凌云峰禪房中，甄嬛終于決定和相愛的果郡王在一起，二人許下終身之約。
皇帝新寵葉氏入宮后即封為答應，此舉違背祖制，引起后宮其他眾嬪妃的不滿。
皇后不堪后宮眾人的紛紛擾擾，索性稱病躲了起來，弘輝作為皇后的兒子，自然要在皇后宮里侍疾，皇上見皇后此舉，多年來的了解，知道皇后是不耐煩了，遂也流連后宮，倒是平了后宮一番怨氣。
葉氏受寵，若是一般嬪妃自然是歡喜的，可偏偏葉氏不同于常人，整日里悶悶不樂，郁郁寡歡，皇帝也很是不解，葉氏只說自己生平就不愛笑。
御花園中，葉瀾依巧遇果郡王，欣喜不已，并對其吐露心聲，說出自己將永念允禮昔日救命之恩，希望來日報答。果郡王讓葉氏自己珍重。
果郡王允禮奉皇帝旨意出巡滇藏，與甄嬛相約回來后兩人以假死藥出逃。浣碧暗地探訪甄嬛，告訴甄嬛其父在外一直被果郡王派人暗中保護著;但果郡王剛赴滇藏，甄父便傳來病危的消息。
甄嬛明白此舉應為瓜爾佳氏所為，恨自己不能出力，浣碧勸甄嬛一定要保住甄父。
果郡王逾期未歸，甄嬛發現自己有了身孕，欣喜之際卻從浣碧口中得知允禮已慘死他鄉的噩耗。甄嬛有孕，求死不得，為保住腹中允禮的孩子，為復仇雪恨，甄嬛決意設計回宮。
槿汐為促成甄嬛回宮，甘愿自我犧牲，入宮找到皇帝身邊大太監蘇培盛，作其“對食”妻子;蘇培盛深受感動，答應助甄嬛一臂之力。
蘇培盛以為太后祈福為由，請皇帝入甘露寺進香，皇帝欣然前往。甄嬛費盡心機獲得皇帝的注目，加之皇帝本就對其余情未了，兩人迅速復合，甄嬛在寺中侍寢。
“甄嬛竟然敢在寺廟那種地方勾引皇上”欣嬪很不喜歡甄嬛這樣的行為。
“也是皇上的意思，不能全怪甄嬛一個人”皇后倒是不在意，畢竟如果不是皇上愿意，甄嬛即使有百般手段也沒有用。
“太后為此很是生氣，斷不允許甄嬛回宮再侍奉皇上”眉莊一向侍奉太后，自然知道太后的意思。
“且看皇上的意思吧，皇上要是一意孤行，本宮也是攔不住的”皇后知道皇上對甄嬛的執念，那是和對純元一樣的。
“華嬪最近怎么樣了？”
“華嬪這些年養著溫宜，看著倒是不錯，尤其是端妃死了以后，華嬪就更是不錯了”欣嬪倒是挺欣賞華嬪的。
“也罷了，皇上都不在乎，本宮也犯不著為這些事情惹的皇上不滿”皇后不相信皇上不知道端妃是怎么死的“今日就散了吧，來人等甄嬛回了宮，才算是熱鬧呢”
皇帝回宮后，隱瞞與甄嬛私會的消息。不久，甄嬛稱自己懷孕;蘇培盛請來蔣太醫親自為其把脈，蔣太醫是果郡王母親當年安插在后宮里的人，得知了真相，自然鼎力相助。皇帝得知甄嬛懷孕，意欲接甄嬛回宮。皇后聽到甄嬛有孕的消息感到震驚，畢竟甄嬛這也太有本事了，在寺里，只那么一次，便就有了，但是皇后并沒有懷孕這個孩子會不是皇上的，畢竟不是人人都能想到甄嬛敢和果郡王私通。
嬛去探望允禮生母舒太妃，告知自己懷了允禮骨肉，設計回宮是為了給允禮報仇。
皇上決意接甄嬛回宮，太后自然不同意，前朝大臣也不同意，皇上無奈之下，只得給甄嬛改姓，抬旗，封了一個熹妃，前朝這才作罷。
“皇上可真是舍得，為了堵住悠悠眾口，硬是為甄嬛做了這么多”順嬪倒是敢說。
“只要皇上喜歡，又有什么不可以的？”
“這鈕祜祿氏也是真的有心，也不怕壓錯寶，平白得了這么一個女兒”欣嬪一向看不上這種貪圖利益之人。
“不過是幾個旁系生了別的心思，絲毫不影響嫡系的意愿，甄嬛也得不了什么助力”皇后本就看好鈕祜祿氏的嫡女為兒媳，自然是一早就和鈕祜祿的夫人通過氣的。
果郡王逃出準葛爾生還，回宮拜見皇帝，卻被皇帝指派去甘露寺接回新妃。果郡王與甄嬛重逢，大感命運弄人。甄嬛見不能回頭，依舊狠心決定回宮。
果郡王力求一生保護甄嬛周全。甄嬛于甘露寺洗去從前困苦，由果郡王親自接回宮中。
甄嬛回宮后極盡榮寵，住進奢侈的“永壽宮”中。甄嬛偶見葉瀾依，感其特立獨行，同時知道她身份卑微，被人陷害致不能生育。
浣碧也因著甄嬛得寵，有了皇上幾分恩惠，得封一個婉嬪，入主碎玉軒，浣碧不由得更是與甄嬛接近。
甄嬛母女相聚，朧月因故不認生母，甄嬛大感傷心，深怨皇帝。甄嬛與浣碧閑聊宮中事，才知人事大變。太后傳旨召見二人。甄嬛精心設計，言語間承受住了太后的責問，重贏太后歡心。甄嬛在眉莊的陪同下返回宮中，途徑儲秀宮時，險些從轎中跌落。
孕期的甄嬛險些從轎上跌落，浣碧拼死相護;甄嬛發覺所經之路上的六棱石被人換成了長滿青苔的鵝卵石，心知遭人算計，疑心是儲秀宮的祺嬪所為。甄嬛于是告知皇帝不適，皇帝大怒，命蘇培盛徹查此事。
祺嬪裝病邀寵，惹得皇帝不快。甄嬛巧罰祺嬪，贏得太后贊許，在宮中樹立了威望。祺嬪有苦難言，暗恨甄嬛。
敬妃因過于疼愛朧月，對甄嬛回宮后親近朧月的舉動心存妒忌。皇帝為使甄嬛開懷，一意孤行令朧月回到甄嬛身邊，反而使朧月更加不愿接近生母，敬妃疼惜不已。
蘇培盛與槿汐“對食”之事被敬妃揭發，二人被重責罰入慎刑司受苦。甄嬛力保二人未果，不便出面再求。
蘇培盛與槿汐險些雙雙死在了慎刑司中，皇上深感愧疚，將槿汐賜給蘇培盛為妻子，可甄嬛為槿汐的傷更是怨恨皇上，卻不得不繼續做皇上的寵妃，心里很是惡心。