基因工程產品的生產應建立三級菌種庫，即原始菌種庫、主代菌種庫和工作菌種庫。含表達載體的宿主細胞經克隆、鑒定后，冷凍干燥放低溫或冷凍保存，建立原始菌種庫。原始菌種庫要求無污染、遺傳穩定、質粒穩定、表達穩定、結構穩定，有效期5～10年。從原始菌種庫傳出，經擴大后凍干保存，作為主代菌種庫，但每次只限傳3代，有效期5年。從主代菌種庫傳出，經擴大后制備成甘油菌，放-80℃保存，有效期1年。主代種子批和工作種子批菌種均應進行相應的生化反應、質粒檢查、核苷酸序列測定等檢定。菌種檢測合格入庫保藏時要進行入庫登記，包括菌種編號、入庫時間、保護劑、保藏份數等。菌種發放也應建立出庫登記，包括出庫時間、目的、數量等，并簽名。入庫后的菌種應由專人進行定期檢查復核及轉管，發現有污染或退化跡象時，要及時分離純化、復壯，每次檢查要有詳細記錄。不同類別的菌種和不同方法保藏的菌種的轉管周期不同。轉管時最好選用兩種以上培養基觀察培養特征，以備下次轉管時參考。