16世紀初，帖木兒的后裔巴布爾系費爾干的統治者，因受到烏茲別克人的攻擊而率軍南下，攻占阿富汗。他以喀布爾為基地，不斷進犯次大陸。1526年，在殲滅了羅第王朝的軍隊并殺死其蘇丹后，占領德里，又征服了次大陸北部地區，奠定了莫臥兒帝國的基礎。

1530年巴布爾死后，其子胡司雍即位，國內分裂。比哈爾總督阿富汗人舍爾汗起兵作亂，趕走胡司雍，建立新王朝。1555年，胡司雍借助于波斯的幫助，從喀布爾出發，進入旁遮普并占領了德里和亞格拉，恢復了王位。

舍爾汗不久死去，由其兒子阿克巴完成重建帝國的任務。阿克巴即位后，首先對次大陸北部各地割據勢力進行討伐，擊敗了各大封建主的反抗。

此后，他極力擴大帝國的版圖，形成南達哥達瓦里河，北抵阿富汗和克什米爾，西起俾路支、信德，東至阿薩姆和孟加拉等廣大疆域的大帝國。其時次大陸只剩下南方還保存一些印度教的小國。