腎穿刺活檢作為一項有創性檢查，既往因為假陰性達18%而被認為不適于臨床應用。經過調整，發現其假陰性率不足1%。總的準確率高于80%。可同時明確組織學類型和分級。一般主要應用于以下情況：希望對于小的腎臟占位進行積極監測的患者；在進行消融治療前明確病理診斷；在進行靶向治療或放化療前明確診斷。擬行手術治療者無須穿刺活檢。

穿刺可以在超聲或CT引導下進行。腎腫瘤穿刺活檢發生種植轉移的概率極低。常見并發癥包括腎包膜下血腫或腎周血腫，通常無須特殊處理，極端情況如出血量較大時應該按照腎裂傷處理。