不管影像學(xué)形態(tài)如何，內(nèi)口的正確定位都是比較困難的。如何確定內(nèi)口的真正部位及其高度？依據(jù)腺源性肛瘺學(xué)說，絕大多數(shù)內(nèi)口位于肛管后正中齒線處。然而，即使應(yīng)用MRI腔內(nèi)線圈，齒線也不能作為一個(gè)獨(dú)立的解剖實(shí)體在MRI影像學(xué)上確定，只能應(yīng)用其他的影像學(xué)標(biāo)志評估。齒線大約位于肛管的中部，通常是恥骨直腸肌上緣與外括約肌皮下部中間。

括約肌上方瘺和括約肌外側(cè)瘺都可能穿過恥骨直腸肌進(jìn)入盆底。然而，兩者內(nèi)口所處的部位卻完全不同。通常括約肌上方瘺內(nèi)口位于肛管部位，而括約肌外側(cè)瘺位于直腸（圖3-6，圖3-7）。因?yàn)榻?jīng)括約肌肛瘺穿過外括約肌，在橫截面有典型特征。但是，對一些患者而言，MRI不能沿瘺管追蹤到肛管，在這種情況下，只能根據(jù)瘺管的形態(tài)理性地推測內(nèi)口可能的部位。