分子量是蛋白質主要特征參數之一，目前常用的測定方法有還原型SDS-PAGE法、凝膠色譜法及質譜法等。目前《中國藥典》規定的方法為還原型SDS-PAGE法。

蛋白質在一定濃度的含有還原劑（β-巰基乙醇或DTT）的SDS溶液中，與SDS分子按一定比例結合，形成帶負電荷的SDS-蛋白質復合物，從而降低或消除了各種蛋白質分子之間天然的電荷差異，因此在電泳過程中蛋白的遷移率只與其相對分子質量相關。該方法測定的是蛋白質的相對分子量，與理論值有一定的偏差，規定相對分子量為±10%理論分子量。

根據多孔凝膠對不同半徑的蛋白質分子具有不同排阻效應實現的。即它是根據分子大小這一物理性質進行分離純化。有效分配系數 K _av是判斷分離效果的一個重要參數，同時也是測定蛋白質分子量的一個依據。 K _av值的大小和凝膠柱床的總體積（ V _t）、外水體積（ V ₀）以及分離物本身的洗脫體積（ V _e）有關：

在相同層析條件下，被分離物質 K _av值差異越大，分離效果越好。反之，分離效果差或根本不能分開。對于某一特定型號的凝膠，在一定的分子量范圍內， K _av與log M _w（ M _w表示物質的分子量）成線性關系，其中 b、 C為常數： K _av=- b log M _w＋ C。我們可以通過在一凝膠柱上分離多種已知分子量的蛋白質后，并根據上述的線性關系繪出標準曲線，然后用同一凝膠柱測出其他未知蛋白的分子量。

依據樣品在離子源中離子化成具有不同質量的單電荷分子離子和碎片離子，這些單電荷離子在加速電場中獲得相同的動能并形成一束離子，進入由電場和磁場組成的分析器，即可得到不同質荷比的譜線，即質譜。通過質譜分析，我們可以獲得分析樣品的分子量、分子式、分子中放射性核素構成和分子結構等多方面的信息。質譜方法具有精確度高、重復性好、測定范圍廣等特點，但儀器設備昂貴、費用高，不宜作為常規檢測手段。