中秋家宴即將到來，甄嬛得知果郡王即將從盛京歸來，悲喜難言。中秋宴席上，浣碧打扮得格外奪目，以期得到皇上注目。甄嬛身體不適，提出去外面走走，與果郡王私下相見，甄嬛故意態度冷淡。葉瀾依尾隨在后，暗中聽到二人對話，認為是甄嬛辜負了果郡王，因而憎恨甄嬛。
回宮路上甄嬛被葉瀾依暗算，以貓撲向其肚腹。甄嬛受驚嚇難產，艱難之下痛苦誕下龍鳳胎。皇帝喜獲一雙兒女，即刻下旨：永壽宮熹妃(甄嬛)晉熹貴妃，于皇子滿月之日同冊嘉禮;熹貴妃出月后賜協理六宮之權。皇帝為龍子賜名弘曕，公主賜名靈犀。
葉瀾依在御花園碰到甄嬛，假意邀請甄嬛、浣碧到自己的春禧殿小坐。途徑一偏僻處，葉瀾依突然抽出匕首抵住甄嬛脖頸，斥責甄嬛對果郡王的薄情。
甄嬛告訴葉瀾依自己對果郡王的真實感情，也知道葉氏對果郡王有情;葉氏識得甄嬛手腕上帶著允禮送的珊瑚手釧，此物乃允禮至愛。葉氏明白允禮與甄嬛之間的深厚感情，放走甄嬛。甄嬛看出，葉瀾依是個至情至性之人。
為博甄嬛紅顏一笑，皇帝派人接甄嬛小妹玉嬈進宮做伴。
景仁宮大殿上，祺貴人道出甄嬛與溫實初私通，并讓甄嬛昔日家中婢女玢兒、宮中侍女斐雯以及甘露寺女尼靜白出面舉證，一石激起千層浪。
可憐溫實初早就結婚生子，只不過是為著兒時情誼探望過甄嬛一次，卻要背上如此惡名，自然是不愿的，但又無可奈何，只得任由皇上查實。
葉瀾依暗中派阿綠通知浣碧、玉嬈速請甘露寺其他尼姑來為甄嬛解圍。唇戰之時，皇帝聞訊趕來。
慎貝勒允禧關鍵時刻趕來力證甄嬛清白，玉嬈為甄嬛夜闖皇后宮中，引起皇帝注目。
皇上命人滴血驗親，查明溫實初冤枉，為了補償，賜下大量賞賜，溫實初最終離宮。
皇帝深感自己委屈了甄嬛，任由甄嬛處置一干罪人。祺貴人因擾亂宮闈，責令將其打入冷宮;康常在、貞嬪二人捕風捉影，以訛傳訛，罰俸六個月;斐雯，靜白，亂棍打死。祺貴人眼見實情敗露，仍舊不依不饒。
皇帝鐘情玉嬈，百般示好，玉嬈卻不予理睬，躲避皇帝。
眾人在圓明園牡丹臺賞舞，果郡王起身時小像從懷中掉出。恒親王以為小像是甄嬛，葉瀾依解圍說小像可能是玉嬈。皇帝認定小像不可能是玉嬈，對甄嬛起了疑心。玉嬈挺身承認小像是自己的，被當場賜婚與果郡王。甄嬛以酒醉遮掩悲傷。
皇帝告訴果郡王，沛國公之女孟靜嫻愛慕其多年成病，欲成全靜嫻同為果郡王側福晉。允禮無奈接受，并請旨除玉嬈，靜嫻外，自己終身不再另娶，還要玉嬈入府主持家事。甄氏兩老也因此婚事得以回京，葉瀾依卻感嘆果郡王不幸。
三阿哥在果郡王府遇一婢女采蘋，欲納為福晉，皇上以其低位低賤為由，只允三阿哥納其為格格，三阿哥不愿委屈自己心上人，跪在養心殿前一夜，皇上最終妥協，允許三阿哥納其為側福晉，等日后有了子嗣再加以扶正。
三阿哥有了心上人，皇后提議給弘輝和弘歷選福晉，皇后族人有意將自家嫡女嫁給弘輝，皇后知道自己母族無人，只能如此，但為了自己兒子，總要辜負自己族人，太后也為此不喜皇后，決定扶持甄嬛，警告皇后。
卻不想烏拉那拉氏嫡女與弘歷青梅竹馬多年，已經有了情誼，弘歷求娶，皇后也勸告皇上，皇上最終同意，將烏拉那拉氏賜予弘歷為福晉，鈕祜祿氏嫡女賜給弘輝為福晉。
鈕祜祿氏為了自家榮耀，與旁支斷絕關系，甄嬛一下子失去了不少助力，只能依靠于皇上，恨毒了皇后。
準葛爾可汗摩格覲見，席間認出甄嬛，想起昔日此女子曾在山上搭救自己之事，欲奪甄嬛。摩格奉上一串九連玉環欲為難大清皇帝及眾臣，卻被甄嬛巧施一計，教導女兒朧月以孩童無知為由，破玉解密，摩格大掃顏面。皇帝以甄嬛之計在準葛爾軍隊中散布時疫削弱其兵力。
血滴子夏刈向皇帝告發甄嬛與摩格私下相見，皇帝怒不可遏。
摩格為保住甄嬛性命，向皇帝提出要與甄嬛和親，并求祛除時疫的藥方。皇帝虛與委蛇，試探甄嬛態度。皇帝問責甄嬛，果郡王聽聞此事大驚，欲不顧一切救回甄嬛，皇帝當即斷定甄嬛與果郡王有私情。甄嬛為避嫌，自請前往準葛爾和親。
皇帝對外散步甄嬛已經準備前往準葛爾和親;對內圈禁甄嬛不讓任何人知道其動向。送親之日來臨，果郡王不知是計，以為甄嬛已經出宮，私自帶兵出關營救甄嬛。豈料，這一舉動正好驗證了皇帝對甄、允二人有私情的猜測。
皇上派人私下調查，面上卻以為太后祈福為由，軟禁果郡王與甄嬛，弘輝知道機會來了，遂派人放出了消息，皇上很快便查到了真心，怒不可遏，派人處理了甄嬛和果郡王，以及兩個孩子。
隨即，宮里傳來了熹貴妃暴斃的消息，兩個孩子也因無人照顧而得了風寒而死。
靜安師太因年老，死在了凌云峰，果郡王也因傷心過度，死在了王府。
甄氏滿門因為蓄意謀反而被滅族，在后宮的浣碧也因此而被賜了毒酒一杯。
前朝后宮眾人因皇上的舉動，心中隱隱有著猜測，卻知道不能說。
皇上因甄嬛和果郡王之事，越加疑心中，整日在后宮中大發雷霆，越加喜怒無常。
弘輝也因皇上猜忌而不得不放下手中權力，整日稱病，不去上朝，弘歷和弘時也學著弘輝的樣子，不再上朝，皇上有氣無處發，竟病倒了。
弘輝只得和幾個兄弟日日侍疾，皇上微微對他們放下疑心，讓他們繼續上朝，也不再亂發脾氣，看似好像好了起來。
皇后深恨皇上對弘輝的猜忌折騰，隨即找到葉瀾依，以其對果郡王的私情威脅，葉瀾依妥協。
葉瀾依痛恨皇帝賜死允禮，假意承寵，暗自給皇帝使用暖情香，并騙其服下含有慢性毒藥的丹丸，皇帝沉溺聲色。皇帝病重，吐血病倒。
皇帝新寵孫答應和侍衛私通，被敬貴妃逮個正著，欣嬪和順嬪商議，此事千萬不能驚動皇帝，于是讓皇后獨自處理為好。皇后故意將此事繪聲繪色、添油加醋地告知皇帝，皇帝由此及彼，想起母親皇太后當年與隆科多私通一事，怒不可遏，病重不起。
葉瀾依給皇上服下所謂金丹，最終導致皇上死亡，眾人心思各異，但面上都悲痛不已，皇后最終拿出皇上一早立好的旨意，弘輝順應旨意登基為新帝。
新帝登基，國號乾元，尊皇后為皇太后，奉皇太后旨意，鈕祜祿氏為皇后，這也是乾元帝這一生唯一的妻子，唯一的皇后。
乾元帝登基以后，開了海市，命幾個兄弟出海，將無人之地通通變為大清國土，大力提倡教育，國庫出錢，在各地開辦國學院，要求各地孩童必須在國學院上滿五年學。
國學院教授算數，習字，也教一些簡單的謀生手段，百姓無一不感激乾元帝。
乾元帝駕崩以后，由其長子繼偉，繼續執行其父的政策。
而此時姝才算是真正離開了甄嬛傳的世界，看著自己做下的功績，姝也很是開心。