雖然商毅最初的想法，是弄成一場(chǎng)新舊思想正面碰撞、交流、溝通的辯論，但這一次辯論最終持續(xù)的時(shí)間之長(zhǎng)、影響的范圍之深遠(yuǎn)，參與的人員之多，在中國(guó)思想發(fā)展歷史上的地位，對(duì)中國(guó)傳統(tǒng)思想造成的決突之大，都遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出了商毅的預(yù)期目標(biāo)。
按照內(nèi)閣的計(jì)劃，這一場(chǎng)辯論是在四月十日，定在南京師范大學(xué)進(jìn)行。辯論的題目就是請(qǐng)?jiān)傅牡谝粭l：施行古制，以仁義禮信治國(guó)；雙方各出五名代表出場(chǎng)辯論，而傍聽(tīng)的人員約有八百余人，除了請(qǐng)?jiān)溉藛T全部出席之外，其余的都是南京師范大學(xué)的學(xué)生，和南京學(xué)術(shù)屇的人員。
內(nèi)閣方面對(duì)第一場(chǎng)辯論是做了充份的準(zhǔn)備，在辯論的一開(kāi)始，就緊緊抓住“施行古制”這一點(diǎn)中的“古制”兩個(gè)字，到是那一段時(shí)間才算“古代”，是不是只要以前的朝代都算古代，還是以傳說(shuō)中的“上三代”才算古代。
而請(qǐng)?jiān)复碇荒芑卮鹗巧先闹贫炔潘愎胖疲珒?nèi)閣一方馬上就抓住了這個(gè)口實(shí)，質(zhì)問(wèn)請(qǐng)?jiān)复恚先绞峭菩械氖裁粗贫龋醒霗C(jī)構(gòu)是怎么設(shè)制，地方行政又是怎樣安排，權(quán)力怎樣分配，怎樣監(jiān)督，怎樣制定的稅賦制度，結(jié)果問(wèn)得請(qǐng)?jiān)复韱】跓o(wú)言，根本就答不上來(lái)。
言必稱上三代，是中國(guó)古代學(xué)術(shù)文章的一個(gè)特點(diǎn)，因?yàn)榘粗袊?guó)傳統(tǒng)思想的觀念，上三代就是中囯的黃金時(shí)代，大同社會(huì)，反正就是上三代什么都好。
但只要不是書(shū)呆子，其實(shí)誰(shuí)都知道，所謂“上三代”到底是怎么一回事，一千個(gè)人有一千種說(shuō)法。一是時(shí)代久遠(yuǎn)，二是史料缺乏。但也正因?yàn)槿绱耍跒榱俗C明自己的觀點(diǎn)正確，因此就全部推到“上三代”上面去，“上三代”就是這樣做的。就連黃宗羲的［明夷待訪錄］里，也是假借托上三代。說(shuō)白了就是把上三代當(dāng)做任人打扮的小姑娘，根據(jù)自己的需要，想怎么說(shuō)都行。
而請(qǐng)?jiān)刚邔ⅰ笆┬泄胖啤绷袨榈谝粭l，也是沒(méi)有辦法的事情，因?yàn)榈蹏?guó)是剛剛建立的新朝，百?gòu)U待新，沒(méi)法用祖制來(lái)壓服新朝的制度，只好推到古制上面，但卻又被內(nèi)閣的代表緊緊抓住，結(jié)果弄得十分難甚，最后沒(méi)有辦法，只好避開(kāi)了這個(gè)話題，把目標(biāo)集中在后一句“以仁義禮信治國(guó)”上。說(shuō)上三代的精神就是以仁義禮信治國(guó)。
但對(duì)這一點(diǎn)，內(nèi)閣一方同樣也作好了準(zhǔn)備，立刻列舉出種種例子，證明帝國(guó)確實(shí)是在推行仁義禮信，并沒(méi)有疲棄上三代的精神。而這時(shí)請(qǐng)?jiān)刚咭环讲潘闶蔷忂^(guò)一口氣來(lái)，于是也引經(jīng)居典，開(kāi)始了辯論。
不過(guò)在辯論之前，內(nèi)閣一方就做好了每一場(chǎng)辯論的基調(diào)，就是決不和請(qǐng)?jiān)刚咛岢龅倪@十二條要求搞對(duì)立，而是盡量證明帝國(guó)的政策當(dāng)中己經(jīng)包括了這十二條，只不過(guò)除了這十二條之外，還有其他的政策。在這方面，內(nèi)閣顯然就有很大的優(yōu)勢(shì)，可以找出多的實(shí)例證據(jù)來(lái)。而請(qǐng)?jiān)刚咭环絼t是絕對(duì)的對(duì)立，就是一付有你無(wú)我的架式，另外也只能照讀經(jīng)典，舉不出多少實(shí)例來(lái)，面對(duì)面的辯論，也沒(méi)法使用大扣帽子，強(qiáng)詞奪理之類的手段，這樣一來(lái)內(nèi)閣一方自然就在辯論中大占上風(fēng)。
結(jié)果雙方經(jīng)過(guò)了兩個(gè)多小時(shí)的唇槍舌戰(zhàn)才結(jié)束，盡管最終并沒(méi)有宣布誰(shuí)勝誰(shuí)負(fù)，但在辯論時(shí)過(guò)程中，請(qǐng)?jiān)傅囊环蕉啻伪粌?nèi)閣問(wèn)得答不上來(lái)，而內(nèi)閣一方一直都振振有辭，有理有論，因此結(jié)果也自然分曉。請(qǐng)?jiān)阜酱诡^喪氣的離開(kāi)了辯論會(huì)場(chǎng)。但關(guān)于這次辯論話題的議論，卻一直在隨后的幾天時(shí)間里，成為南京學(xué)術(shù)屆議論的焦點(diǎn)話題。
隨后在四月份里，南京師范大學(xué)又繼續(xù)舉行了兩場(chǎng)辯論，由于有第一場(chǎng)打底，而且各家報(bào)紙也都大加宣傳，因此傍聽(tīng)的人員也大大增加，在第三場(chǎng)辯論的時(shí)候，傍聽(tīng)的人數(shù)達(dá)到了二千三百余人，有一半都在會(huì)場(chǎng)以外傍聽(tīng)。其他學(xué)校，包括在南京周邊地區(qū)的許多學(xué)者也都趕來(lái)傍聽(tīng)，而且每一場(chǎng)辯論之后整理出來(lái)的文字稿，都會(huì)被搶購(gòu)一空，一時(shí)也是萬(wàn)人空巷，洛陽(yáng)紙貴。
不過(guò)由于請(qǐng)?jiān)敢环皆诖蟮览砩洗_實(shí)是占不住腳，而且辯論的經(jīng)驗(yàn)和技巧也都不如內(nèi)閣一方，結(jié)果這三場(chǎng)辯論中，盡管請(qǐng)?jiān)傅囊环矫恳淮味几鼡Q了參與辯論的人員，但都明顯處于下風(fēng)，因此請(qǐng)?jiān)傅囊环揭灿行┲绷耍谑且蚕騼?nèi)閣提出要求，停一段時(shí)間，好讓自己一方有足夠的時(shí)間來(lái)準(zhǔn)備，收集足夠的資料。而內(nèi)閣一方也表示了理解，給了他們足夠的時(shí)間。
而這時(shí)有一些傾向于請(qǐng)?jiān)敢环降膰?guó)會(huì)議員也來(lái)拜訪請(qǐng)?jiān)刚撸塘怂麄円恍┺q論的技巧，并且制定了辯論的基調(diào)，首先就要盡量放棄那種絕對(duì)對(duì)立的態(tài)度，盡可能模糊自己的觀點(diǎn)，尋找對(duì)方的弱點(diǎn)。同時(shí)也有支持請(qǐng)?jiān)阜降膶W(xué)者也紛紛為他們出謀劃策。
第四場(chǎng)辯論在五月五日舉行，而應(yīng)各方的要求，這一場(chǎng)辯論設(shè)在南京工程大學(xué)舉行，并且隨后的辯論，將輪流在南京、杭州的大學(xué)中循環(huán)舉行。而每一場(chǎng)辯論的謗聽(tīng)人數(shù)不能超過(guò)八百人，而請(qǐng)?jiān)敢环街荒艹鱿偃恕５诿看伪嬲撝螅瑢⒃诘谝粫r(shí)間將辯論內(nèi)容張貼出來(lái)。
因?yàn)樽鲎懔顺浞莸臏?zhǔn)備，因此請(qǐng)?jiān)敢环降谋憩F(xiàn)就好多了，至少己經(jīng)可以和內(nèi)閣一方有來(lái)有往，爭(zhēng)上幾個(gè)回合，不致于全無(wú)還手之力。但在無(wú)形中，請(qǐng)?jiān)敢环降乃值挠^點(diǎn)已經(jīng)緩和了許多，至少不和朝廷針?shù)h相對(duì)，同時(shí)在辯論的話題上，也更多的偏向于學(xué)術(shù)思想方面，而減少了許多政治方面的味道。
而這次辯論的影響力也越來(lái)越廣泛，由南京一直影響到周邊地區(qū)，由其是那些請(qǐng)?jiān)刚邅?lái)自的地方，對(duì)這次辯論猶為關(guān)注，因?yàn)檫@關(guān)系到這一次請(qǐng)?jiān)感袆?dòng)的成敗。另外不僅僅是在南京，在許多地方，也針對(duì)這一次辯論的內(nèi)容，展開(kāi)了討論，并也進(jìn)行了不少的辯論，盡管在規(guī)模和影響力方面，不能與南京辮論相比，但對(duì)于擴(kuò)大這次新舊思想的影響力，起到了不少的推動(dòng)作用。而且還有眾多的學(xué)者也在報(bào)紙上發(fā)表文章、著書(shū)表達(dá)自己的觀點(diǎn)，因此一場(chǎng)新舊思想的大爭(zhēng)論，也在中國(guó)展開(kāi)。
在南京的辯論一直到十一月十日才結(jié)束，其中一共進(jìn)行了二十三場(chǎng)辯論，有七場(chǎng)在杭州的大學(xué)里舉行，并且還有兩場(chǎng)應(yīng)商毅的邀請(qǐng)，在皇宮里舉行。
但最終的結(jié)果還是以請(qǐng)?jiān)刚叩娜媸《娼K，畢竟現(xiàn)在中國(guó)的社會(huì)經(jīng)濟(jì)結(jié)構(gòu)己經(jīng)開(kāi)始發(fā)生了明顯的變化，盡管還沒(méi)有達(dá)到質(zhì)變的地步，但己對(duì)中國(guó)的傳統(tǒng)社會(huì)經(jīng)濟(jì)造成了相當(dāng)?shù)臎_擊，而經(jīng)濟(jì)的發(fā)展，也就需要新的思想基礎(chǔ)，傳統(tǒng)思想的主導(dǎo)地位己經(jīng)發(fā)生了動(dòng)搖，因此新思想的發(fā)展也是不可阻擋。而且商毅需要沒(méi)有利用政治權(quán)力強(qiáng)行推進(jìn)新思想，但卻進(jìn)行了十分積極的引導(dǎo)。更為重要的是，新思想并不是要徹底放棄舊思想，只是拋棄舊思想中一些保守、落后、迂腐的東西，加入一些開(kāi)放、積極、先進(jìn)的觀念。因此這場(chǎng)辯論的成敗，其實(shí)是早就注定下來(lái)的。
而在辯論的同時(shí)，［中華時(shí)報(bào)］也不忘利用這次辯論，為商毅造勢(shì)，稱贊商毅的胸襟開(kāi)闊，能廣開(kāi)言路，察納善言，并不獨(dú)斷專行等等，因?yàn)橛惺聦?shí)為證，因此對(duì)商毅的聲望，也確實(shí)是一個(gè)很大的提高，對(duì)于安撫地方的反對(duì)情緒，也起了不少作用。
最終請(qǐng)?jiān)刚唠m然還有所不甘心，但還是只能老老實(shí)實(shí)的各自返回地方，畢竟辯不過(guò)內(nèi)閣，留在南京也沒(méi)多大的意思。而內(nèi)閣也好說(shuō)好散，還給每人返回的路費(fèi)，一切也都做到仁至義盡，也讓這些請(qǐng)?jiān)刚邲](méi)話說(shuō)。
但等請(qǐng)?jiān)刚吒髯曰氐降胤街螅虐l(fā)現(xiàn)今年的省試早己經(jīng)結(jié)束了。但這一次，民間的情緒也明顯平穩(wěn)了許多，畢竟誰(shuí)都知道了這個(gè)大勢(shì)己經(jīng)不可改變，因此也有不少學(xué)子終于開(kāi)始認(rèn)真的學(xué)習(xí)自然科學(xué)，以便在下一輪科舉中有所表現(xiàn)。畢竟十年寒窗苦溪，不就為了一朝蟒袍玉帶，出人頭地嗎？既然科舉要考自然科學(xué)，那么就好好的學(xué)習(xí)吧。
而請(qǐng)?jiān)刚唠m然離開(kāi)了南京，但這次新舊思想的辯論卻并沒(méi)有結(jié)來(lái)，而是從南京一直發(fā)展到了各地方，新舊思想的碰撞，也一直就沒(méi)有停止過(guò)，有時(shí)激化、有時(shí)緩和，其中也幾經(jīng)起伏反復(fù)，前前后后一共進(jìn)行了七十余年，一直到中華帝國(guó)的第四任皇帝繼位期間，新舊思想的爭(zhēng)論才基本結(jié)束，新的思想體系才基本形成，從而中國(guó)也正式進(jìn)入到近代國(guó)家時(shí)期。
在后世研究中國(guó)歷史的專家們都一致認(rèn)為，將這一段時(shí)期確定為中國(guó)的近代思想啟蒙運(yùn)動(dòng)，而這一次南京的辯論，也被認(rèn)為是中國(guó)的近代思想啟蒙運(yùn)動(dòng)的開(kāi)始。