蛋白質純度一般是在原液中進行，是重組蛋白質藥物檢測的重要指標之一，它反映目的蛋白的純度或其他雜蛋白含量，對蛋白的活性和藥品的安全使用具有重要影響。目前常用的純度鑒定方法有：非還原型SDS-PAGE、高效液相色譜（HPLC）、質譜分析（MS）、毛細管電泳（CE）、等電聚焦（IEF）等。蛋白質純度的鑒定一般采用兩種以上的方法，而且是兩種不同分離機制的方法來判定才能比較可靠。我國藥典規定的法定方法是用非還原型SDS-PAGE 及HPLC兩種方法，一般要求重組蛋白的純度均不低于95%。

大多數蛋白與陰離子表面活性劑十二烷基硫酸鈉（SDS）結合成蛋白-SDS膠束，所帶的負電荷大大超過了蛋白原有的電荷量，這樣就消除了不同分子間的電荷差異和結構差異，蛋白質的遷移率主要取決于它的相對分子質量，而與所帶電荷和分子形狀無關。

電泳的染色方法分為銀染法和考馬斯亮藍R-250染色法。銀染法較為靈敏，檢測限在1～10ng范圍，上樣量應不低于5μg；考馬斯亮藍染色法檢測限在0.1μg范圍，上樣量應不低于10μg。電泳檢測結果應無明顯雜帶，經凝膠成像儀分析目的蛋白量應不低于總蛋白含量的95%。

凝膠的配制根據供試樣品分子量的不同，一般分子量越大，選用分離膠濃度越小；分子量越小，選用分離膠濃度越大（表5-3）。

高效液相色譜法（high performance liquid chromatography，HPLC）以液體為流動相，采用高壓輸液系統，將具有不同極性的單一溶劑或不同比例的混合溶劑、緩沖液等流動相泵入裝有固定相的色譜柱，在柱內各成分被分離后，進入檢測器進行檢測，從而實現對試樣的分析。作為重要的分離分析技術，已廣泛應用于醫藥行業中。

常用的色譜柱有凝膠過濾色譜、離子交換色譜、反向色譜和疏水色譜等；常用的檢測器包括示差折光檢測器、紫外吸收檢測器、二極管陣列檢測器、熒光檢測器、蒸發光散射檢測器、電化學檢測器等。正確選擇色譜分離方法應根據樣品的有關性質，并熟悉各種色譜方法的主要特點及其應用范圍。