主要依據蛋白質具有抗原性的特性對特定蛋白質進行鑒定。目前常用的特異性鑒定方法有：免疫印跡法、免疫斑點法、免疫雙擴散法、免疫電泳法等。重組蛋白常用免疫印跡法或免疫斑點法進行鑒定，特別是當電泳出現兩條或兩條以上區帶時則應用免疫電泳法進行鑒定。免疫印跡法也稱酶聯免疫電轉移印斑法，亦被稱為Western blot，是一種將高分辨率凝膠電泳和免疫化學分析技術相結合的雜交技術。免疫印跡法具有分析容量大、敏感度高、特異性強等優點，是檢測蛋白質特性、表達與分布的一種最常用的方法。

免疫印跡法分三個階段進行。第一階段為SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳（SDS-PAGE）；第二階段為電轉移：通常采用半干膠轉移方法，將電泳已經分離的條帶轉移至硝酸纖維素膜上；第三階段為酶免疫定位：將印有蛋白質條帶的硝酸纖維素膜（相當于包被了抗原的固相載體）依次與特異性抗體和酶標第二抗體作用后，加入能形成不溶性顯色物的酶反應底物，使區帶染色。具體操作步驟如下：

1.取樣品上樣，電泳，轉膜緩沖液于4℃預冷；

2.取PVDF膜用甲醇浸泡，取出，浸泡于轉膜緩沖液備用；

3.將方盤中放入轉膜緩沖液，在液面下進行轉膜裝置的安裝；

4.將轉膜裝置放入電泳槽中，倒入轉膜緩沖液，100V轉膜2小時；

5.停止轉膜，取出PVDF膜，將膜標記正反面及電泳方向；

6.用PBST洗滌5分鐘2次，再用封閉液4℃封閉過夜；

7.取出PVDF膜，用PBST快速沖洗2遍，再洗滌15分鐘1次，5分鐘4次，洗膜時均放于搖床上；

8.將一抗用PBST 1∶5000稀釋，與PVDF膜一同裝入雜交袋中，勿留氣泡，37℃搖床4小時；

9.取出PVDF膜，用PBST快速沖洗2遍，再洗滌15分鐘1次，5分鐘4次，洗膜時均放于搖床上；

10.將二抗用PBST 1∶2000稀釋，與PVDF膜一同裝入雜交袋中，勿留氣泡，37℃搖床1小時；

11.取出PVDF膜，用PBST快速沖洗2遍，再洗滌15分鐘1次，10分鐘4次，洗膜時均放于搖床上；

12.DAB顯色，水洗終止反應，膜干后拍照保存。