蛋白質的氨基酸組成不同，因而有不同的等電點（pI），等電點是測定重組蛋白生產工藝穩定性的重要指標。常用的等電點測定方法有等電聚焦電泳（IEF）及毛細管電泳（CE）。其中前者為藥典法定方法。

依據各種蛋白質pI不同，以聚丙烯酰胺凝膠為電泳支持物，并在其中加入兩性電解質載體。兩性電解質載體在電場作用下，按各自pH形成從陽極到陰極逐漸增加的平滑和連續的pH梯度。在電場作用下，蛋白質在此pH梯度凝膠中泳動，當遷移至pH等于pI處時，不再泳動，電流達到最小，而被濃縮成狹窄的區帶。根據標準品的pI對其相應的遷移距離作直線回歸，將供試品的遷移距離代入直線回歸方程，即可求得蛋白的等電點。

毛細管等電聚焦電泳，是通過內壁涂層使電滲流減到最小，再將樣品和兩性電解質混合進樣，兩個電極槽中分別為酸和堿，加高電壓后，在毛細管內建立了pH梯度，溶質在毛細管中遷移至各自的等電點，形成明顯區帶，聚焦后用壓力或改變檢測器末端電極槽儲液的pH使溶質通過檢測器。具有分辨率高、簡便快速等特點。