法庭，最終推翻了學區的規定。

150多年來，美國的基督教宗教激進主義一直在挑戰學校里的達爾文主義。他們推動州級立法機關制定法律，禁止公立學校傳授進化論，這一傾向在1925年的斯科普斯“猴子審判”中達到高潮。被告約翰·斯科普斯（John Scopes），故意非法教授進化論，好讓公眾關注田納西州的反進化論法案。案子的檢控官是威廉·詹寧斯·布萊恩（William Jennings Bryan），辯護方是克萊倫斯·丹諾（Clarence Darrow），結果是斯科普斯被判有罪，并處100美元的罰款，上訴時辯方找了技術性漏洞才翻盤。有一種甚為流行的說法是，布萊恩的勝利得不償失，因為這讓他顯得無比荒唐，對斯科普斯的處罰也很輕微，但這只不過是沿海城市自由派人士自我安慰的神話罷了。在美國中部腹地，斯科普斯被判有罪，讓批評達爾文的教徒信心大增。宗教激進主義者非但不因遭到譏諷而陷入沉默，反而在斯科普斯一案后揚眉吐氣，繼續把持了數十年教育系統。教科書提到達爾文的進化理論時，態度變得非常謹慎。

直到1968年，美國最高法院才推翻所有禁止在學校傳授進化論的法律。宗教激進主義者轉而教授創世學，這是一門意在為《圣經》中的故事（如諾亞大洪水等）搜羅科學證據的大雜燴。1987年，最高法院下了禁令，規定學校不得傳授創世學，因為它是宗教，不是科學。

這時候，宗教激進主義者又重新發明了所謂“智慧設計”論，重點強調形式最為簡單的阿奎納-佩利設計論。神創論者迅速改寫了教科書《熊貓與人》（Of Pandas and People），為智慧設計論使用與創世學一樣的定義，并將150處“神創”和“創世”字眼，系統性地改為“智慧設計”。但這使書里的一個地方出現了奇怪的拼寫錯誤——“cdesign proponentsists”（正確的拼寫方式應該是“design proponents”，意思是“設計論支持者”），日后，這被稱為兩場運動之間的“缺失環節”。兩種思想流派之間“驚人”的相似之處，是約翰·瓊斯法官認為智慧設計是宗教而非科學的關鍵點。2005年，他否決了多佛學區使用同等時間傳授智慧設計論和進化論的要求。按照教科書《熊貓與人》里的說法，智慧設計論認為物種通過智慧主體突然形成，物種從一開始就具有各自的鮮明特點，比如魚有鰭和鱗，鳥類有羽毛。

2005年，瓊斯所撰寫的長篇判詞，對天鉤做了不可推翻的決定性駁斥，說服力極強，因為它出自一位布什總統任命的基督教徒，在政治立場上偏于保守，又未經科學訓練。瓊斯指出，科學革命拒絕用非自然原因來解釋自然現象，拒絕訴諸權威，拒絕啟示，并支持實驗性證據。他系統地反駁了邁克爾·貝希（Michael Behe）教授提交的證據，貝希是智慧設計論的主要科學證人，為被告作證。貝希在《達爾文的黑匣子》（Darwin’s Black Box）一書及其后發表的論文中，使用兩個主要論點支持智慧設計師的存在：無法化簡的復雜性、零部件的針對性安排。他認為，細菌的鞭毛，受一種極為復雜的分子旋轉馬達的推動，刪除系統中的任何一部分，它將無法運作。同樣地，哺乳動物的血液凝固系統由一連串的演變事件構成，缺失任何一環，其他的就全無意義。免疫系統不僅復雜到了莫名其妙的程度，也不可能用自然形成來解釋。

在多佛審判中，支持演變理論的科學家，如肯尼斯·米勒（Kenneth Miller）等，毫不費力地辯駁了這些觀點，讓法官心滿意足。細菌鞭毛的前身叫作Ⅲ型分泌系統，同樣功能齊全，有著不同的任務，存在于某些有機體當中，很容易改造成螺旋馬達，同時仍部分保留其原有的優勢作用（同樣地，哺乳動物現在用來聽聲音的中耳骨，直接源于早期魚類的一部分頜骨）。鯨魚、海豚的血液凝固級聯系統缺失了一步，河豚缺失三步，但仍然正常運作。用自然自發的觀點來解釋，免疫系統神秘的復雜性也可以一點一滴地產生；除了自然選擇以外，并不需要智慧設計師或者穿越時空而來的遺傳工程師。在庭審過程中，原告向貝希教授展示了58篇經同樣審議的論文和9本關于免疫系統進化的書籍。

至于零部件的有目的安排，瓊斯法官發表了直言不諱的意見：“基于‘零部件顯得像出自有目的的安排’推理出了設計論，這是一種完全主觀的主張，由旁觀者的眼睛以及他在考慮系統復雜性時所持的觀點所決定。”對牛頓、佩利、貝希以及本案涉及的阿奎納，這句話做出了真正的最終裁定。

2000多年前，盧克萊修等伊壁鳩魯派學者似乎已經理解了自然選擇的力量，他們或許是從華麗的西西里哲學家恩培多克勒（Empedocles）（盧克萊修還效法了他的詩歌風格）那里得到這個概念的。恩培多克勒出生于公元前400年前后，他說存活下來的動物“都自然自發地采用了適應的組織形式，而長成其他樣子的動物，要么已經滅絕，要么走向滅絕”。如果恩培多克勒泉下有知的話，這恐怕是他最精彩的設想了，不過，他好像從未對它繼續展開。達爾文重新發現了這一設想。