Bal.31核酸酶分離自海洋細菌埃氏替單胞菌（ Altreromonas espejiana），具有單鏈特異性的核酸內切酶活性，也具有雙鏈特異性核酸外切酶活性。其可控制的3'-5'外切酶可產生3'端呈梯度切除的一系列DNA分子；此外該酶還具有核糖核酸酶活性，可催化核糖體和tRNA的降解，但不具雙鏈特異的核酸外切酶活性。

S1核酸酶（S1 nuclease）是一種對單鏈高度特異的核酸內切酶，可催化RNA和單鏈DNA分子降解成為5'單核苷酸，也能作用于雙鏈核酸分子的單鏈區，于此處切斷核酸分子，單鏈區可小至僅有一個堿基。該酶在分子生物學中的主要用途是給RNA分子定位；也可用于檢測核酸雜交程度、雙鏈DNA二級結構差異，削平限制性內切酶切割產生的黏末端；還可以打開雙鏈cDNA合成過程形成的發夾結構。

綠豆核酸酶（mung bean nuclease）來源于綠豆芽，降解單鏈DNA或RNA，產生帶5'磷酸基的產物，在高濃度下也能自兩端降解雙鏈DNA，用于去除DNA突出末端。

核糖核酸酶（ribonuclease RNase）是水解核糖-磷酸主鏈中磷酸二酯鍵而降解核糖核酸的酶類。一些RNA酶只作用特異結構部位，如發夾、嘌呤堿基或嘧啶堿基，從而產生特異的RNA片段。RNA酶A來源于牛胰，為內切核糖核酸酶，作用于RNA嘧啶核苷酸的3'端磷酸，并切割磷酸二酯鍵；RNA酶T1分離自米曲霉，它特異作用于鳥苷酸3'端磷酸，并切割與相鄰核苷酸相連的磷酸二酯鍵。這類酶在提取質粒DNA時用于除去RNA；從DNA-RNA雜交鏈中除去未雜交的RNA。

脫氧核糖核酸酶Ⅰ（DNaseⅠ）為內切核酸酶，優先作用于嘧啶核苷酸位置酶切單鏈或雙鏈DNA，主要用于缺口平移法標記DNA、對蛋白-DNA復合物進行足跡法分析等。

核酸外切酶（exonuclease）是一類從線性DNA分子一端向另一端連續切割的酶，包括5'-3'外切酶和3'-5'外切酶，它們分別從5'端向3'端切割或者從3'端向5'端切割，每次只切去一個核苷酸，也可以類似方式切割RNA。

核酸外切酶Ⅲnew能專一從雙鏈DNA3'端去除核苷酸，該酶有多種活性，對無嘌呤DNA特異的核酸內切酶活性、3'磷酸酶活性、3'核酸外切酶活性、RNase H活性。該酶可催化雙鏈DNA從3'-OH端逐一釋放5'單核苷酸。主要用于：在以Klenow酶制備特異探針時，通過其3'-5'外切酶活性使雙鏈DNA產生單鏈區，作為標記的底物制備單向缺失DNA分子進行平末端連接克??；在定點誘變時，用于特異降解模板鏈，提高突變率。