曹貴人因告發華妃罪行有功，被晉封為襄嬪。
端妃告知甄嬛后宮如政局，不可憑一己之力改變；另外還需特別防范襄嬪，也就是從前的曹貴人。
秀女大選的年份已到，未免宮中紛擾，皇帝提議推遲選秀；皇后建議不必大肆選秀，只在功臣家眷中選取四名適齡女子入宮即可，皇帝欣然接受。
新進宮的祺貴人之父與甄嬛父親同在都察院為官，祺貴人便要求與甄嬛同住，借以博得了皇帝的關注。祺貴人在宮中與華妃狹路相逢并受了氣，三番五次地向皇帝挑唆。
甄嬛發現自己宮外屢屢受到華妃宮中內監肅喜的窺探，于是設計一舉搗毀華妃勢力。
卻不想，肅喜此人是曹貴人派來陷害華妃的，被甄嬛抓住之后，又交由皇后審理，弘輝便派人接觸肅喜，肅喜得知自己家人沒事，當即反水，供出來曹貴人，皇上知道華妃做的壞事大多都是曹貴人在背后出主意，自然處置了曹貴人，又心里對華妃愧疚，將曹貴人女兒溫宜交由華妃撫養，又升了華妃位分，為華嬪，經此一遭，華嬪心里恨極了甄嬛。
甄嬛見華嬪如今依舊受寵，心里很是不平，便將歡宜香一事告知華嬪，卻不想華嬪是真心愛皇上，竟和皇上當面對峙，皇上一時間愧疚又氣惱，得知是甄嬛告知華嬪，也氣惱甄嬛。
皇上禁足了華嬪和甄嬛，不許任何人出入，也不許人探望，還命人抱走了溫宜，暫且交由端妃，華嬪得知溫宜被抱給了端妃，自是不愿，帶著自己忠心的幾個侍衛，強行闖入端妃宮里，打傷端妃，帶走了溫宜，而皇上因為內心的愧疚，始終不曾罰華嬪，華嬪又恢復了往日的待遇，只是華嬪對皇上死了心，只一心撫養溫宜，停用了歡宜香。
華嬪也是真心喜愛溫宜，尤其是溫宜記在自己名下以后，皇上見華嬪如此，自然也是樂意的。
宮里倒是恢復了往日的平靜，但好景不長，碎玉軒的莞嬪此時有了身孕，皇上再氣憤也愿意放出莞嬪，莞嬪卻始終覺得有人害她和她的孩子，遂稟告皇上，要讓皇后親自照顧自己這一胎，皇上自然是不同意的，一國之母親自照顧一個妃嬪，這是把皇家的顏面放在地上踐踏。
甄嬛只得小心翼翼的照顧自己這一胎，祺貴人嫉妒甄嬛，祺貴人父親在朝中也被甄嬛父親壓了一頭，自然是不愿甄嬛好好生產的，要自己父親在前朝彈劾甄嬛父親，自己在后宮針對甄嬛。
大臣瓜爾佳鄂敏繼續在皇帝面前讒言、詆毀甄嬛父親甄遠道，皇帝心生戒備，最終下旨將甄遠道革職收監，其家眷圈禁府中，甄氏敗落。太后為甄嬛腹中的龍子考慮，擔心她得知家族之事身體不妥，命孫姑姑傳信安撫甄嬛。
可祺貴人不愿甄嬛好過，暗地里派人告知甄嬛甄家的事，甄嬛一急之下動了胎氣。
甄嬛帶孕求見皇帝，皇帝態度冷淡；甄嬛此刻真正知道原來皇帝此前對自己的萬般寵愛只因自己的容貌與純元相似，一時之間痛心無比，受到刺激早產。
甄嬛痛苦中早產下一女，取名朧月，皇帝獲知興奮不已。甄嬛內心對皇帝絕望，自請離宮到甘露寺修行以保朧月平安。甄嬛拜托敬妃收養女兒朧月，替自己撫養女兒長大成人。
果郡王獲知甄嬛出宮修行，趕來甘露寺探訪，為甄嬛帶來女兒朧月的畫像，安慰甄嬛思女之情。甄嬛感激。
皇后攜敬妃等一干嬪妃赴甘露寺進香，甄嬛躲在立柱后不愿相見。甄嬛看到浣碧時過于激動被祺嬪發現。祺嬪故意踩在甄嬛手上，迫使其因疼痛出聲而暴露；甄嬛被迫以狼狽落魄之相出來見皇后等人，祺嬪告訴寺中主持不必善待甄嬛。
敬妃撫養朧月盡心，卻因無意間在皇帝面前為甄嬛說情遭到斥責；太后眼見皇帝此舉，由女及母，擔心甄嬛安危，暗中派遣芳若每月定期探望甄嬛。
甄嬛偶遇果郡王生母舒太妃，二人十分投緣。甄嬛欲撮合流朱與王爺的侍從阿晉相好，流朱卻不愿，只想好好照顧甄嬛。
浣碧在宮中備受冷落，皇上一見到浣碧就會想到甄嬛，也不愿見浣碧，浣碧自請禁足于碎玉軒，皇上也可有可無的同意了。
甘露寺眾尼不容甄嬛等人，被眾尼姑于病中趕出寺外。果郡王允禮獲悉后帶阿晉冒著大雪策馬趕來相救，將甄嬛送到清涼臺休息，甄嬛被徹底感動。溫實初牽掛甄嬛，想盡辦法前來照顧，卻察覺出果郡王對甄嬛有意。
甄嬛病重，允禮舍身相救，自己卻染了重病；甄嬛病情穩定后找到允禮，兩人的情感剛有一絲靠近時，皇帝帶著敬妃、女兒朧月突然來到清涼臺探望允禮；甄嬛躲在屏風后看到女兒時百感交集，斷然拒絕允禮的一切好意。浣碧殷勤照顧得病的果郡王，表露愛慕之意，甄嬛病好后立即離開果郡王住處。
皇帝在鏟除年氏一族及其黨羽后，開始著手處置年氏同黨，自己的舅舅隆科多。隆科多乃是母親皇太后昔日的舊情人，皇帝始終認為此事讓自己顏面無存，決心將其鏟除。
太后雖然不同意皇帝的做法，但身為母后，她必須要保護兒子的江山社稷。為了成全兒子，不忍昔日情人被自己的兒子賜死，也為?；首迓曌u，親自密訪隆科多，騙其喝下毒酒，親手毒死愛人，但事后太后因此事傷心不已。
果郡王入宮侍疾，發現皇帝病中呼喚甄嬛昵稱，深受觸動，惶恐不安。
允禮、甄嬛二人攜手北游，于山中撞見一遭毒蛇咬傷中毒的男子；甄嬛機智救助了該男子，通過男子的言語及手部特征等斷定此人擅長拉弓射箭，應該是位準葛爾人。男子仰慕甄嬛的聰明伶俐，對其印象深刻。
皇帝病愈后對后宮舊人失去了興致，前往圓明園百駿園閑逛時，偶遇馴馬女葉瀾依，即刻被其桀驁不馴的獨特氣質所吸引，欲將其帶回后宮。