見到前來請降的劉敬宣，桓玄非常高興，這標志著進京的道路已經暢通無阻了。為了麻痹劉牢之，桓玄舉辦盛大的酒宴款待劉敬宣，還特意搬出自己珍藏的名家書畫，與劉敬宣一同觀看，那情形著實是親密無比。劉敬宣乃實誠人，對這套把戲信以為真，而桓玄的左右都在一旁偷笑。

朝廷的討伐軍統帥司馬元顯，聽說劉牢之倒戈，桓玄軍陸路已到新亭（今江蘇南京市南，臨江依山所筑的軍事要塞）時，連忙離開他住了半個月的“船上賓館”，逃回建康城。

三月三日，司馬元顯壯起膽子，集合守軍，出城布陣于宣陽門外，筑壘防御。此時，中央軍軍心已亂，還沒有見到桓玄軍隊，就出現傳言說：桓玄已經到朱雀橋（在今南京市南秦淮河上，劉禹錫“朱雀橋邊野草花，烏衣巷口夕陽斜”說的就是此處），士兵開始出現逃亡。過了片刻，桓玄軍的前鋒小隊出現，只喊了一聲：放仗（就是繳槍不殺的意思）！中央軍便完全崩潰，四散逃命。

司馬元顯幾乎是孤身騎著一匹馬，倉皇逃進城中。平日里“捧月”的“眾星”，此時差不多跑了個精光，只剩下張法順一個人還在跟著他。巨大的災禍終于降臨，打掉了司馬元顯身上最后的一點兒自信，洗去了他身上所有的華彩，讓他重新回復成一個無助的孩子。恍恍惚惚間，他逃進司馬道子的宅第東府，向父親問計。司馬道子那兩下子還不如兒子呢，能有什么好主意？父子倆只得相對痛哭。

稍后，曾是司馬元顯身邊馬屁軍團骨干之一的從事中郎毛泰，帶著人闖進東府，逮捕司馬元顯，押解到新亭碼頭，綁在拴船的石欄上，當著眾人的面一條條數落他的罪狀。曾經不可一世的會稽王世子此時似乎已神志不清，只是喃喃自語：“我讓張法順害了，我讓王誕（王導的曾孫，曾勸司馬元顯不可殺桓修、桓謙兄弟）害了！”直到此時，他仍然諉過于人，沒有對自己的反省。

毛泰的事說明，這個世界從來都不會缺少墻頭草。三月四日，朝中高官聲稱奉皇帝的旨意，出城迎接慰勞桓玄大軍。桓玄便在眾多高官諂媚的簇擁下，得意揚揚地進入建康。持續了多年的昌明黨與道子黨之爭，至此完全畫上句號，東晉進入了桓玄時代。桓玄當天就廢止了剛剛使用不久的“元興”年號，恢復舊年號為隆安六年。

桓玄當政后的首要大事，當然是給自己和自己人加官晉爵，于是讓司馬德宗下詔：一、任命桓玄為都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧，總理朝政，加黃鉞；二、任命桓玄的哥哥桓偉為荊州刺史；三、任命桓謙為尚書左仆射；四、任命桓修為徐、兗二州刺史，頂替劉牢之掌管北府；五、任命桓石生為江州刺史；六、任命此次立下大功的謀士卞范之為丹陽尹。

除了這幾個自家人，為了顯示新政權具有廣泛的代表性，桓玄也提拔了一批有名望的非嫡系人士，其中頭一個便是王謐。王謐是王導的孫子，他就是當初慷慨解囊，替劉裕還賭債的那位王長史。他在桓玄臨起兵之前，奉朝廷旨意前往荊州傳詔。桓玄認為他家世高貴，又素有清譽，非常適合給自己裝點門面，便把他留下來，殷勤款待，極為禮遇。到此時桓玄掌權，王謐被任命為中書令，也成為新政權中的核心人物。

除了王謐，重要成員還有殷仲文、劉邁、刁逵等。殷仲文，是殷仲堪的堂弟，同時是桓玄的姐夫，原任新安太守。他在得知桓玄起兵時，棄官前往投奔，堅決站在小舅子一邊，與堂哥和司馬元顯劃清界限，因此得到桓玄的賞識。劉邁，曾是殷仲堪帳下參軍，曾得罪過桓玄，等桓玄打進建康，他專程跑來進見。桓玄板起面孔訓斥說：“你還敢來見我，不怕死啊？”劉邁回答：“射小白帶鉤的管仲，斬重耳衣袖的寺人披，再加上我劉邁，正好湊夠三個人，所以自知不死。”桓玄此時心情正好，劉邁這個馬屁拍得又很上檔次，再加上提拔一個無害的舊怨很能收買人心，因此他也得到重用。還有前廣州刺史刁逵，原先進京述職，被桓玄強留收用，現任命為豫州刺史，接替司馬尚之。

論功行賞之后，接下來的事就是懲辦罪人了。三月五日，建康的百姓有機會大開眼界了，一大批平日養尊處優的王公貴族被押赴刑場，砍掉了他們高貴的腦袋：前驃騎大將軍會稽王世子司馬元顯、東海王司馬彥璋（司馬元顯的兒子，元顯只有二十歲，他自然是個幼童），前豫州刺史譙王司馬尚之，前武昌太守庾楷，前廬江太守張法順，前從事中郎毛泰。稍后，司馬元顯的另外五個兒子，可能也全部被誅殺。驃騎長史王誕雖然也是司馬元顯的親信，但因為他曾營救過桓修、桓謙兄弟，被免死，流放嶺南。

作為當今皇帝的叔父，會稽王司馬道子得到一點兒優待，暫時得以免死。他先是被人檢舉：犯有酗酒、不孝的過失，理應斬首。桓玄佯作寬大，將他遷往安成郡（今江西安福縣東南）安置，數月后悄悄遣人將他毒殺。

執掌了晉朝朝廷六年大權的司馬道子父子，至此雙雙斃命，道子黨勢力徹底瓦解。這一年，司馬元顯二十歲，司馬道子三十八歲。客觀地說，司馬道子父子的失敗實屬自作自受，兩個并不適合執掌國柄的紈绔子弟，因為出身而成為朝廷實際掌權人，不論對他們自己，還是對萬千的百姓，都制造了巨大的災難。

關于他們的故事也沒有完全結束。兩年后，桓玄倒臺，已經死去的司馬道子和司馬元顯父子搖身變成了正面楷模，朝廷下詔褒揚說：“故太傅公（司馬道子）如伊尹在世，契闊皇家，論親論賢，世間都無第二人可比。故驃騎大將軍（司馬元顯）則在內總領朝綱，在外宣揚威略，志在蕩平世間的災難，以保護國家社稷。”特追賜司馬道子為丞相，追賜司馬元顯為太尉，并加謚號“忠”。

又過了幾年，一個少年突然出現在建康，他自稱是司馬元顯的兒子司馬秀熙，當年避難蠻中，逃過了桓玄的屠殺。司馬道子的妻子，會稽太妃王氏與他見面，認定是自己的孫子，便請求朝廷讓司馬秀熙繼承會稽王的爵位。

此時，在晉朝朝廷實際掌權的人已是劉裕。表彰司馬道子父子，那是做給別人看的，畢竟死人是無害的。但鑒于司馬元顯在司馬皇族中有過的特殊影響力，劉裕并不希望他真有后人活在世上。于是，一個“調查委員會”很快成立了，并且很快拿出了劉裕最希望得到的調查結果：這個司馬秀熙是一個叫勺藥的奴仆冒充的。這個少年隨即被斬首，王太妃痛哭不已，但再不敢多說一句話。

關于司馬秀熙案的真相，今天已經難以確知，但有一點是可以肯定的：司馬道子一系，斷子絕孫了。