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當時，梵蒂岡驚慌不安起來了。西班牙公使阿札拉受教皇全權委托，于6月23日趕來簽訂能使教皇寬心的停戰協定。按照停戰協定，教皇必須派全權代表去巴黎與共和國締結最后和約。停戰協定的有效期持續到締結和約為止。波倫亞和斐拉拉仍歸法軍控制，法軍布防到安科納。教皇繳納二千一百萬法郎軍稅，提供一些軍馬和糧食，并根據法國特派員的挑選，交出一百件藝術品，送往巴黎博物院。

軍事情況不像拿破侖預計的那樣能夠向羅馬進軍。一些精于哲理的人士和敵視教皇寶座的人士都不滿意這個停戰協定。波倫亞居民特別擔心，怕自己又要回到教皇權力的統治之下。可是，這容易向他們解釋清楚，因為現在實現和平的條件取決于法國；對于他們的自由如無保障，這個和約就不會簽訂。得到這個諾言后，居民立即著手武裝國民自衛軍。