目前，核酸修飾酶可包括三大類：堿性磷酸酶、T4多核苷酸激酶以及末端脫氧核苷酸轉移酶。

堿性磷酸酶（alkaline phosphatase）主要有兩種，一種來自大腸埃希菌稱細菌堿性磷酸酶，另一種分離自小牛腸，稱為小牛腸堿性磷酸酶。該酶是在堿性pH下具有活性的磷酸單酯酶，可除去DNA線性分子末端5'-磷酸基，以防止片段間彼此相連。克隆載體經限制性內切酶酶切后，為防止自身連接，需要用此酶處理脫去5'-磷酸基。DNA和RNA片段進行5'端標記前需要用該酶脫磷。

T4多核苷酸激酶（polynucleotide kinase）從T4噬菌體感染的大腸埃希菌中分離獲得，是催化γ-磷酸基從ATP轉移到DNA、RNA、寡核苷酸或核苷3'-磷酸等分子的5'-OH末端的酶。可用于DNA的5'-OH標記，使缺失5'-P末端的DNA或寡核苷酸磷酸化。

末端脫氧核苷酸轉移酶（terminal deoxynucleotidyl transferase），簡稱末端轉移酶（terminal transferase），在二甲胂酸緩沖液中，能夠催化5'脫氧核苷三磷酸進行5'→3'方向的聚合作用，逐個地將脫氧核苷酸分子加到線性DNA分子的3'-OH末端。